計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)備忘錄(二)
本文摘錄IUPAC白皮書(shū)第4章第1部分核苷酸及其組成部分的名稱、三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)和一位字母簡(jiǎn)寫(xiě)。
堿基的三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)一般為英文習(xí)慣命名的前三個(gè)字母,具體如下:
腺嘌呤????adenine????Ade
胸腺嘧啶????thymine????Thy
鳥(niǎo)嘌呤????guanine????Gua
胞嘧啶????cytosine????Cyt
尿嘧啶????uracil????Ura
黃嘌呤????xanthine????Xan
次黃嘌呤????hypoxanthine????Hyp
orotate????Oro
thiouracil????Sur
thiohypoxanthine(6-mercaptopurine)????Shy
unknown purine????Pur
unknown pyrimidine????Pyr
白皮書(shū)指出,用簡(jiǎn)寫(xiě)表示一個(gè)堿基時(shí),應(yīng)該用上述三位字母,而不是形如A、T、G、C、U這樣的一位字母簡(jiǎn)寫(xiě)。
核糖核苷的三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)與堿基的三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)類似,含嘌呤的核糖核苷三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)最后一位是o,含嘧啶的核糖核苷三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)最后一位是d。
腺嘌呤核糖核苷????adenosine????Ado
胸腺嘧啶核糖核苷????ribosylthymine????Thd
鳥(niǎo)嘌呤核糖核苷????guanosine????Guo
胞嘧啶核糖核苷????cytidine????Cyd
尿嘧啶核糖核苷????uridine????Urd
假尿嘧啶核糖核苷????pseudouridine????Ψrd
黃嘌呤核糖核苷????xanthosine????Xao
inosine????Ino
orotidine????Ord
thiouridine????Srd
thioinosine(mercaptopurine ribonucleoside)????Sno
a purine nucleoside? ? Puo
a pyrimidine nucleoside? ? Pyd
a nucleoside????Nuc
在上述的三位字母簡(jiǎn)寫(xiě)前添加d,就是相應(yīng)的2'-脫氧核苷簡(jiǎn)寫(xiě)。與堿基類似,用簡(jiǎn)寫(xiě)表示一個(gè)核糖核苷時(shí),應(yīng)該用上述三位字母。
核糖核苷還有一位字母簡(jiǎn)寫(xiě),具體如下:
A????adenosine
T????ribosylthymine
G????guanosine
C????cytidine
I????inosine
U????uridine
X????xanthosine
Ψ????pseudouridine
R????unspecified purine nucleoside
Y????unspecified pyrimidine nucleoside
N????unspecified or unknown nucleoside
D????5,6-dihydrouridine
B????5-bromouridine
S????thiouridine
O????orotidine
在程序設(shè)計(jì)中,可以用Q代替Ψ。在上述的一位字母簡(jiǎn)寫(xiě)前添加d,就是相應(yīng)的2'-脫氧核苷簡(jiǎn)寫(xiě)。

白皮書(shū)第4章第1部分PDF文件(訪問(wèn)日期:2023/2/22)
https://www.degruyter.com/document/doi/10.1351/pac197440030277/html