話說，最適合臨床科研人員的發(fā)文途徑是什么？

在去年小云肯定會(huì)給你最推薦“純生信”，但現(xiàn)在生信發(fā)文很多都要求“干濕結(jié)合”了，這樣卷起來對沒有實(shí)驗(yàn)條件的小伙伴可就不怎么友好了···

不過事情總會(huì)有轉(zhuǎn)機(jī)，好消息是現(xiàn)在又出現(xiàn)了2條高性價(jià)比發(fā)文途徑可以作為常規(guī)生信分析的補(bǔ)充，就是“臨床公共數(shù)據(jù)庫挖掘”和“孟德爾隨機(jī)化”~

這兩個(gè)方向的文章小云前面也推薦過了，反響相當(dāng)不錯(cuò)，說明大家對于這兩個(gè)方向的興趣比較高，那小云就得繼續(xù)更新啦！

先更一篇風(fēng)頭正盛的孟德爾隨機(jī)化（MR）文章吧！這篇文章分析比較簡單，僅用1圖1表就搞定了7.9分+的文章，發(fā)文性價(jià)比簡直了啊，感興趣的小伙伴抓緊上車?yán)玻瑩屨及l(fā)文紅利走起！

l?題目：抑郁癥和24種胃腸疾病:一項(xiàng)孟德爾隨機(jī)化研究

l?雜志：Transl Psychiatry

l?影響因子：IF=7.989

l?發(fā)表時(shí)間：2023年5月

研究背景

抑郁癥是一種常見而嚴(yán)重的精神疾病，與普通人群相比，抑郁癥患者中消化系統(tǒng)疾病的患病率更高，大多數(shù)觀察性研究已經(jīng)調(diào)查了胃腸道疾病在抑郁癥發(fā)展中的作用，但對其反向影響的調(diào)查有限。與傳統(tǒng)的觀察性研究相比，MR可以最大限度地減少反向因果關(guān)系。目前抑郁癥對大范圍胃腸疾病的影響尚未得到研究。

研究方法

1. 數(shù)據(jù)來源

重性抑郁障礙的遺傳數(shù)據(jù)來自GWAS研究，該研究對來自英國生物庫研究、23andMe和精神病學(xué)基因組學(xué)聯(lián)盟（PGC）的重度抑郁癥工作組的807553個(gè)個(gè)體（246363個(gè)抑郁癥病例和561190個(gè)主要是歐洲血統(tǒng)的對照組）的數(shù)據(jù)進(jìn)行了元分析。24種胃腸道疾病的遺傳數(shù)據(jù)來自英國生物庫研究、FinnGen研究和兩個(gè)大型聯(lián)盟，包括國際炎癥性腸病遺傳學(xué)聯(lián)盟（IIBDGC）和衰老遺傳流行病學(xué)研究（GERA）。中間介質(zhì)身體質(zhì)量指數(shù)、吸煙和二型糖尿病的遺傳工具變量分別從公開的GWASs中提取。詳見表S1：

表S1 研究所用數(shù)據(jù)來源

2. 工具變量的選擇

重性抑郁障礙的遺傳工具變量選擇：總共有98個(gè)單核苷酸多態(tài)性(SNPs)在全基因組顯著性閾值上與抑郁癥相關(guān)(P?<?5?×?10?8)且沒有連鎖不平衡(定義為r2> 0.01)（表S2）。

表S2 重性抑郁障礙的SNPs特征

3. 研究設(shè)計(jì)

應(yīng)用單變量孟德爾隨機(jī)化（MR）分析檢測24種胃腸道疾病與重性抑郁障礙的遺傳易感性的關(guān)系，進(jìn)一步進(jìn)行多變量MR分析，以檢測體重指數(shù)、吸煙和二型糖尿病病的中介作用（圖1）。研究滿足MR分析的三個(gè)主要假設(shè)：

1）工具變量（IVs）與暴露密切相關(guān)；

2）IVs不應(yīng)與潛在的混雜因素相關(guān)；

3）IVs應(yīng)該只通過暴露來影響結(jié)果。

圖1?研究設(shè)計(jì)圖

4. MR分析方法

MR分析采用在乘法隨機(jī)效應(yīng)模型下用反方差加權(quán)法（IVW）作為主要分析方法，并引入了多種敏感性和異質(zhì)性分析方法，所有分析均使用R軟件包TwoSampleMR、MendelianRandomization和MRPRESSO進(jìn)行：

l?利用三個(gè)敏感性分析（weighted median、MR-Egger 和MR-PRESSO）檢測潛在的水平多效性和檢查相關(guān)性的一致性；

l?Cochrane的Q值用于評估SNPs估計(jì)值的異質(zhì)性；

主要結(jié)果

1. 抑郁癥的遺傳易感性與24種胃腸疾病的相關(guān)性

IVW分析顯示，抑郁癥的遺傳易感性與24項(xiàng)研究的胃腸疾病中的12項(xiàng)呈正相關(guān)，在多次比較校正后，這些相關(guān)性仍然存在。圖中顯示抑郁癥的遺傳易感性與腸易激綜合征、非酒精性脂肪肝、酒精性肝病、胃食管反流、慢性胰腺炎、十二指腸潰瘍、慢性胃炎、胃潰瘍、憩室病、膽石癥、急性胰腺炎和潰瘍性結(jié)腸炎的高風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)（圖2）。（ps：森林圖繪制也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼分析和繪圖小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來嘗試喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）

圖2 抑郁癥的遺傳易感性與24種胃腸疾病的相關(guān)性

2.?由潛在介質(zhì)介導(dǎo)的抑郁對胃腸道疾病影響的評估

作者進(jìn)行多變量MR評估三種介質(zhì)對胃腸道疾病風(fēng)險(xiǎn)的影響，并對抑郁進(jìn)行調(diào)整，結(jié)果發(fā)現(xiàn)身體質(zhì)量指數(shù)(49.28%)和三種介質(zhì)的組合(53.54%)在抑郁癥對非酒精性脂肪肝的影響中起了相當(dāng)大的作用。對于抑郁癥對急性胰腺炎的因果影響，由吸煙引發(fā)的比例高達(dá)45.02%（表1）。

表1?由潛在介質(zhì)介導(dǎo)的抑郁對胃腸道疾病影響的評估

小結(jié)

這篇文章利用MR分析抑郁對24種胃腸道疾病風(fēng)險(xiǎn)的影響，運(yùn)用MR經(jīng)典IVW數(shù)據(jù)分析方法和多種統(tǒng)計(jì)學(xué)方法，只需公共數(shù)據(jù)挖掘+分析，就發(fā)到接近8分的文章，妥妥的高性價(jià)比發(fā)文途徑！如果你也有無法做實(shí)驗(yàn)的困擾，或者想在臨床、流行病學(xué)方向發(fā)高分文章，不妨試試這個(gè)省錢省時(shí)又省力的思路吧！?