大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第6期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)8篇。以下是應(yīng)用華大時(shí)空StereoCopilot生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、腎素細(xì)胞發(fā)育：染色質(zhì)可及性和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)的見解

Renin cell development: Insights from chromatin accessibility and single-cell transcriptomics

Circulation Research; IF: 20.100; DOI: 10.1161/CIRCRESAHA.123.322827

內(nèi)容概要：從FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎關(guān)鍵發(fā)育時(shí)期中分離出單個(gè)腎素細(xì)胞，并聯(lián)合scRNA-seq和scATAC-seq進(jìn)行分析，描述了腎素細(xì)胞發(fā)育過程中的染色質(zhì)和轉(zhuǎn)錄組變化，確定了MEF2和NFI轉(zhuǎn)錄因子家族被富集，并可能控制腎素細(xì)胞命運(yùn)。

2、人類內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒K有助于膠質(zhì)母細(xì)胞瘤干細(xì)胞生態(tài)位的形成

Human endogenous retrovirus K contributes to a stem cell niche in glioblastoma

The Journal of Clinical Investigation; IF: 15.900; DOI: 10.1172/JCI167929

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和CRISPR干擾分析，證明人類內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒K（HERV-K）在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤干性和腫瘤發(fā)生中起關(guān)鍵作用。抑制HERV-K表達(dá)可以減少腫瘤細(xì)胞的逆轉(zhuǎn)錄酶活性和多能性，因此HERV-K可能是膠質(zhì)母細(xì)胞瘤獨(dú)特的治療靶點(diǎn)。

3、Hnf4激活模擬細(xì)胞增強(qiáng)子以重現(xiàn)胸腺內(nèi)腸道和肝臟的發(fā)育

Hnf4 activates mimetic-cell enhancers to recapitulate gut and liver development within the thymus

The Journal of Experimental Medicine; IF: 15.300; DOI: 10.1084/jem.20230461

內(nèi)容概要：表達(dá)腸道和肝臟相關(guān)的轉(zhuǎn)錄本的模擬細(xì)胞保留了胸腺特性，主要由轉(zhuǎn)錄因子Hnf4α和Hnf4γ調(diào)控。scRNA-seq分析揭示了Hnf4缺失在模擬細(xì)胞狀態(tài)、命運(yùn)和積累方面的3種不同影響。此外，該研究還發(fā)現(xiàn)了Hnf4在腸道微褶皺細(xì)胞和IgA反應(yīng)中的作用。

4、單細(xì)胞分析揭示骨髓增生性腫瘤的白血病進(jìn)化過程中的克隆動(dòng)力學(xué)和拷貝數(shù)變異

Clonal dynamics and copy number variants by single-cell analysis in leukemic evolution of myeloproliferative neoplasms

American Journal of Hematology; IF: 12.800; DOI: 10.1002/ajh.27013

內(nèi)容概要：利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)分析10例骨髓增生性腫瘤（myeloproliferative neoplasms，MPN）患者慢性期（chronic phase，CP）和急性期（ blast phase，BP）的配對(duì)樣本，揭示了MPN的克隆動(dòng)力學(xué)和目標(biāo)拷貝數(shù)變異，為研究MPN-BP的發(fā)病機(jī)制提供了新見解，并指出EZH2失調(diào)是一個(gè)潛在的治療靶點(diǎn)。

5、多重標(biāo)記細(xì)菌突變體的配對(duì)單細(xì)胞宿主分析揭示細(xì)胞內(nèi)的毒力免疫網(wǎng)絡(luò)

Paired single-cell host profiling with multiplex-tagged bacterial mutants reveals intracellular virulence-immune networks

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: 11.100; DOI: 10.1073/pnas.2218812120

內(nèi)容概要：介紹了一種名為scPAIR-seq的單細(xì)胞方法，可以同時(shí)捕獲感染宿主細(xì)胞和細(xì)菌突變體的條形碼，并通過scRNA-seq分析突變體對(duì)宿主轉(zhuǎn)錄組的影響，從而揭示細(xì)菌毒力策略和宿主防御策略之間的復(fù)雜相互作用。將其應(yīng)用于感染鼠傷寒沙門氏菌分泌系統(tǒng)效應(yīng)突變體庫(kù)的巨噬細(xì)胞，分析了效應(yīng)蛋白和突變體特異性指紋之間的冗余性，并繪制了每個(gè)效應(yīng)蛋白的全局毒力網(wǎng)絡(luò)。

6、腺體和循環(huán)T細(xì)胞的單細(xì)胞克隆追蹤鑒定出原發(fā)性干燥綜合征中的CD9+CD8+T細(xì)胞群

Single-cell clonal tracing of glandular and circulating T cells identifies a population of CD9+CD8+T cells in primary Sjogren's syndrome

Journal of Leukocyte Biology; IF: 5.500; DOI: 10.1093/jleuko/qiad071

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和免疫庫(kù)測(cè)序技術(shù)對(duì)原發(fā)性干燥綜合征（primary Sjogren's syndrome，pSS）患者外周血樣本和唾液腺活檢中的免疫細(xì)胞進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)pSS患者唾液腺中存在一組高度富集的組織駐留性CD9+CD8+T細(xì)胞群，這些細(xì)胞可能在介導(dǎo)pSS和其他自身免疫性疾病的腺體和全身效應(yīng)中發(fā)揮作用。

7、scRNA-seq鑒定差異表達(dá)基因的穩(wěn)健性

Robustness of single-cell RNA-seq for identifying differentially expressed genes

BMC Genomics; IF: 4.400; DOI: 10.1186/s12864-023-09487-y

內(nèi)容概要：通過對(duì)人誘導(dǎo)多能干細(xì)胞分化出的血管內(nèi)皮細(xì)胞和平滑肌細(xì)胞進(jìn)行scRNA-seq和poly(A)-依賴性bulk RNA-seq實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞簇中至少需要有2,000個(gè)細(xì)胞才能鑒定出大部分差異表達(dá)基因，而只有50~100個(gè)細(xì)胞的簇足以鑒定出具有極小p值或轉(zhuǎn)錄本豐度大于幾百個(gè)每百萬轉(zhuǎn)錄本的大部分差異表達(dá)基因。

8、癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞表達(dá)谷氨酰胺果糖-6-磷酸轉(zhuǎn)氨酶2（GFPT2）是胃癌的預(yù)后標(biāo)志物

Cancer-associated fibroblast expression of glutamine fructose-6-phosphate aminotransferase 2 (GFPT2) is a prognostic marker in gastric cancer

The Journal of Pathology. Clinical Research; IF: 4.100; DOI: 10.1002/cjp2.333

內(nèi)容概要：通過對(duì)哈爾濱醫(yī)科大學(xué)（HMU）-胃癌隊(duì)列和癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，結(jié)合HMU-TCGA訓(xùn)練隊(duì)列，發(fā)現(xiàn)谷氨酰胺果糖-6-磷酸氨基轉(zhuǎn)移酶2（GFPT2）在胃癌腫瘤細(xì)胞中表達(dá)水平較高，與腫瘤浸潤(rùn)、病理分期和預(yù)后密切相關(guān)。此外，GFPT2與免疫細(xì)胞浸潤(rùn)和腫瘤微環(huán)境中的癌癥相關(guān)成纖維細(xì)胞有關(guān)，可作為評(píng)估胃癌預(yù)后和免疫浸潤(rùn)的生物標(biāo)志物。

《時(shí)空日?qǐng)?bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識(shí)，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。