技術(shù)分享 | 基因干擾研究工具(下)
背景介紹
RNA干擾(RNA interference,RNAi)是指一種分子生物學(xué)上由雙鏈RNA誘發(fā)的基因沉默現(xiàn)象,其機(jī)制是通過阻礙特定基因的轉(zhuǎn)錄或翻譯來抑制基因表達(dá)。
由于RNAi具有高度的序列專一性,可以特異地沉默基因,從而獲得基因功能喪失或基因表達(dá)量的降低。

上篇為大家介紹了siRNA、shRNA兩種常用的基因干擾工具,詳情可點(diǎn)擊基因干擾研究工具(上)查看,今天就繼續(xù)為大家介紹基因干擾相關(guān)的特色服務(wù),一起往下看吧~
組織特異性干擾: miR30-shRNA
表達(dá)shRNA常用的polⅢ型啟動(dòng)子有U6和H1,由于構(gòu)建序列較短,shRNA能夠輕易的插入病毒載體,但是想實(shí)現(xiàn)特定組織中的基因沉默,少不了組織特異性啟動(dòng)子的助力,然而U6和H1并不具有組織特異性。
基于miRNA骨架的shRNA干擾載體,采用了pol II型啟動(dòng)子(包括多種組織特異性啟動(dòng)子)驅(qū)動(dòng),從而實(shí)現(xiàn)特定組織中的基因沉默。目前用于干擾作用的miRNA骨架(如miR30、miR155、miR17-92等)中,最常用的就是miR30結(jié)構(gòu)。
載體優(yōu)勢(shì)
01?啟動(dòng)子選擇性多
基于mir30的shRNA可以通過RNA聚合酶II啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄,包括CMV、CAG、誘導(dǎo)型啟動(dòng)子和組織特異性啟動(dòng)子等,尤其是組織特異性啟動(dòng)子,在這類啟動(dòng)子的作用下,利用miR30結(jié)構(gòu)實(shí)現(xiàn)的基因敲低往往只限于某些特定的組織或器官,同時(shí)表現(xiàn)出發(fā)育調(diào)節(jié)等特性。
02?多個(gè)shRNA共表達(dá)
RNA聚合酶II能夠有效轉(zhuǎn)錄長RNA,因此可以通過多順反子結(jié)構(gòu)將多個(gè)shRNA構(gòu)建至同一個(gè)啟動(dòng)子下,縮減載體長度的同時(shí)可以實(shí)現(xiàn)對(duì)多個(gè)基因的RNA干擾。
03?報(bào)告基因共表達(dá)
通過多順反子結(jié)構(gòu)將shRNA與報(bào)告基因在同一啟動(dòng)子下表達(dá),能更精確地監(jiān)測(cè)shRNA的轉(zhuǎn)錄水平。
04?作用穩(wěn)定且高效
基于miR30結(jié)構(gòu)的shRNA不太容易通過干擾內(nèi)源性miRNA途徑引起細(xì)胞毒性;miR30的天然環(huán)狀結(jié)構(gòu)能確保精確的Dicer切割并減少脫靶效應(yīng)。
吉滿生物可以為客戶提供多種特異性啟動(dòng)子,能夠?qū)崿F(xiàn)不同組織/細(xì)胞的特異性表達(dá)??梢詫⑦x定啟動(dòng)子和shRNA序列構(gòu)建至mir30-shRNA載體上,并能提供序列篩選服務(wù),助力篩選出干擾效果更好的shRNA(mir-30),此外,我們還可進(jìn)行后續(xù)慢病毒、腺相關(guān)病毒的包裝,實(shí)現(xiàn)組織特異性基因沉默!
Tet-On誘導(dǎo)性干擾
Tet調(diào)控表達(dá)系統(tǒng)通過誘導(dǎo)藥物(如四環(huán)素和強(qiáng)力霉素等)改變調(diào)控蛋白的構(gòu)象,從而達(dá)到調(diào)控目標(biāo)蛋白表達(dá)的目的。TetR(Tet阻遏蛋白,Tet repressor protein)與TetO(Tet操縱子,Tet operator),能夠特異性結(jié)合。
當(dāng)無誘導(dǎo)藥物存在時(shí),TetR會(huì)與TetO結(jié)合,從而阻斷下游耐藥基因的表達(dá);當(dāng)有誘導(dǎo)藥物存在時(shí),TetR的構(gòu)象會(huì)發(fā)生改變,并從TetO上脫離下來,使下游耐藥基因得以表達(dá)。
Tet-on系統(tǒng)組成

Tet-on原理
rtTA是由tTA突變4個(gè)氨基酸形成,它的表型與tTA相反。生理?xiàng)l件下,rtTA與TRE不結(jié)合,由于PminCMV缺少增強(qiáng)子,因此目的基因不表達(dá);
給于DOX后,DOX與rtTA的結(jié)合體與TRE結(jié)合,從而啟動(dòng)基因表達(dá)。
吉滿生物為客戶提供tet-on干擾慢病毒包裝以及細(xì)胞株構(gòu)建服務(wù)。
CRISPRi(基因抑制/沉默)
CRISPRi(CRISPR Interference)系統(tǒng)是在CRISPR/Cas9 的基礎(chǔ)上發(fā)展而來的,可特異性地抑制靶基因的轉(zhuǎn)錄而并非將基因knockout來實(shí)現(xiàn)調(diào)控。相比于knockout,CRISPRi 能夠在不同水平對(duì)靶基因進(jìn)行劑量控制的敲減,是用于抑制內(nèi)源性基因轉(zhuǎn)錄的強(qiáng)大工具。
當(dāng)dCas9(沒有切割活性的Cas9)被引導(dǎo)到靶基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)TSS(transcription start site)時(shí),dCas9能夠物理性阻礙RNA聚合酶的通過,導(dǎo)致基因沉默。同時(shí)dCas9融合了一個(gè)基因抑制結(jié)構(gòu)域,如KRAB結(jié)構(gòu)域,這樣的蛋白稱之為dCas9-KRAB,可以進(jìn)一步提高轉(zhuǎn)錄抑制的效率。此外,dCas9也可以融合雙抑制結(jié)構(gòu)域KRAB-MeCP2,抑制效果更佳。
由于dCas9-KRAB CRISPRi系統(tǒng)是在DNA水平抑制基因表達(dá),因此適用于多種類型的基因,包括:mRNA、非編碼RNA、反義轉(zhuǎn)錄本、核定位RNA以及聚合酶III 轉(zhuǎn)錄本等基因的轉(zhuǎn)錄抑制等。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
不改變內(nèi)源基因組背景、介導(dǎo)的敲低是可誘導(dǎo)且可逆、基因抑制效果可篩選、適用更多基因種類。
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