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Western Blot 內(nèi)參選擇的重要性

2021-04-27 16:37 作者:Cas9X海星生物  | 我要投稿

要檢測一個基因的表達(dá)產(chǎn)物?或者比較表達(dá)產(chǎn)物量的相對變化?當(dāng)然選擇Western Blot。因為Western Blot操作相對簡單方便,既可以定性分析表達(dá)產(chǎn)物,同時還可以指示目的蛋白量的相對變化。當(dāng)然,順利的時候Western Blot做起來很簡單,可不順的時候也很煩躁—做不出結(jié)果、假陽性、結(jié)果出現(xiàn)多條帶、難道是抗體問題?

當(dāng)然不是,作為一種有活性的生物大分子,抗體和抗原的反應(yīng)不是1+1,而用這種不確定的試劑來測定同樣不是特別了解的表達(dá)產(chǎn)物,確實是有一定的不確定性的。所以,嚴(yán)謹(jǐn)?shù)腤estern Blot實驗設(shè)計中要求有很好的參照體系,這樣才能對實驗分析產(chǎn)生作用。特別是當(dāng)實驗出現(xiàn)問題時,借助參照體系很容易就可以查出問題所在,而不必抓耳撓腮怨天尤人。良好的參照體系通常包括分子量Marker(用來確定蛋白條帶對應(yīng)的分子量大小)、空白載體對照(如果是誘導(dǎo)表達(dá)體系還應(yīng)該有誘導(dǎo)前的對照)、已知量標(biāo)準(zhǔn)產(chǎn)物的正對照,另外還有內(nèi)參??墒怯捎谖锪虾椭芷诘脑?,不少人做Western Blot往往省略參照,導(dǎo)致結(jié)果出現(xiàn)問題時無法分析結(jié)果,即便有結(jié)果也可能影響結(jié)果的分析。

內(nèi)參即是內(nèi)部參照,對于哺乳動物細(xì)胞表達(dá)來說一般是指由管家基因編碼表達(dá)的蛋白,它們在各組織和細(xì)胞中的表達(dá)相對恒定,在檢測蛋白的表達(dá)水平變化時常用它來做參照物。在Western Blotting 實驗中,除了需要進(jìn)行蛋白抽提、蛋白定量、等量蛋白上樣電泳、轉(zhuǎn)膜、靶蛋白抗體孵育、顯色等步驟以外,還需要進(jìn)行內(nèi)參的檢測,以校正蛋白質(zhì)定量、上樣過程中存在的實驗誤差,保證實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性。實際上內(nèi)參是最容易被忽略的一項。我們知道,要用Western Blot比較不同條件下或者不同組織中,目的蛋白表達(dá)量的相對多少,前提條件是等量的細(xì)胞上樣,才有比較的基礎(chǔ),特別表達(dá)量不高時,上樣量的差別就很可能影響結(jié)果的分析,所以需要內(nèi)參。在高分的文章中,Western Blotting 實驗結(jié)果須進(jìn)行內(nèi)參校正已成為一種慣例。但是,國內(nèi)仍有不少科研人員在Western Blotting實驗中忽略了內(nèi)參的使用,將蛋白濃度測定作為規(guī)范需相互比較的各種樣品間上樣量等同的唯一方法。


?然而各種蛋白質(zhì)濃度定量方法,都存在局限性,不能完全準(zhǔn)確的確定各種樣品的蛋白濃度。如UV法直接定量,適合測試較純凈、成分相對單一的蛋白質(zhì),相對于比色法來說,操作簡單,但是容易受到平行物質(zhì)如DNA的干擾,且敏感度低,要求蛋白的濃度較高。比色法測定蛋白濃度一般有BCA、Bradford、Lowry 等幾種方法。BCA法與Lowry法都容易受到蛋白質(zhì)之間以及去污劑的干擾。Bradford法敏感度最高,且與一系列干擾Lowry、BCA 反應(yīng)的還原劑(如DTT,巰基乙醇)相容,但是對去污劑依然是敏感的,其最主要的缺點是不同的標(biāo)準(zhǔn)品會導(dǎo)致同一樣品的結(jié)果差異較大,無可比性。另外,蛋白質(zhì)定量以后進(jìn)行電泳時需要等量上樣,此步驟也存在操作誤差。在Western blotting實驗時使用內(nèi)參,即可簡便地對定量和上樣步驟產(chǎn)生的誤差進(jìn)行校正。在Western Blotting中使用內(nèi)參其實就是在WB過程中另外用內(nèi)參對應(yīng)的抗體檢測內(nèi)參,這樣在檢測目的產(chǎn)物的同時可以檢測內(nèi)參的表達(dá),由于內(nèi)參在各組織和細(xì)胞中的表達(dá)相對恒定,借助檢測每個樣品內(nèi)參的量就可以用于校正上樣誤差,這樣半定量的結(jié)果才更為可信。此外使用內(nèi)參可以作為空白對照,檢測蛋白轉(zhuǎn)膜情況是否完全、整個Western Blot顯色或者發(fā)光體系是否正常。

Western Blotting實驗過程中使用內(nèi)參的方法通常有三種

第一種是超級簡便的標(biāo)記內(nèi)參使用法,只要在二抗孵育時加入HRP標(biāo)記內(nèi)參抗體,按照正常操作即可。

第二種,是普通內(nèi)參,當(dāng)目的蛋白的分子量大小與選用的內(nèi)參蛋白分子量相差不大時,可以先進(jìn)行目的蛋白的抗體溫育顯色和檢測,然后使用Strip緩沖液洗掉膜上的抗體,重新進(jìn)行內(nèi)參蛋白的抗體溫育、顯色檢測。

第三種當(dāng)目的蛋白的分子量大小與選用的內(nèi)參蛋白分子量大小相差比較明顯情況下,可以在轉(zhuǎn)膜后預(yù)染,根據(jù)蛋白質(zhì)Marker的大小將膜剪為大分子量和小分子量兩部分,使內(nèi)參蛋白與目的蛋白分開,然后兩塊膜分別與內(nèi)參蛋白抗體以及目的蛋白抗體進(jìn)行溫育,二抗溫育以及顯色。常用的蛋白質(zhì)內(nèi)參有GAPDH和細(xì)胞骨架蛋白beta-actin或beta-tubulin。一般我們選擇內(nèi)參與要檢測的目的蛋白的分子量最好相差5KD以上。因此你要知道你檢測的蛋白的分子量來選擇合適的內(nèi)參!

不同異構(gòu)體表達(dá)對蛋白的檢測是有很大的影響,買抗體前要好好熟悉自己的目的蛋白,很多抗體雜不出條帶其實未必是抗體質(zhì)量的問題。很多公司的內(nèi)參抗體是用抗原片段制備的,不同的公司選擇的片段不一樣。以最常用的beta-actin為例,有的公司選擇N-端,有的選擇C-端。選用N-端Ac-Asp-Asp-Asp-Ile-Ala-Ala-Leu-Val-Ile-Asp-Asn-Gly-Ser-Gly-Lys 16aa作為抗原制備抗體(單抗和多抗)的占大多數(shù),這類抗體均不能檢測心肌和橫紋肌中的actin條帶。選用C-端16aa短肽作為抗原制備抗體,這類抗體可以在肌肉細(xì)胞中檢測到actin陽性信號。有時候在實驗中檢測內(nèi)參時產(chǎn)生“組織特異性”,就是由于抗體選擇不對造成的。


作者:海星生物? ? ? ? ??

公眾號:Cas9X細(xì)胞基因編輯

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