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現(xiàn)在朋友間打招呼都是“你陽了嗎？”或者“你到哪個(gè)階段了？”

? ? 小云上周還嘴硬說自己是“天選打工人”，奧密克戎還真是專治各種嘴硬不服

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? ? 這不，說完第2天就進(jìn)入圈了，現(xiàn)在處于“刀片封喉期”，簡直太痛苦了···

? ? 不過能爬起來還是要繼續(xù)打工，勉為其難稱之為“圈打工人”吧，找生信新思路，走起！?

? ? 前面小云持續(xù)給小伙伴們分享了“銅死亡”相關(guān)思路，預(yù)后模型、疾病分型、單基因···，腫瘤和非腫瘤疾病都有~?~

? ? 如果你關(guān)注的疾病在“銅死亡”方向上的生信已經(jīng)有文章發(fā)表了（ps：尤其是腫瘤，非腫瘤的文章相對(duì)少很多，抓住時(shí)機(jī)趕緊上車，上車慢了就跟腫瘤中競爭壓力一樣大了），但還想蹭上“銅死亡”熱點(diǎn)，那不妨換個(gè)思路！

找個(gè)“銅死亡”的近親——“銅代謝”，比銅死亡涉及的范圍更廣，包含的基因更多，只要獲得“銅代謝”相關(guān)基因就可以利用常規(guī)分析套路做生信啦！目前 “銅代謝”相關(guān)生信文章還不多，更多人還是把目光聚焦于“銅死亡”，，我們要做的就是快人一步，抓住這個(gè)發(fā)文時(shí)機(jī)，一舉拿下高分生信！

? ? ?下面給大家展示1篇銅代謝相關(guān)預(yù)后模型構(gòu)建+簡單qPCR驗(yàn)證的生信文章，輕輕松松8分+到手，還附帶銅代謝基因集合，直接就能復(fù)現(xiàn)，一起看看吧

l?題目：肺腺癌中銅代謝相關(guān)基因特征的發(fā)展

l?雜志：Frontiers in immunology

l?影響因子：IF=8.786

l?發(fā)表時(shí)間：2022年11月

數(shù)據(jù)來源

研究流程

? ? 在TCGA-LUAD隊(duì)列中鑒定了差異表達(dá)的銅代謝相關(guān)基因(CMRGs)。使用LASSO和多變量Cox回歸分析來建立基于3個(gè)銅代謝基因的預(yù)后模型(CMRGS )。隨后，在TCGA-LUAD和驗(yàn)證集GSE72094進(jìn)行生存預(yù)后分析,并繪制列線圖。此外，系統(tǒng)分析了高風(fēng)險(xiǎn)組和低風(fēng)險(xiǎn)組之間腫瘤突變負(fù)荷(TMB)、生物學(xué)特性和免疫細(xì)胞浸潤的差異。免疫表型評(píng)分(IPS)和抗PD-L1免疫療法隊(duì)列(IMvigor210)用于驗(yàn)證CMRGS是否可以預(yù)測LUAD對(duì)免疫療法的反應(yīng)。最后，通過qRT-PCR驗(yàn)證關(guān)鍵基因的表達(dá)。

主要結(jié)果

1. CMRG特征的建立與評(píng)估

? ? 在496個(gè)LUAD和59個(gè)正常組織之間鑒定了34個(gè)差異表達(dá)的CMRGs（圖1A, B）。在TCGA隊(duì)列中中進(jìn)行單變量、多變量Cox回歸和Lasso構(gòu)建了基于3個(gè)CMRG的預(yù)后模型(CMRGS )（圖1C-E）。根據(jù)中位風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分將LUAD患者分為高、低風(fēng)險(xiǎn)組，進(jìn)行KM生存分析（圖2A），并在GSE72094中得到驗(yàn)證（圖2D）。隨后，基于T分期、N分期和風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分建立列線圖（圖3C），并利用利用校準(zhǔn)曲線（圖3D）和ROC曲線（圖3E）評(píng)估其預(yù)測性能。

圖1?CMRGS的構(gòu)建

圖2?CMRGS的生存分析

圖3列線圖的構(gòu)建與評(píng)估

2. 基于CMRGS的轉(zhuǎn)錄因子共表達(dá)、GO/KEGG富集分析以及GSEA分析

? ? 為了探索關(guān)鍵CMRGs的潛在機(jī)制和途徑，從Cistrome數(shù)據(jù)庫中篩選了與CMRGs相關(guān)的差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子、構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（圖4A），并進(jìn)行GO/KEGG富集分析（圖4B，C）。隨后對(duì)CMRGS高、低風(fēng)險(xiǎn)組人群進(jìn)行了GSEA分析（圖4D）。

3. CMRGS的免疫微環(huán)境和免疫治療反應(yīng)分析

? ? 使用ssGSEA來評(píng)估高、低風(fēng)險(xiǎn)組之間免疫浸潤細(xì)胞、估計(jì)評(píng)分、免疫評(píng)分、間質(zhì)評(píng)分和腫瘤純度差異（圖5B-D）

圖5 TME細(xì)胞浸潤分析

? ? 比較高、低風(fēng)險(xiǎn)組之間10個(gè)免疫檢查點(diǎn)的表達(dá)（圖6A）。IPS作為針對(duì)CTLA-4和PD-1的免疫療法應(yīng)答的有效預(yù)測因子（圖6B-E），與免疫治療隊(duì)列imvigor210（圖6F-H）一起用于預(yù)測兩個(gè)亞組對(duì)免疫療法的反應(yīng)。

圖6 不同風(fēng)險(xiǎn)組的免疫治療反應(yīng)分析

4. 關(guān)鍵CMRGs的驗(yàn)證

? ? 收集10對(duì)LUAD和正常對(duì)照樣本，通過qPCR驗(yàn)證了3個(gè)CMRGs的表達(dá)水平（圖7F-H）。

圖6 關(guān)鍵CMRGs的表達(dá)驗(yàn)證

文章小結(jié)

文章利用銅代謝基因構(gòu)建預(yù)后模型并與免疫微環(huán)境、免疫治療反應(yīng)等進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，最后進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證，思路比較簡單，分析手段也很常規(guī)就能直接發(fā)了8分+，所以說選擇一個(gè)創(chuàng)新方向是關(guān)鍵，銅代謝可以作為銅死亡的一個(gè)拓展，既能蹭銅死亡的熱度，發(fā)文壓力又能小一些。拿到“銅代謝”基因集合，換個(gè)疾病反手就是一篇新的文章！目前“銅代謝”方向的生信文章并不多，正是發(fā)文好時(shí)機(jī)，把握住喲