在線繪制GO、Pathway富集結(jié)果弦圖
富集分析是生物醫(yī)學(xué)論文中非常常見的一類分析，例如GO富集分析，Pathway富集分析等。其結(jié)果一般包括以下幾個(gè)要素：1，名字（GO term或者KEGG description）；2，該名字中包含的基因；3，該名字中包含的基因的P值等。常見的繪圖包括：氣泡圖，條形圖。今天我們利用GOplot R包，來繪制一個(gè)弦圖（chord plot）。
弦圖簡介：下面這個(gè)圓形的、錯(cuò)綜復(fù)雜的圖就是弦圖，屬于圈圖的一種，在高大上的生物醫(yī)學(xué)類文章中會(huì)經(jīng)常見到。弦圖可以展示多個(gè)對象間的關(guān)系。例如這里就展示了5個(gè)不同GO term（右側(cè)）里包含的基因，及它們的倍數(shù)變化（左側(cè)）。本質(zhì)上講，弦圖是一種網(wǎng)絡(luò)圖，想象一下，如果把外側(cè)的矩形都換成點(diǎn)，中間的帶換成連線，就是一個(gè)圓形布局的網(wǎng)絡(luò)圖。
1，打開繪圖頁面
首先，使用瀏覽器（推薦chrome或者edge）打開弦圖繪制頁面。左側(cè)為常見作圖導(dǎo)航，中間為數(shù)據(jù)輸入框和可選參數(shù)，右側(cè)為描述和結(jié)果示例。也可以在主頁搜索框中搜索chord，找到繪圖頁面。
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_GOplot_chord_plot_085
圖1.可視化繪圖頁面
2，示例數(shù)據(jù)
點(diǎn)擊右側(cè)“示例數(shù)據(jù)”鏈接下載excel格式的示例數(shù)據(jù)。
圖2. 輸入數(shù)據(jù)示例
示例數(shù)據(jù)（僅供參考）包括3塊：
第1塊（第一列）是基因名
第2塊（第二列到倒數(shù)第二列）是基因在每個(gè)GO term中的從屬關(guān)系，0表示不再這個(gè)GO term里，1表示在這個(gè)GO term里。
第3塊（最后一列）是基因?qū)?yīng)的倍數(shù)變化 （可選，你的數(shù)據(jù)中沒有這個(gè)信息的話，就不要這一列），名字必需是logFC（大小寫敏感）。
注意：需要參考示例數(shù)據(jù)，將自己的數(shù)據(jù)在excel中整理成示例數(shù)據(jù)的樣式。
我們還提供了格式轉(zhuǎn)換頁面，可以將任何富集結(jié)果轉(zhuǎn)成GO chord輸入形式
https://www.bioinformatics.com.cn/GO_chord_data_format_convert_t002
輸入是metascape的富集結(jié)果，第一列是名字，第二列是基因，以|分割?？截惸愕母患Y(jié)果，然后輸入分隔符就可以轉(zhuǎn)化成繪圖數(shù)據(jù)了（見圖2示例）
圖3. 富集結(jié)果轉(zhuǎn)化輔助頁面
3，粘貼示例數(shù)據(jù)
直接復(fù)制示例數(shù)據(jù)中的A-G列數(shù)據(jù)，然后粘貼到輸入框。
注意：不是拷貝excel文件，是拷貝excel文件里邊的數(shù)據(jù)。另外粘貼到輸入框后，格式亂了沒關(guān)系，只要在excel中是整齊的就行。并且數(shù)據(jù)矩陣中不能有空的單元格，中文字符等。
圖4. 必需輸入
4，修改參數(shù)，并提交
我們設(shè)置了圖片尺寸，文字大小，排序，字體等參數(shù)，基本能滿足日常繪圖使用。如需更高級的定制，請聯(lián)系我們。
圖5. 節(jié)點(diǎn)、文字、顏色等可調(diào)參數(shù)
5，提交出圖
粘貼好輸入數(shù)據(jù)，調(diào)整好參數(shù)（或者全部默認(rèn)）后，點(diǎn)擊提交按鈕，約5秒后，會(huì)在頁面右側(cè)出現(xiàn)預(yù)覽圖。我們提供了4種圖片格式供下載使用，兩種矢量圖（pdf，svg）和兩種標(biāo)量圖（600 dpi tiff和300 dpi png）。
圖6.預(yù)覽與下載
點(diǎn)評：
1，由于該圖利用弦來表示關(guān)聯(lián)，因此條目不能過多，推薦6個(gè)以內(nèi)的GO或者KEGG條目，基因50個(gè)以內(nèi)。
2，由于GO term有時(shí)候非常長，導(dǎo)致該圖經(jīng)常有截?cái)?，因此可以先利用縮寫來代替，或者先設(shè)置非常小的字體，然后使用AI或者inkscape調(diào)整文字位置及大小。
3，由于GO term跟圈圖比例不是固定的，因此出的圖并非完全正圓，若有強(qiáng)迫癥，可以使用windows自帶的“截圖和草圖”-“量角器”進(jìn)行確證并調(diào)整圖片長寬。
沒有預(yù)覽就是沒有出圖，這時(shí)請參考示例數(shù)據(jù)，檢查自己輸入數(shù)據(jù)的格式。
遇到文字截?cái)?，需要修改字體、調(diào)整字體大小等，使用scape軟件。
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