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原創(chuàng)?小果?生信果?

在GEO數(shù)據(jù)庫使用過程中，GPL文件是接觸最多的數(shù)據(jù)之一，那么GPL文件是什么，它又是什么樣的？帶以上的問題去學(xué)習(xí)GPL文件。

GPL（GEO Platform）是GEO芯片或數(shù)據(jù)測序時使用芯片的平臺，包含有注釋信息，探針信息等。接下來我們以GPL17586 數(shù)據(jù)為例進行GPL文件學(xué)習(xí)。

登錄到GEO數(shù)據(jù)庫首頁（Home - GEO - NCBI (nih.gov) ），然后再搜索框輸入GPL17586 ，進行數(shù)據(jù)檢索，檢索到的GPL結(jié)果如下：

Platform GPL1786:意在說明GPL的ID是 GPL1786

Status：說明數(shù)據(jù)的狀態(tài)是公開的，時間是2013年8月20日

Tilte：說明芯片的名字

Technology type：產(chǎn)生數(shù)據(jù)時用的技術(shù)類型

Distribution：說明數(shù)據(jù)用在哪里

Organism：數(shù)據(jù)來源于哪個組織

Manufacturer ：數(shù)據(jù)產(chǎn)生的單位是哪里

Manufacture protocol See manufacturers websit：說明數(shù)據(jù)的生產(chǎn)規(guī)程需要去生產(chǎn)商網(wǎng)頁查看

Description ：就是描述芯片注釋的過程，以及注釋所使用的參考基因組版本，注釋的日期等相關(guān)信息

Submission date ：數(shù)據(jù)提及的時間?

Last update date ：數(shù)據(jù)最后更新的時間

Organization ：說明組織機構(gòu)的名稱?

E-mail(s) ：機構(gòu)郵箱

Phone：機構(gòu)聯(lián)系電話?

URL：機構(gòu)官方網(wǎng)站

Street address ：機構(gòu)地址?

City ：機構(gòu)所在城市

State/province ：機構(gòu)所在州或者省份?

ZIP/Postal code：機構(gòu)郵編

country：機構(gòu)所在國家?

Samples ：樣本數(shù)目

Series ：使用該芯片平臺的GEO數(shù)據(jù)系列

Relations：說明與該芯片平臺相關(guān)的一些其它的芯片平臺信息

Data table header descriptions：是芯片注釋平臺的表頭描述

ID：是指探針的編號?

probeset_id：表達(dá)集的探針編號

seqname：染色體名稱?

strand：是指正列還是負(fù)列

start：起始位置?

stop：終止位置

total_probes：總的探針數(shù)目?

gene_assignment：基因的描述

mrna_assignment：mrna的描述?

swissprot：蛋白數(shù)據(jù)庫的描述

category：種類?

spot_ID:spot格式的ID

Data table：就是所有的詳細(xì)數(shù)據(jù)

Total number of rows:?就是對文件列數(shù)的描述

至此，對GPL文件的學(xué)習(xí)就結(jié)束了。

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