又經(jīng)過了兩年時間，來到了1488年。

在艾吉奧的二十八歲生日那天，他從羅莎口中得知從塞浦路斯歸來的圣殿騎士當天將會到達威尼斯，因此，艾吉奧潛入了軍營，他看到一個圣殿騎士從船上把金蘋果拿下來，并朝著和羅德里格預定的交接地點出發(fā)，隨即艾吉奧將他殺死，穿上了鎧甲偽裝成圣殿騎士，將金蘋果帶給羅德里格。

在卡納雷吉歐區(qū)，艾吉奧和那個導致他父親和兄弟死亡的分冊最高大師——羅德里格·波吉亞見面了。

羅德里格對此并不感到驚訝，他決定自己親自料理艾吉奧。

在決斗之中，艾吉奧憑借出色的戰(zhàn)斗技巧壓制了羅德里格，而羅德里格也召喚了一隊衛(wèi)兵來解決艾吉奧。

并且他還嘲諷艾吉奧，他的人一個都沒有來。

……

話音剛落，馬里奧，安東尼奧，保拉，泰奧羅拉，拉·博爾佩，巴羅托繆……他們一個個出現(xiàn)在艾吉奧身后，艾吉奧才知道……自己的身邊存在著這么多的刺客。

他們擊敗了羅德里格，羅德里格沒能奪回蘋果，戰(zhàn)敗逃脫。

隨著另一個人，尼可羅·馬基雅維利的出現(xiàn)，艾吉奧知道了自己才是羅德里格口中所說的“先知”，而羅德里格，只不過是個自稱的“先知”而已。

這些存在于艾吉奧身邊的人十幾年了一直在讓艾吉奧融入刺客組織，在今天，他們打算正式讓艾吉奧加入刺客組織。

艾吉奧在威尼斯舉行了一場入會儀式，這代表艾吉奧從他二十八歲的生日這一天成為了一名真正的刺客兄弟會成員，最后，他在左手無名指烙下一個傷疤。

……

“無物為真，諸行皆可，行于暗夜，侍奉光明?！?/p>

不久，艾吉奧和馬里奧，馬基雅維利等人帶著金蘋果來到萊昂納多的工作室，打算一起對圣殿騎士從塞浦路斯帶回來的蘋果進行研究。

同時也想看看萊昂納多是否能解開其中的秘密，但顯然是不能，他沒辦法解釋。

艾吉奧觸碰了蘋果，忽然之間，金蘋果運作了起來，萊昂納多看到了許多由蘋果中浮現(xiàn)出來的符號和投影。

艾吉奧并沒有受到什么影響，反倒是馬基雅維利和馬里奧表現(xiàn)的有點痛苦，于是艾吉奧再次接觸了蘋果，讓它停止運作。

馬基雅維利和艾吉奧到達了佛利城外的羅馬涅地區(qū)，他們見到了佛利目前的攝政者卡特琳娜，隨即打算將金蘋果放回佛利城內(nèi)。

然而此時的佛利城正在被奧爾西兄弟圍攻，艾吉奧從護城河潛入了城內(nèi)打開城門讓眾人得以進入內(nèi)城的要塞。

然而卡特琳娜的孩子奧塔維亞諾和比安卡被奧爾西兄弟劫持，將金蘋果交出之后，艾吉奧又轉(zhuǎn)頭去救他們。

結果是艾吉奧成功將他們救下，并且殺死了奧爾西尼兄弟中的羅多維科，然而艾吉奧同樣也知道了一件事情，這場劫持只是個圈套，奧爾西兄弟中的另一個已經(jīng)把金蘋果偷走了。

于是艾吉奧再轉(zhuǎn)頭去追凱科，打算從他手上把金蘋果搶回。

艾吉奧雖然殺死了凱科，也確實拿到了金蘋果，但凱科死前捅了艾吉奧一刀，導致艾吉奧重傷倒地，金蘋果被人撿走，但艾吉奧并不知道那是誰，在他昏過去之前他隱隱約約看到那人是個斷了一只小拇指的僧侶。

受傷的艾吉奧被佛利城的士兵帶回了城里，交由佛利的攝政者照顧。

在艾吉奧的傷痊愈之后，他就開始追尋蘋果的下落，在卡特琳娜的建議下艾吉奧在附近的教堂詢問有關這個斷指僧侶的事情。

在附近一個修道院，艾吉奧得知了這個人的名字，吉羅拉莫·薩沃納羅拉。

同時艾吉奧也獲得了一份可以定位所有手札的手札地圖，這份地圖的制作者是佛利的前領主吉羅拉莫·利拉奧。

在尋找薩沃納羅拉的同時，艾吉奧接到了來自安東尼奧的求助，抵達威尼斯之后，安東尼奧將一位名叫路易斯·德·圣坦杰爾的人介紹給艾吉奧，他正在尋找一個有能力的“殺手”保護他和他的朋友克里斯托弗·哥倫布。

艾吉奧起先對此不感興趣，因此拒絕了，但發(fā)現(xiàn)路易斯和哥倫布會見到羅德里格，艾吉奧又趕到了會面的現(xiàn)場，正好這是一場羅德里格設下的圈套，他順勢救下了路易斯和哥倫布。

哥倫布說羅德里格對他的西航“感興趣”，當然，羅德里格可不會讓人比他先發(fā)現(xiàn)美洲的東西。

同時艾吉奧也從圣殿騎士手里幫助哥倫布取回了地圖。

從刺客同僚路易斯口中得知，有一部分刺客被西班牙宗教裁判所的裁判官托馬斯·德·托爾克馬達抓捕，艾吉奧認為解救他們是自己的義務，因此他暫且放下了尋找金蘋果的計劃，轉(zhuǎn)頭前往西班牙。

在西班牙，艾吉奧通過安東尼奧提供的線索抵達了當?shù)氐谋I賊公會，卻發(fā)現(xiàn)那里早已一個人都沒有了，同時在那里艾吉奧也遭到了襲擊，從下水道逃脫之后，一個叫做拉斐爾·桑切斯的刺客找到了艾吉奧，并且?guī)椭獖W救出了一部分刺客，并告訴他是一個名叫加斯帕爾·馬丁內(nèi)斯的人來下令抓捕刺客的。

之后艾吉奧找到了加斯帕爾和托馬斯，并竊聽了他們的對話，艾吉奧得知是羅德里格讓他下令抓捕這些“異教徒”的。

趁著加斯帕爾落單的時候，艾吉奧將他抓住，質(zhì)問他圣殿騎士的事情，但得到的回答是“他們兩百年前就走了。”。

艾吉奧見問不到什么，在得知剩下的六個刺客的名字之后就將加斯帕爾殺死，之后艾吉奧救出了其中的一個刺客，并得知剩下的刺客都在薩拉戈薩。

到達薩拉戈薩，拉斐爾讓艾吉奧找到裁判官的監(jiān)督者佩德羅·洛倫特，到達審裁處之后，艾吉奧看到裁判官托馬斯正在審問一個刺客，艾吉奧竊聽了兩人的對話，隨即艾吉奧殺死了佩德羅并救出了剩下的刺客。

回到拉斐爾處，拉斐爾對艾吉奧說還需要一點幫助，于是艾吉奧又殺死了一個圣殿騎士間諜。

艾吉奧正打算啟程回意大利，但卻又遭到阻撓，并且拉斐爾也被抓住，于是艾吉奧將他救回，并且潛入了托馬斯的據(jù)點和他對峙，但被他逃脫。

隨后埃及是

之后艾吉奧對拉斐爾說，托馬斯可能并非真正的圣殿騎士，而是受到了羅德里格的誤導，但托馬斯是圣殿騎士西班牙分冊的大師。

分別的時候，艾吉奧讓路易斯和拉斐爾在哥倫布從“新世界”歸來之后通知他，然后啟程回意大利。