5張結(jié)果圖=一篇8分+生信分析文章！你想不想要？

小云說：成功的生信分析=1%的創(chuàng)新思路+99%的常規(guī)分析。

但是，那1%的創(chuàng)新是最重要的，甚至比那99%的常規(guī)分析都重要！

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那么，同一種免疫細(xì)胞可以換不同的疾病數(shù)據(jù)集分析；而同一種疾病，換一種免疫細(xì)胞進(jìn)行分析，豈不又是一篇文章？

另外，免疫細(xì)胞有很多，不僅可以分析Treg、巨噬細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞，還可以分析輔助性T細(xì)胞（Th細(xì)胞）！

小云今天就帶你看看，只有簡(jiǎn)簡(jiǎn)單單的5張結(jié)果圖，基于輔助性T細(xì)胞（Th細(xì)胞）進(jìn)行疾病分型的分析，是如何輕輕松松的發(fā)一篇8分+生信分析文章的。

文章題目：基于輔助T細(xì)胞分型鑒定的乳腺癌亞型的免疫和細(xì)胞外基質(zhì)特征

發(fā)表雜志：Frontiers in immunology

影響因子：IF=8.786

發(fā)表時(shí)間：2022年6月

數(shù)據(jù)信息

研究思路

將TCGA和GEO數(shù)據(jù)根據(jù)Th細(xì)胞特征的基因集進(jìn)行聚類，分析不同聚類的免疫細(xì)胞浸潤、差異表達(dá)基因，并進(jìn)行功能富集分析。臨床樣本驗(yàn)證Th細(xì)胞亞型與細(xì)胞外基質(zhì)(ECM)的相關(guān)性。

主要研究結(jié)果

1.?Th細(xì)胞亞型的鑒定及腫瘤免疫微環(huán)境的分析

基于單樣本基因集富集分析(ssGSEA)中獲得的Th細(xì)胞特征，包括Th1、Th2、Th17、Tfh和Treg五種Th細(xì)胞亞型的基因集。對(duì)TCGA和GEO中的乳腺癌數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析，發(fā)現(xiàn)樣本聚為兩個(gè)聚類(Cluster 1和Cluster 2)。

采用CIBERSORT分析22種免疫細(xì)胞在每個(gè)樣本中的比例，分析免疫微環(huán)境的差異。根據(jù)結(jié)果將Cluster 1定義為Th沉默組，Cluster 2定義為Th激活組。

2.?基于Th細(xì)胞分成的兩個(gè)亞組進(jìn)行功能富集分析

PCA結(jié)果顯示兩個(gè)亞組被清晰地分開(圖2A)。GSEA分析顯示Th激活組中，免疫相關(guān)通路的激活，證實(shí)了Th激活組中免疫原性和免疫活性強(qiáng)于Th沉默組。

3.?兩組間差異表達(dá)基因（DEGs）富集的通路提示Th細(xì)胞與ECM之間的相關(guān)性

分析兩組間的差異表達(dá)基因，并進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析，結(jié)果提示膠原的合成和ECM的構(gòu)建可能與Th細(xì)胞的激活有關(guān)。

4.?臨床樣本驗(yàn)證不同Th細(xì)胞亞型與ECM的相關(guān)性

對(duì)30例TNBC患者的原發(fā)病灶石蠟組織切片進(jìn)行免疫熒光染色，標(biāo)記CD4+T-bet+Th1、CD4+GATA3+Th2、CD4+CD25+Treg細(xì)胞。根據(jù)各Th細(xì)胞亞型含量進(jìn)行分組，masson三色染色檢測(cè)膠原蛋白的面積。驗(yàn)證不同Th細(xì)胞亞型與ECM的相關(guān)性。

5.?基于Th細(xì)胞總數(shù)和Th細(xì)胞亞型進(jìn)行分組，并分析不同分組的預(yù)后

對(duì)TCGA數(shù)據(jù)樣本進(jìn)行了K-M生存分析，發(fā)現(xiàn)Th激活組的OS較長。對(duì)GEO數(shù)據(jù)集的10年無病生存率（EFS）進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)Th激活組的EFS較長。另外Th1細(xì)胞浸潤程度高的患者預(yù)后較好，DFS較長。而Th2和Treg則相反。

總結(jié)

這篇文章的創(chuàng)新點(diǎn)就在于基于輔助性T細(xì)胞（Th細(xì)胞）對(duì)疾病進(jìn)行分型，思路新穎。分析內(nèi)容不復(fù)雜，再加一點(diǎn)點(diǎn)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，干濕結(jié)合還能夠滿足畢業(yè)需求。?而且使得基于免疫細(xì)胞的分析又添了新的思路-- Th細(xì)胞。不僅腫瘤、非腫瘤疾病也可以分析包括Th細(xì)胞在內(nèi)的免疫細(xì)胞，非腫瘤疾病分析空間更加廣泛哦！如果您想設(shè)計(jì)免疫細(xì)胞或者其他方向的生信分析思路，但是時(shí)間和精力有限，可以掃碼咨詢小云，有超多個(gè)性化、創(chuàng)新性高的分析思路供你選擇！別忘了還有精品培訓(xùn)課程《腫瘤微環(huán)境和免疫治療課題思路介紹及熱點(diǎn)方向分析專題會(huì)議》，歡迎咨詢小云哦！