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生信人R語言學(xué)習(xí)必備

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• 今天小果學(xué)習(xí)到一個新名詞：免疫基因?qū)?。它是指免疫系統(tǒng)中兩個基因的表達量之間的關(guān)系。
  

在樣品a中，免疫基因A表達大于免疫

基因B，那么這個基因?qū)υ跇悠穉中表達就為數(shù)字1；在樣品b中，免疫基因A表達小于免疫基因B，那么這個基因?qū)υ跇悠穊中表達就為數(shù)字0。這種方法可以用于分析不同樣本之間的差異，從而找到與某種疾病相關(guān)的免疫基因?qū)Α?/p>

篩選免疫基因?qū)τ惺裁纯旖莸霓k法嗎？這就是小果今天要介紹的小工具了。

上傳數(shù)據(jù)

在構(gòu)建之前，我們需要以下數(shù)據(jù)：

1. surv.txt（樣本生存信息）

2. genes_IRIS.txt（免疫基因的相關(guān)信息）

3. tpm.txt（基因表達矩陣）

輸出結(jié)果

output_km_screening_of_gene_pair.txt（基因?qū)ξ募⒆鰴z驗）

注：其中IRGP表示免疫基因?qū)?，logrank.p是指在生存分析中進行組間比較時，計算得出的log-rank檢驗的P值。P值是用來評估這種差異是否顯著的指標，P值越小表示差異越顯著。FWER指的是“family-wise error rate”，即家族普通誤差率，是一種多重比較校正方法。在進行多個假設(shè)檢驗時，由于進行多次比較，有可能會出現(xiàn)假陽性（Type I error）的問題。FWER校正方法可以控制該概率在一個預(yù)先設(shè)定的水平內(nèi)，如0.05或0.01。

今天的介紹就到這里啦，請持續(xù)關(guān)注小果，我們下期見~

篩選免疫基因?qū)π」ぞ撸?strong>www.biocloudservice.com/589/589.php

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