LAMMPS分子動力學程序是一款開源免費的軟件，可以模擬氣態(tài)、液態(tài)、固態(tài)及混合態(tài)體系，LAMMPS軟件計算速度快，計算能力強，用戶使用LAMMPS既可以根據(jù)程序原有功能進行in文件編寫進行模擬又可以自行編碼開發(fā)出自己需求的功能。

lammps分子動力學

贈送視頻內(nèi)容?MD基礎知識?
分子動力學模擬入門理論——掌握LAMMPS的in文件中實現(xiàn)這些功能的命令
系綜理論、主要算法介紹、單位制
積分步長的選取、溫度和壓力控制、
周期性邊界條件
力場簡介
分子動力學模擬流程

LAMMPS基礎入門?
1 LAMMPS的基礎入門——初識LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？
1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系統(tǒng)的安裝及使用
1.2 in文件結(jié)構(gòu)格式
1.3 in文件基本語法：結(jié)合實例，講解in文件常用命令
1.4 data文件格式
1.5 LAMMPS常見錯誤解決途徑
?實例操作：
運行并理解跟自己科研方向相近的例子。

LAMMPS進階（石墨烯、金屬材料模擬專題）?
2 LAMMPS進階實例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻模型，舉一反三提高學習效率
?實例操作：
2.1 把剪切模型轉(zhuǎn)換成拉伸模型
2.2 lattice命令石墨烯、金屬、合金、高熵合金不同形狀模型
2.3 石墨烯(不同力場)、金屬、合金、高熵合金等拉伸剪切力學性質(zhì)模擬

LAMMPS進階（納米流體模擬專題）
3 LAMMPS進階實例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻模型，舉一反三提高學習效率
?實例操作：
3.1 把二維couette和poiseuille流動擴展成三維模型
3.2 建立三維管道內(nèi)的poiseuille流動
3.3 進行石墨烯通道內(nèi)的Couette流動和Poiseuille流動模擬
3.4 調(diào)節(jié)通道表面電荷性質(zhì)、親疏水性質(zhì)，分析其對流動性質(zhì)的影響
3.5 學習使用packmol，建立復雜混合溶液體系模型
3.6 模擬KCl等鹽溶液的納米流體流動

LAMMPS進階（熱傳導模擬專題）
4 LAMMPS進階實例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻模型，舉一反三提高學習效率
實例操作：
4.1 理解導熱系數(shù)意義
4.2 掌握lammps計算導熱系數(shù)的幾種方法
4.3 碳納米管等導熱系數(shù)的模擬計算

LAMMPS進階（多成分體系模擬專題）
5 LAMMPS進階實例操作，理解模擬對象的物理意義——從簡單例子走向文獻模型，舉一反三提高學習效率
?實例操作：
5.1 金屬、合金、高熵合金的摩擦模擬
5.2 材料切削模擬
5.3 夾層結(jié)構(gòu)(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度條件下的摩擦模擬復現(xiàn)

LAMMPS進階（金屬、半導體材料的輻照模擬）?
6 離子輻照對石墨烯、金屬、碳化硅的離位損傷模擬
6.1 建立模擬體系的初始模型
6.2 PKA動能、位移隨時間變化
6.3 點缺陷結(jié)構(gòu)可視化
6.4 點缺陷的數(shù)量隨時間變化
6.5 點缺陷的空間分布及演化過程
備選內(nèi)容，根據(jù)課堂進度和學員情況決定 VMD、OVITO、msi2lmp等有機小分子建模，模型合并及模擬的軌跡文件處理等

自建分子力場參數(shù)文件和金屬有機框架材料晶體模型
7 LAMMPS分子力場文件創(chuàng)建及MOFs材料建模
7.1 介紹固體材料單晶包試驗數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，掌握基本的材料幾何特征
7.2 利用MS軟件構(gòu)建MOFs材料單晶包模型和H2和CO2分子模型
7.3 講解分子作用勢能函數(shù)，學習編寫MS軟件中的力場參數(shù)文件（off文件）
7.4 簡單介紹巨正則系綜Monte Carlo方法
7.5 利用Sorption模塊將H2和CO2分子插入到MOFs材料
7.6 編寫LAMMPS力場文件（frc文件），并通過lammps程序生成data文件
7.7 運行能量最小化及體系的預松弛
7.8 模擬步驟：包括能量最小化NVT平衡，對研究目標的性質(zhì)進行長時間軌跡平衡-輸出研究所關心的性質(zhì)。
?實例操作：金屬有機框架（MOFs）儲氫和碳捕集模擬，計算密度分布，分子的MSD等性質(zhì)。

分子篩納米膜分離H2/CO2混合氣體模擬?
8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分離性能——模擬文獻Science 346 (6215), 1356-1359的分離過程
8.1 利用MS軟件構(gòu)建ZIF-7膜材料單晶包
8.2 設計H2/CO2與ZIF-7體系模型，再現(xiàn)文獻“Science 346 (6215), 1356-1359”的實驗過程。
8.3 自定義分子力場文件（frc文件），通過lammps程序生成data文件
8.4 運行能量最小化及體系的預松弛
8.5 模擬步驟：包括能量最小化NVT平衡，對研究目標的性質(zhì)進行長時間軌跡平衡-輸出研究所關心的性質(zhì)。
8.6 采用VMD查看動態(tài)軌跡
8.7 數(shù)據(jù)分析，計算RDF，MSD，密度分布，選擇性等
實例操作：VMD中查看可視化的動態(tài)軌跡，計算密度分布，分子的MSD等，抽取軌跡的動能、勢能、總能量等相關數(shù)據(jù)，對軌跡進行初步分析。