PCA是主成分分析（PrincipalComponents Analysis）的簡(jiǎn)稱(chēng)，在之前的推文《如何進(jìn)行PCA分析》中曾經(jīng)介紹過(guò)如何使用R進(jìn)行主成分的分析，并進(jìn)行二維PCA圖的繪制，這里就不再贅述了。只是，考慮到實(shí)際情況中，用戶(hù)可能有其他方面的需求。比如部分用戶(hù)在公司測(cè)序之后其實(shí)拿到的主成分分析的結(jié)果，而不是從頭分析；更希望通過(guò)三維圖的方式直觀(guān)展示結(jié)果等。因此，筆者在Multi-omics Visual軟件中也加入了一個(gè)小功能，可以直接根據(jù)PCA分析的結(jié)果進(jìn)行三維圖片繪制。

一?PCA圖繪制

1、安裝好我們的軟件之后，首先第0步需要做就是打開(kāi)軟件界面。

隨后，將我們的示例文件拖入到軟件的‘input file’文本框中。注意，我們這里也提供了excel加載選項(xiàng)，所以也可以直接加載excel文件。加載方法詳見(jiàn)之間的推文《可視化繪圖軟件Multi-omics Visual之韋恩圖繪制》。

接著，本軟件在繪制圖片時(shí)，需通過(guò)步驟3點(diǎn)擊‘Adjustment para(need open when plot)’打開(kāi)對(duì)話(huà)框，完成參數(shù)配置。注意，因?yàn)楸拒浖壳吧形瘁槍?duì)3D圖提供可調(diào)參數(shù)，因?yàn)槟壳皝?lái)看，這種圖片的需求似乎并不旺盛（后期可能酌情增加）。

最后，點(diǎn)擊‘start’按鈕，即可打開(kāi)韋恩圖界面，如圖4所示。這里我們可以直接在界面上拖動(dòng)，調(diào)整3D的視角，從而能夠得到最佳的展示角度。

二 慣例小結(jié)

雖然，目前針對(duì)這一功能并未提供更多可調(diào)參數(shù)。但是，上述的圖片在seminar上展示的話(huà)應(yīng)該還是可以的，或者說(shuō)做一個(gè)預(yù)展示也還是不錯(cuò)的。至于論文級(jí)別的圖片展示，用戶(hù)可以多等幾個(gè)月，我也在繼續(xù)嘗試完善這一軟件的功能（coming soon）。另外，該圖不僅可以用于PCA圖的繪制，任何三維數(shù)據(jù)均可以用該點(diǎn)狀圖表示。

Multi-omics Hammer軟件下載地址：

https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

Multi-omics Visual軟件下載地址：https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual/releases/tag/Multi_omics_Visual_v1.03

PS：因?yàn)楸拒浖怯胮ython腳本撰寫(xiě)，調(diào)用了部分依賴(lài)包，用戶(hù)首次使用需要安裝python以及對(duì)應(yīng)的包，安裝之后便可永久使用。

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另外，怎么說(shuō)呢，投幣也可，不強(qiáng)求，但奢求。