繼用fieldtrip做溯源屢試屢敗后，，，投入Brainstorm的懷抱。。。溯源果然還得是你嗷嗷嗷。。。

so 記錄一下 有錯(cuò)誤歡迎指正討論。

一：前期準(zhǔn)備和單個(gè)被試溯源

1導(dǎo)入Fieldtrip/EEGLAB time-lock后的ERP數(shù)據(jù)，注意前期數(shù)據(jù)要在EEGLAB中導(dǎo)入3D elec位置

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2結(jié)構(gòu)像

頭模型模板：

通過MRI數(shù)據(jù)庫選擇相應(yīng)年齡段構(gòu)建J.E. Richards, C. Sanchez, M. Phillips-Meek, W. Xie A database of age-appropriate average MRI templates Neuroimage, 124 (2016), pp. 1254-1259

http://jerlab.psych.sc.edu/NeurodevelopmentalMRIDatabase

https://jerlab.sc.edu/projects/neurodevelopmental-mri-database/

https://www.nitrc.org/search/type_of_search=group&q=Neurodevelopmental+MRI+Database

刪掉default anatomy中默認(rèn)的ICBM152或者創(chuàng)建新的模板use-template->create new template,導(dǎo)入12歲平均結(jié)構(gòu)像作為默認(rèn)結(jié)構(gòu)像，定義鼻根、左右耳位置，然后用CAT12（自動(dòng)下載安裝）分割出皮層

可以直接右鍵輸入MRI坐標(biāo)（12歲模板的坐標(biāo)）：

NAS:91,188,77

LPA:20,70,80

RPA:159,70,79

AC:91,114,131

PC:91,88,131

IH:91,106,190

3功能

創(chuàng)建被試，選用默認(rèn)結(jié)構(gòu)像和同樣的電極位置數(shù)據(jù)

導(dǎo)入EEG數(shù)據(jù)（帶有電極位置）

出現(xiàn)電極作為common files

電極與head手動(dòng)對(duì)準(zhǔn)，這里以默認(rèn)64導(dǎo)和ICBM152為例（一般預(yù)處理刪掉了M1,M2剩下62導(dǎo)，也可能刪掉CB1,CB2剩下60導(dǎo)）

對(duì)準(zhǔn)后的樣子（ICBM152-Neurosacn Quik-cap64）：

對(duì)準(zhǔn)后計(jì)算頭模型（只需要計(jì)算1次，應(yīng)用到所有被試）

至此，公共的文件準(zhǔn)備完畢，包括電極channel和頭模型

注：溯源時(shí)如果使用MN方法，需要計(jì)算噪音協(xié)方差矩陣，不關(guān)注刺激前成分則通過刺激前baseline計(jì)算，也可以直接用no noise modeling(在common files里)（刺激前基線的covariance直接從matlab工作區(qū)或者文件導(dǎo)入，是fieldtrip計(jì)算的基于single-trial平均后的）

cfg.covariance???????? = 'yes';

cfg.covariancewindow??????? = [-0.2,0];

condition1 = ft_timelockanalysis(cfg, data);

溯源時(shí)如果使用LCMV(Beamforming)方法需要計(jì)算data covariance，可以從matlab工作區(qū)或者文件導(dǎo)入fieldtrip計(jì)算的基于single-trial平均后的：

?cfg.covariance???????? = 'yes';

cfg.covariancewindow??????? = [-0.2,0.8];

condition1 = ft_timelockanalysis(cfg, data);

對(duì)ERP溯源：minimum-norm imaging方法

Measure指標(biāo)：

Current density map 未標(biāo)準(zhǔn)化 單位是pA.m（可以平均，可以進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，可以進(jìn)一步標(biāo)準(zhǔn)化）

dSPM 標(biāo)準(zhǔn)化為Z值（平均會(huì)降低variance，如果進(jìn)行了平均, 需要進(jìn)行Sources > Scale averaged dSPM，scaled dSPM只能用于可視化不能進(jìn)行任何統(tǒng)計(jì)分析）

sLORETA? 標(biāo)準(zhǔn)化

偶極子朝向：

完全限制朝向皮層：用的時(shí)間較少，用個(gè)體結(jié)構(gòu)像時(shí)推薦，結(jié)果看起來噪音比較多，可以進(jìn)一步空間平滑（在組平均前）或標(biāo)準(zhǔn)化（有文獻(xiàn)即使用template也用了這種限制https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2020.117699）

寬松限制（0.1-0.6）和不限制：用的時(shí)間長，用template時(shí)推薦，結(jié)果比較平滑

4后續(xù)統(tǒng)計(jì)分析

A關(guān)注感興趣腦區(qū)的時(shí)間變化，提取腦區(qū)時(shí)間序列找顯著的時(shí)間，single trial溯源-平均，（fieldtrip導(dǎo)入平均前的數(shù)據(jù)有問題得從eeglab導(dǎo)入）

B關(guān)注感興趣腦區(qū)的時(shí)頻變化， single trial溯源-時(shí)頻分析-平均

C關(guān)注某ERP成分如（N1： 90-130ms）的源，通過全腦激活找顯著的激活區(qū)，single trial平均-溯源）。

D關(guān)注某特定頻段（1-4Hz）特定時(shí)間段(90-130ms)的源， single trial平均-溯源-濾波）。

E 關(guān)注特定頻段、特定時(shí)間、特定腦區(qū)，single trial平均-溯源-濾波-定義scout(腦區(qū))

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注：Brainstorm里對(duì)全腦的統(tǒng)計(jì)矯正方法有限，可以把source導(dǎo)出為nii格式（absolute value），到SPM/DPABI進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)

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二：多個(gè)被試溯源并進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析

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