1.微生物多樣性是否能鑒定到菌株的種或者屬？測(cè)全長(zhǎng)和擴(kuò)增子有什么區(qū)別？

一般做二代測(cè)序（即擴(kuò)增子測(cè)序）可以鑒定到屬，三代一般是測(cè)菌的全長(zhǎng)，信息量更多一些，有一些種屬可以精確到種的信息，但是個(gè)別親緣關(guān)系很近的，不一定能鑒別開(kāi)。 真菌、細(xì)菌、古菌全長(zhǎng)引物包含區(qū)段引物序列（V3V4，IT1區(qū)等)，全長(zhǎng)可以更準(zhǔn)確的物種分類(lèi)，更多的物種鑒定，能精確定位到“種”水平。 全長(zhǎng)測(cè)序使用三代測(cè)序平臺(tái)?；赑acBio 測(cè)序平臺(tái)測(cè)序，相比較二代測(cè)序只選擇 1-2 個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，三代可以獲得全長(zhǎng)的序列，更多變異區(qū)信息可以提高物種鑒定的分辨率，還可以提高對(duì)于群落組成的鑒定的精度，更加真實(shí)的還原樣本中微生物群落結(jié)構(gòu)。

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2.16s擴(kuò)增子測(cè)序和宏基因組的區(qū)別？

①普通16S擴(kuò)增子測(cè)序： 一般是通過(guò)對(duì)16S V3或V4區(qū)（大概200-300bp）PCR擴(kuò)增建庫(kù)后，進(jìn)行高通量測(cè)序，選擇這兩個(gè)區(qū)域的原因是可檢測(cè)的物種多樣性更豐富，并且可重復(fù)性強(qiáng)，二代測(cè)序的讀長(zhǎng)可達(dá)到500bp，檢測(cè)結(jié)果無(wú)需拼接。缺點(diǎn)是由于序列長(zhǎng)度有限，對(duì)樣品的鑒定一般只能精確到屬。 ②16S全長(zhǎng)擴(kuò)增子測(cè)序：16SrDNA的全長(zhǎng)大約為1500bp，通常來(lái)說(shuō)足夠鑒定到種，其實(shí)現(xiàn)有兩種方法：其一是通過(guò)二代測(cè)序，不同于V3V4區(qū)測(cè)序，16S全長(zhǎng)超過(guò)了二代測(cè)序的有效讀長(zhǎng)，因此需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行拼接，此外，必須提高16S全長(zhǎng)序列的質(zhì)量，測(cè)序結(jié)果才能精確，因此對(duì)技術(shù)人員的操作要求也較高；其二是通過(guò)三代測(cè)序，它的優(yōu)勢(shì)是擁有超長(zhǎng)的讀長(zhǎng)，16S全長(zhǎng)測(cè)序結(jié)果無(wú)需拼接，其缺點(diǎn)就是錯(cuò)誤率高，通量低，成本昂貴。 ③宏基因組測(cè)序：是對(duì)樣本中全部基因進(jìn)行測(cè)序注釋?zhuān)荑b定微生物到種水平甚至菌株水平，宏基因組測(cè)序在16S測(cè)序分析的基礎(chǔ)上還可以解釋環(huán)境樣本中的功能組成及代謝通路等信息，主要用于深入挖掘環(huán)境樣本功能層面的信息。它的技術(shù)原理是將微生物基因組DNA隨機(jī)打斷成較小片段，然后在片段兩端加入通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增測(cè)序，再通過(guò)組裝的方式，將小片段拼接成較長(zhǎng)的序列，由于宏基因組測(cè)序結(jié)果數(shù)據(jù)量巨大，耗時(shí)更長(zhǎng)，操作流程也更復(fù)雜，因此收費(fèi)也更高。 一個(gè)細(xì)菌分類(lèi)地位的最終確定，需要做多相分類(lèi)分析，包括形態(tài)，生理生化，進(jìn)化和分子等特征，以后還會(huì)包括基因組分析。16S的數(shù)據(jù)只是一個(gè)參考值。

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