Openbiox 開源之夏項(xiàng)目公布倉庫：https://github.com/openbiox/summer-ospp

小編之前發(fā)起了一個跨學(xué)科的生物信息學(xué)協(xié)作社區(qū)，Openbiox 開源社區(qū)，并在這項(xiàng)工作中共同建立了一個新興的易于使用和可擴(kuò)展的在線網(wǎng)頁分析工具，Hiplot（ORG）。

Hiplot (ORG) （特指 https://hiplot.org、https://hiplot.cn ）于 2022 年 7 月發(fā)表于生物信息學(xué)領(lǐng)域國際知名期刊《生物信息學(xué)簡報(bào)》（Briefings in Bioinformatics），該網(wǎng)站由包括上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)附屬瑞金醫(yī)院、上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院、上海交通大學(xué)附屬第一人民醫(yī)院、上?？萍即髮W(xué)、中山大學(xué)、廣東海洋大學(xué)以及 Openbiox 開源社區(qū)在內(nèi)的多家國內(nèi)單位/機(jī)構(gòu)/生物信息學(xué)社區(qū)共同貢獻(xiàn)的一個免費(fèi)的、綜合性生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)可視化分析網(wǎng)站 Hiplot（ORG）。自 2020 年上線以來，Hiplot (ORG) 可視化工具箱已提供超過 240 個一鍵式數(shù)據(jù)可視化分析插件，涉及基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)圖形、組學(xué)和其他常見的生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)可視化分析任務(wù)。注冊用戶近 3 萬 5 千人，累計(jì)訪問超 500 萬次。

本次由中科院軟件所舉辦的開源之夏活動為?Openbiox 開源社區(qū)提供了兩個潛在可以被活動組織方資助的項(xiàng)目名額。這里將向大家初步發(fā)布其中可能的一個項(xiàng)目的簡短需求。因?yàn)閮?nèi)容還在更新中，大家以最后 summer-ospp 活動組織方發(fā)布為準(zhǔn)。

Hiplot (ORG) 在線繪圖網(wǎng)站 ChatGPT 輔助接口實(shí)現(xiàn)和統(tǒng)計(jì)工具開發(fā)

項(xiàng)目小背景/需求

1. Hiplot (ORG) 網(wǎng)站目前在生物/臨床統(tǒng)計(jì)分析、一些前沿領(lǐng)域的繪圖功能（單細(xì)胞、空間轉(zhuǎn)錄組等）方面功能仍相對欠缺，亟需在相關(guān)方向組織攻關(guān)和協(xié)作；

2. ChatGPT 提供了極佳的機(jī)會來讓在線工具變得更加自動化和個性化：可以輔助我們完成數(shù)據(jù)的自動預(yù)處理和格式化、繪圖樣式的修改和調(diào)整等。因此我們希望可以打通自然語言處理的部分接口，允許用戶輸入自然語言或編程代碼來自定義我們發(fā)布的數(shù)百個標(biāo)準(zhǔn)化繪圖工具。

項(xiàng)目技術(shù)要求

項(xiàng)目申請人（學(xué)生）需要有較為扎實(shí)的數(shù)學(xué)/統(tǒng)計(jì)學(xué)背景知識，可以熟練使用 R 語言/統(tǒng)計(jì)/繪圖工具包、熟悉 ChatGPT 接口和常用 Prompt，了解 Hiplot（ORG）繪圖插件開發(fā)框架（見已發(fā)表論文），有單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析、自然語言處理和 Web 工具開發(fā)經(jīng)驗(yàn)優(yōu)先。

項(xiàng)目產(chǎn)出倉庫和知識產(chǎn)權(quán)歸屬

1. https://github.com/openbiox/hiplot-org-plugins ：新增繪圖插件，將在Academic Free License version 3.0 協(xié)議基礎(chǔ)上額外約束商業(yè)使用需獲得工具開發(fā)人員授權(quán)；

2. https://github.com/hiplot/hiplotlib ：繪圖插件本地執(zhí)行框架，ChatGPT 接口實(shí)現(xiàn)倉庫，遵循完全自由使用的 MIT 協(xié)議；

3. 項(xiàng)目申請人與其他實(shí)際參與項(xiàng)目開發(fā)人員共同擁有相關(guān)知識產(chǎn)權(quán)。
   

Hiplot（ORG）網(wǎng)站的最新近況

1. Openbiox 社區(qū) Hiplot (ORG) 項(xiàng)目最新訪問網(wǎng)址：https://hiplot.cn 或 https://hiplot.org 。推薦大家使用?ORG 網(wǎng)站地址用于學(xué)術(shù)文章正式引用（還有很多同學(xué)只引用網(wǎng)站鏈接的情況；從學(xué)術(shù)規(guī)范性角度建議大家引用我們已發(fā)表的文獻(xiàn)哈）；

2. Openbiox 開源社區(qū)主導(dǎo)開發(fā)/運(yùn)維的網(wǎng)站【例如?Hiplot (ORG)?】一般都是永久免費(fèi)、無廣告、無推廣和無會員的。當(dāng)然，大家也可以適當(dāng)支持一下，特別是幫我們多多安利下我們的社區(qū)項(xiàng)目；

3. 這幾天，小編對?Hiplot (ORG)?網(wǎng)站的打包文件進(jìn)行了一些瘦身，文件大小估計(jì)縮減為之前的 5-10%，同時也利用到了華為云 CDN 服務(wù)器進(jìn)行了部分靜態(tài)文件的全球加速。預(yù)估我們網(wǎng)站的首頁打開速度（渲染出頁面）可以從之前大約 5-10s 左右提高到 1s 以內(nèi)。大家也可以幫忙在不同網(wǎng)絡(luò)環(huán)境測試一下，反饋給我們哦。?

4. 我們已開始籌備明年的網(wǎng)站 Update 文章。正如本篇推送發(fā)布的社區(qū)項(xiàng)目所介紹的，今年我們將為大家新開發(fā)至少 100 個開源繪圖/統(tǒng)計(jì)插件（依然保持學(xué)術(shù)使用免費(fèi)）。希望后續(xù)也可以多多和同行們一起推動相關(guān)領(lǐng)域的進(jìn)展，非常歡迎大家部署我們的開源網(wǎng)站工具或者向我們的開源倉庫貢獻(xiàn)新工具。

其他已發(fā)表工具推薦

數(shù)據(jù)分析建議大家優(yōu)先選擇和使用已發(fā)表的工具，例如我的 BIB 文章對應(yīng)著 Openbiox 社區(qū) Hiplot (ORG) 網(wǎng)站。未發(fā)表的工具會導(dǎo)致很多不穩(wěn)定性因素（深刻教訓(xùn)）。作為小小青年編委，這里也同步分享幾個發(fā)表在國內(nèi) iMeta 生物信息學(xué)期刊圖形化工具（很熱門?。蠹乙部梢酝蕉喽嘁?！

ImageGP: https://doi.org/10.1002/imt2.5

Sangerbox: https://doi.org/10.1002/imt2.36

Majorbio Cloud: https://doi.org/10.1002/imt2.12

ComplexHeatmap: https://doi.org/10.1002/imt2.43