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《Nature》:感染新冠為何會無癥狀?人類白細胞抗原HLA的等位基因可能是關鍵

2023-07-31 09:01 作者:貓先生的茶話會  | 我要投稿

關鍵信息:

>>新冠病毒(COVID-19,SARS-CoV-2)感染后,無癥狀的感染者約占所有新冠感染者的40-45%。

>>一項發(fā)表于《Nature》的研究表明,新冠感染的無癥狀可能與人類白細胞抗原(HLA)上的一段等位基因相關。等位基因HLA-B*15:01在無癥狀的感染者中出現(xiàn)顯著地過表達。

>>帶HLA-B*15:01等位基因的新冠感染者,如果他既往還感染過其他冠狀病毒,由于T細胞的免疫記憶和交叉反應性,其大概率會擁有能夠快速識別并清除新冠病毒的T細胞,能夠更快的產(chǎn)生免疫反應,從而呈現(xiàn)“無癥狀”。

大家是否曾經(jīng)好奇過,為什么有些人在感染了新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)之后,卻沒有出現(xiàn)任何癥狀?這些人約占所有新冠病毒感染者的40%至45%[1],他們在感染病毒后,通常沒有發(fā)燒、咽喉腫痛、肌肉酸痛等癥狀,甚至可能會完全沒有任何癥狀,但是其新冠病毒檢測呈陽性,這些人就是SARS-CoV-2無癥狀感染者[2]。無癥狀感染者具有強傳染性,并且難以被篩查,給防疫帶來了極大的挑戰(zhàn)。那么無癥狀感染其背后的原因或者生物學機制是什么呢?

此前就有學者懷疑是人類白細胞抗原(HLA)在背后發(fā)揮著重要作用。HLA是一種免疫分子,它的主要功能是將體內(nèi)的抗原呈遞給T細胞,從而觸發(fā)免疫反應。HLA的基因區(qū)域最具多態(tài)性,它的變異與數(shù)百種疾病有關,在參與人類免疫反應的眾多基因中,HLA變異與病毒感染的關聯(lián)性最強[3-4]。并且值得注意的是,HLA I類和II類等位基因與SARS-CoV引起的非典有關[5]。因此,HLA也可能與新冠病毒感染的無癥狀有一定關系。

近期,一篇發(fā)表在《Nature》上,題為《A common allele of HLA is associated with Asymptomatic SARS-CoV-2 infection》的研究[5](圖1),找到了新冠無癥狀的遺傳基礎,直接點名了HLA的等位基因HLA-B*15:01,與無癥狀顯著相關。這是一項觀察性研究,利用智能手機收集參與者數(shù)據(jù),最后分析了1428名參與者,其中包括了136 (9.5%) 例無癥狀感染者。研究通過測序對被試進行了基因分型,以確定每個人的HLA等位基因。研究還檢測了此前未接觸過SARS-CoV-2的T細胞,對SARS-CoV-2的反應,以探索可能的免疫記憶。

圖1 文章與研究成果于2023年7月19日發(fā)表于《Nature》DOI: 10.1038/s41586-023-06331-x

等位基因HLA-B*15:01過度表達

研究通過對照發(fā)現(xiàn),相較于有癥狀感染者,等位基因HLA-B*15:01在無癥狀的感染者中顯著過度表達(表達頻率=0.1103 vs. 0.0495,OR=2.38,95%CI:1.51~3.65,p=3×10?5,校正后p=0.002 ),即使調(diào)整年齡和性別差異后,該結果依舊存在??偟膩碚f,在感染后保持無癥狀的個體中,有20%攜帶HLA-B*15:01,而在報告有癥狀的患者中,這一比例為9%。

并且,研究人員還觀察到相關基因型之間存在強烈的累加效應。攜帶兩個HLA-B*15:01等位基因的個體相比于攜帶其他基因型的個體,無癥狀的可能性高出8倍以上(OR=8.58,95%CI:1.74~34.43,p=0.001)(圖2)。進一步的分析還發(fā)現(xiàn),雖然Ⅱ類等位基因HLA-DRB1*04:01與該隊列中的無癥狀感染本身沒有顯著相關性,但它會增強HLA-B*15:01的效果。HLA-B15:01和HLA-DRB104:01組合的優(yōu)勢比(OR=3.17,95% CI:1.65–5.80)超過了HLA-B15:01單獨的優(yōu)勢比。

另一方面,HLA-B*15:01與新冠病毒無癥狀感染的顯著關聯(lián)性,在其他兩項獨立的外部隊列(UK隊列,CHIRP/LIINC隊列)中也得到證實(圖2)。

圖2 HLA-B*15:01與新冠病毒關聯(lián)性*

*結果基于廣義線性模型的雙側檢驗,cf:攜帶者頻率;OR:比值比,相對于非HLA-B*15:01攜帶者而言;95%CI:95%置信區(qū)間;P adj:調(diào)整后P值,包括對性別和年齡進行調(diào)整。

未接觸SARS-CoV-2的T細胞的反應

眾所周知,相關性并不代表因果性,為了確定無癥狀確實是由該基因的突變引起的,研究分析了突變基因對下游的生物學——主要是細胞免疫,對其產(chǎn)生的影響。結果發(fā)現(xiàn),攜帶HLA-B*15:01等位基因的新冠感染者,他們的免疫系統(tǒng)更容易誘發(fā)CD8 + T細胞介導的細胞免疫。

首先,研究關注了4個SARS-CoV-2的表位(CVADYSVLY,HVGEIPVAY,NQKLIANQF和RVAGDSGFAAY)(圖3),這些表位之前已經(jīng)顯示出在攜帶HLA-B*15:01的COVID-19患者中引發(fā)由細胞毒性CD8+ T細胞介導的細胞免疫。研究人員在未感染過新冠病毒的個體HLA上發(fā)現(xiàn)有一個表位NQKLIANQF(NQK-Q8),擁有100%的記憶T細胞,這表明在攜帶HLA-B*15:01的未感染過新冠病毒的個體體內(nèi),已經(jīng)存在有了針對新冠病毒的T細胞免疫。換句話說,這些個體的免疫系統(tǒng)已經(jīng)具有對新冠病毒的先天性免疫反應。研究人員推測,他們在感染新冠之前,還接觸過其他冠狀病毒,而這些冠狀病毒與新冠病毒共享某些基因序列,例如NQK-Q8表位等。

圖3 按4個SARS-CoV-2的表位分,初始T細胞和記憶T細胞的比例

并且,研究發(fā)現(xiàn)這些T細胞可以識別來自不同冠狀病毒的NQK肽,表現(xiàn)出“交叉反應”性。這意味著,這些“先天”存在的T細胞,可以識別并且被SARS-CoV-2激活,從而產(chǎn)生免疫應答??赡艿脑蛟谟?,來自SARS-CoV-2的不同NQK肽(例如NQK-Q8肽與NQK-A8肽)存在有公共的T細胞受體。這也可以通過HLA-B*15:01與病毒肽復合物的晶體結構看出,病毒肽能夠穩(wěn)定地與HLA-B15:01分子結合,同時NQK-Q8肽與NQK-A8肽具有相似的結構(圖4,圖5),對T細胞受體的親和力也相似。這為T細胞交叉反應性提供了分子基礎。

圖4 HLA-B15:01與NQK-Q8/A8復合物穩(wěn)定性比較
圖5 ?NQK-Q8和NQK-A8復合物的晶體結構

總結

總的來說,研究為新冠病毒感染后的無癥狀找到了分子,基因,細胞以及宏觀人群各個層面的證據(jù)。首先從隊列分析中看到等位基因HLA-B*15:01與新冠無癥狀的相關性,再到分子生物學分析,發(fā)現(xiàn)T細胞的免疫記憶和交叉反應性,最后通過蛋白質(zhì)晶體結構發(fā)現(xiàn)病毒肽的結構相似性,進一步為HLA-B*15:01導致無癥狀提供分子生物學和細胞免疫的證據(jù)。這些結果有助于我們更好地理解SARS-CoV-2的免疫反應,也可能有助于未來的疫苗設計和治療策略。至少我們可以判斷:一個攜帶HLA-B*15:01 等位基因的人,如果他既往還感染過其他冠狀病毒,比如普通感冒的冠狀病毒,那么他大概率會擁有能夠快速識別并清除新冠病毒的T細胞,能夠更快的產(chǎn)生免疫反應,從而大概率,是一個“無癥狀”的感染者。(完)

參考文獻

1. Oran DP, Topol EJ. Prevalence of Asymptomatic SARS-CoV-2 Infection : A Narrative Review. Ann Intern Med. 2020;173(5):362-367. doi:10.7326/M20-3012

2. Meyerowitz EA, Richterman A, Bogoch II, Low N, Cevik M. Towards an accurate and systematic characterisation of persistently asymptomatic infection with SARS-CoV-2. Lancet Infect Dis. 2021 Jun;21(6):e163-e169. doi: 10.1016/S1473-3099(20)30837-9.

3. Augusto DG, Murdolo LD, Chatzileontiadou DSM, et al. A common allele of HLA is associated with asymptomatic SARS-CoV-2 infection [published online ahead of print, 2023 Jul 19]. Nature. 2023;10.1038/s41586-023-06331-x. doi:10.1038/s41586-023-06331-x

4. Martin MP, Carrington M. Immunogenetics of HIV disease. Immunol Rev. 2013 Jul;254(1):245-64. doi: 10.1111/imr.12071. PMID: 23772624; PMCID: PMC3703621.

5. Ng MH, Lau KM, Li L, Cheng SH, Chan WY, Hui PK, Zee B, Leung CB, Sung JJ. Association of human-leukocyte-antigen class I (B*0703) and class II (DRB1*0301) genotypes with susceptibility and resistance to the development of severe acute respiratory syndrome. J Infect Dis. 2004 Aug 1;190(3):515-8. doi: 10.1086/421523.?


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