? ? ?現(xiàn)在是2023-9-11，個(gè)人電腦是可以配置Alphafold最新完整版的，不過對(duì)計(jì)算機(jī)還是有要求的，不過也不是太高。在之前個(gè)人電腦是沒有辦法安裝的，因?yàn)樾枰?00GB顯存，這個(gè)在個(gè)人電腦上無法達(dá)到，即使3090雙卡，也只有48GB顯存。不過由于Alphafold代碼的更新，目前可以實(shí)現(xiàn)預(yù)測(cè)多長(zhǎng)的氨基酸序列，就用多大的顯存。

要求配置

硬件:

CPU: 8核心以上。

顯卡:? 推薦Nvidia 顯卡 ，（8GB顯卡最多可預(yù)測(cè)700個(gè)氨基序列的蛋白質(zhì)，顯存越多，可預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)殘基序列越大。如果你預(yù)算有限，平時(shí)簡(jiǎn)單只跑一些Alphafold，做一些深度學(xué)習(xí)，動(dòng)力學(xué)模擬的話，4060ti倒是個(gè)不錯(cuò)的選擇，因?yàn)樗?6GB顯存，而且不貴。）

內(nèi)存:? ?32GB內(nèi)存，第一次安裝的時(shí)候，為了防止內(nèi)存不夠，我又加了62GB的交換內(nèi)存，預(yù)算不夠，交換來湊，再后來實(shí)際測(cè)試中發(fā)現(xiàn)，加32GB內(nèi)存+32GB交換內(nèi)存也是夠用了，預(yù)算充足的同學(xué)可以插更多內(nèi)存條64GB或者128GB。

硬盤:? 4TB固態(tài)硬盤，推薦使用的固態(tài)硬盤，4T固態(tài)硬盤目前價(jià)格大概在1000-1200左右，借點(diǎn)花唄還是可以搞的，機(jī)械硬盤我沒試過，因?yàn)橐獋鬏敱容^大的文件，機(jī)械硬盤運(yùn)行速度和傳輸速度都會(huì)比較慢。

軟件：Linux 系統(tǒng)，這次安裝Alphafold用的是Ubuntu2022.04版本，其他版本的linux 系統(tǒng)暫沒嘗試過，不過應(yīng)該也是可以的，如果個(gè)人初學(xué)來說，推薦Ubuntu的，生態(tài)比較完整，社區(qū)用戶多，如果遇到問題，容易搜到解決方案。

安裝經(jīng)驗(yàn)：

只要有一些計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)，其實(shí)也不難安裝，照這官網(wǎng)（https://github.com/google-deepmind/alphafold）說的安裝就行，根據(jù)個(gè)人經(jīng)驗(yàn)來說，有以下幾點(diǎn)需要注意。

1：首先你的電腦要裝好Nvidia驅(qū)動(dòng)，也是在命令行里面輸入nvidia-smi，有顯示如下：就說明你的系統(tǒng)驅(qū)動(dòng)了顯卡。安裝顯卡驅(qū)動(dòng)，網(wǎng)上有許多教程，也挺簡(jiǎn)單的，這里就不再贅述。像Ubuntu 來說直接sudo apt? install + 指定版本 ，一般就可以。

2：安裝好Docker（https://docs.docker.com/desktop/）如圖1，并且可以以非sudo 權(quán)限（安裝教程：https://docs.docker.com/engine/install/linux-postinstall/）運(yùn)行，

然后安裝鏡像，下載的時(shí)間稍長(zhǎng)。

3：安裝Python ，這里我沒用去Python官網(wǎng)下載python，直接用的Anaconda 里面的Python，版本為3.11。

4：下載文件，最耗時(shí)間的部分，就是下載文件，大概下載500多GB。我Linux電腦下載的很慢只有2MB/S，而且不管是把url（下載鏈接，就是每個(gè)download.sh里面下載鏈接）復(fù)制到瀏覽器，還是用Aria2，老是會(huì)下載中斷。這怎么辦呢？真別說，論下載速度，還得是迅雷，于是我把下載任務(wù)轉(zhuǎn)移到了Windows系統(tǒng)上，把下載鏈接復(fù)制到迅雷下載器里面，在我的win電腦上，下載速度大概有10MB/S，差不多下了兩三天吧。這里需要注意的是，先把下載鏈接添加到迅雷云盤里面再，再從云盤里面取回會(huì)比較快。這里是我保存到迅雷云盤里面文件（507GB）。其中pdb_mmcif文件沒有保存到網(wǎng)盤里面，這個(gè)文件是在Linux系統(tǒng)分段下載，也不容易中斷，大家可自行下載，2MB/S的話，我記得當(dāng)時(shí)下了10個(gè)小時(shí)左右。

鏈接：https://pan.xunlei.com/s/VNe3hSqv5QKd8bTj1UMQoiOgA1#

提取碼：4sqj

然后又一個(gè)問題來了，怎么把在Windows下載的東西傳到另一臺(tái)電腦上了，普通U盤肯定是不行的，且不說容量不夠，傳輸速率也很慢。一開始也很頭疼，不過剛好換下兩塊固態(tài)，想著買固態(tài)移動(dòng)硬盤盒試試看，效果果然很不錯(cuò)，固態(tài)硬盤+固態(tài)移動(dòng)硬盤盒。目前固態(tài)硬盤的價(jià)格低了很多，Pcie 4.0 固態(tài)+USB3.0及以上或者雷電接口，傳輸速率可以達(dá)到700MB/S，Pcie 3.0 固態(tài)也可以達(dá)到300MB/S，對(duì)于500多GB的數(shù)據(jù)，一個(gè)小時(shí)以內(nèi)就可以傳輸完成，相對(duì)于下載幾天的時(shí)間，這個(gè)速度還是相當(dāng)快的。買固態(tài)的話https://www.bilibili.com/read/cv25774696/，這個(gè)專欄有介紹，想省錢的話512GB（180左右）+固態(tài)移動(dòng)盒子（80左右），260左右也可以搞定。

5，運(yùn)行：照這官網(wǎng)給的示例指令跑就行，注意，生成的結(jié)果文件要是絕對(duì)路徑，不能是相對(duì)路徑。

以 13600kf+3070（8GB顯存）+32GB內(nèi)存的配置來說，構(gòu)建模型時(shí)長(zhǎng)大概如下。

161個(gè)殘基? ?? ?生成五個(gè)模型? ?15min?

561個(gè) 殘基 ? ? ?生成五個(gè)模型?? ?43im

? ?如果大家對(duì)安裝Alphafold感興趣的話，我到時(shí)候會(huì)再出一期安裝視頻，希望大家多多點(diǎn)贊支持(づ ●─● )づ 。

? 如果你覺得安裝比較繁瑣，也可以找我做Alphafold建模，用的是最新版Alphafold和完整的數(shù)據(jù)庫，折騰一遭想回一點(diǎn)血?┭┮﹏┭┮，不過由于我顯卡顯存受限，目前只能建700個(gè)殘基以下的蛋白質(zhì)。

1-500個(gè)殘基：5元一個(gè)（包括5模型）。

500-700個(gè)殘基：7元一個(gè)（包括5個(gè)模型）。

不想花錢也沒關(guān)系，周日我時(shí)間較多，可以發(fā)我序列，免費(fèi)建一個(gè)。