此文章可幫助你查看自己的數(shù)據(jù)受否受細(xì)胞周期的影響，并以降維圖的形式清晰明了的展示。

文章中其中用到的文件獲取方式https://pan.baidu.com/s/1HCsHRXNX9Il8u8RIPXSEug?pwd=2626

在進(jìn)行單細(xì)胞分析時(shí)，由于細(xì)胞會(huì)處于各種細(xì)胞周期，此時(shí)不同類(lèi)型地細(xì)胞可能因此表達(dá)相同細(xì)胞周期相關(guān)地基因，這些細(xì)胞周期相關(guān)基因會(huì)影響降維地效果，因此有必要進(jìn)行細(xì)胞周期分析，將細(xì)胞周期相關(guān)地基因通過(guò)一定地方法回歸掉，以此降低細(xì)胞周期相關(guān)基因?qū)稻S地影響。

10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序—常規(guī)流程

在我之前的文章中有包含細(xì)胞周期分析，甚至在剛開(kāi)始的時(shí)候就已經(jīng)將周期相關(guān)基因全部刪掉了，在這里再做一個(gè)詳細(xì)的介紹。

在進(jìn)行完高變基因分析后，可將得到的seurat對(duì)象PBMC.all保存成PBMC.all2，用PBMC.all2進(jìn)行以下分析，分析完再按照原文章中的流程繼續(xù)分析。

首先進(jìn)行一遍最普通的降維分析

細(xì)胞周期分析

由于我的樣本是小鼠樣本，基因名為小寫(xiě)格式，但seurat包里只提供了人類(lèi)的大寫(xiě)的細(xì)胞周期基因，需要進(jìn)行轉(zhuǎn)化，這里你可以在文章開(kāi)始處直接獲取mouse_cell_cycle_genes.rds，然后進(jìn)行周期分析。

查看細(xì)胞周期的分布

不出意外的話，不同周期會(huì)區(qū)分的很明顯，且相關(guān)基因也會(huì)分布不均勻。

去除細(xì)胞周期的影響

去除后周期分布

不出意外的話會(huì)發(fā)現(xiàn)周期分布變均勻了，且基因的分布也會(huì)變均勻，但也會(huì)出現(xiàn)去除效果不好的現(xiàn)象，實(shí)屬正常，不會(huì)有非常完美的去除效果，總會(huì)有瑕疵存在。若細(xì)胞周期基因不在研究范圍內(nèi)，可直接將細(xì)胞周期相關(guān)基因刪掉。刪除方法如下：

歡迎關(guān)注我的公眾號(hào)「26號(hào)宇宙」，我會(huì)不斷發(fā)布數(shù)據(jù)分析，電腦技巧等相關(guān)的內(nèi)容，你也可以向我提出相關(guān)的問(wèn)題，我會(huì)盡可能地幫你解決。