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原創(chuàng)?小果?生信果? 關(guān)注我們

近期有一位小伙伴私信小果，小伙伴是研究肌肉生長(zhǎng)發(fā)育方向的，目前正在做一個(gè)基因的機(jī)制部分，想要看一下該基因是否受Myod1（一個(gè)肌肉生長(zhǎng)發(fā)育關(guān)鍵調(diào)控因子）的調(diào)控，就來私信小果有沒有相關(guān)的預(yù)測(cè)方法。

小果掐指一算，料到肯定有相關(guān)的預(yù)測(cè)方法，查閱了資料之后就給大家找到了MEME數(shù)據(jù)庫中的FIMO算法，FIMO常見的應(yīng)用場(chǎng)景是根據(jù)轉(zhuǎn)錄因子的motif，分析在某個(gè)基因的啟動(dòng)子區(qū)序列上是否存在對(duì)應(yīng)的結(jié)合位點(diǎn)。是不是很神奇？我們只需要找到調(diào)控因子的motif文件以及想要研究基因的啟動(dòng)子序列就可以進(jìn)行在線分析啦，分析過程十分簡(jiǎn)單，趕快跟小果一塊學(xué)習(xí)吧?。?！

Part.1進(jìn)入數(shù)據(jù)庫首頁

（https://meme-suite.org/meme/tools/fimo）

Part.2輸入motif文件以及啟動(dòng)子序列文件，motif文件可以從jaspar數(shù)據(jù)庫（https://jaspar.genereg.net）中下載，啟動(dòng)子序列可以從UCSC數(shù)據(jù)庫（http://genome.ucsc.edu/index.html）中下載

Part.3點(diǎn)擊提交，進(jìn)入等待頁面，稍等1分鐘就可以出現(xiàn)結(jié)果

Part.4點(diǎn)擊FIMO HTML output 查看數(shù)據(jù)結(jié)果

Part.5結(jié)果解讀

通過這個(gè)表格我們就可以發(fā)現(xiàn)調(diào)控因子能否和目標(biāo)基因結(jié)合以及具體結(jié)合在那個(gè)區(qū)域，我們往往選擇排名最靠前的結(jié)果，根據(jù)以上的結(jié)果就可以進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，或者佐證自己的科學(xué)問題啦。跟效果學(xué)習(xí)之后，是不是發(fā)現(xiàn)這個(gè)數(shù)據(jù)庫特別簡(jiǎn)單？

小伙伴們有什么疑問或者想要學(xué)習(xí)的內(nèi)容，歡迎各位小伙伴們私信小果，小果都會(huì)竭盡全力的告訴大家的！

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