【零代碼生信分析小工具】第一波，ssGSEA免疫浸潤分析，生信小白快上車！
啦~啦~啦~?布小谷又開新欄目啦！
這次是 【零代碼生信分析小工具】
布小谷估計(jì)我們的粉絲朋友們可能有些還是生信剛?cè)腴T選手，面對一些R語言可能會(huì)一頭霧水（ps：小云也是從新手村走出來的，學(xué)習(xí)R語言也是覺得很難啊~），所以這次就設(shè)身處地的為新手朋友們分享一些零代碼小工具，可以讓大家能更快的上手分析！（ps：感覺對自己有用的小伙伴麻煩點(diǎn)個(gè)關(guān)注哦，小云會(huì)多多更新的！）
首先介紹一下零代碼小工具的分析網(wǎng)站——“云生信在線分析平臺(tái)”，它包含200多個(gè)零代碼分析小工具，只需上傳數(shù)據(jù)，直接一鍵成圖，超級適合生信小白使用哦。網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html?，分析平臺(tái)開源、注冊登錄后可免費(fèi)使用。
今天就先從免疫浸潤分析工具開始分享，生信里常用的免疫分析方法包括ssGSEA，xCell，MCP-counter，ESTIMATE、TIMER2、CIBERSORT和EPIC等等（這些方法的具體介紹小云之前也分享過，感興趣的小伙伴點(diǎn)擊文末鏈接就可以觀看啦?。?/strong>，第一波就跟著布小谷一起來學(xué)習(xí)ssGSEA分析小工具吧！
p?ssGSEA小工具分析原理
該工具通過基于腫瘤樣本的基因表達(dá)譜，結(jié)合經(jīng)過研究證實(shí)的各個(gè)免疫細(xì)胞的marker基因，利用ssGSEA（單樣本富集分析）算法，估算出各個(gè)腫瘤樣本的免疫細(xì)胞富集分?jǐn)?shù)，以此來代表相對的浸潤豐度，通過結(jié)合不同樣本分組，即可知道某種免疫細(xì)胞在不同表型下是否存在浸潤差異。用戶只需要輸入基因表達(dá)矩陣、已經(jīng)經(jīng)過研究證實(shí)的各個(gè)細(xì)胞的?marker 基因以及樣本的表型信息，軟件將自行計(jì)算出各個(gè)樣本的不同免疫細(xì)胞的相對浸潤豐度，同時(shí)結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細(xì)胞浸潤豐度的表達(dá)分布箱式圖和熱圖。
p?操作方法
n?Step 1 ：首先打開云生信在線分析平臺(tái)，并登錄使用。點(diǎn)擊“單樣本富集分析算法分析免疫細(xì)胞浸潤豐度”進(jìn)入小工具頁面：
n?Step 2：進(jìn)入小工具頁面后，可以看到上傳數(shù)據(jù)選項(xiàng)，點(diǎn)擊進(jìn)入后，提示上傳數(shù)據(jù)需要“文件名和文件格式需要和示例數(shù)據(jù)一致”?；氐焦ぞ唔撁婵梢愿鶕?jù)左上角輸入數(shù)據(jù)模板制作數(shù)據(jù)。
n?Step 3：點(diǎn)擊“輸入數(shù)據(jù)模板”，進(jìn)入以下頁面，可以看到給出了3個(gè)數(shù)據(jù)模板，點(diǎn)擊數(shù)據(jù)可以在線預(yù)覽和下載。
輸入數(shù)據(jù)-1：基因表達(dá)矩陣輸入文件log_TPM.csv（基因?yàn)樾?，樣本為列?/strong>
輸入數(shù)據(jù)-2：各個(gè)免疫細(xì)胞的?maeker 基因文件 mmc3.csv
（兩列，第一列為基因?symbol，第二列為 marker 基因?qū)?yīng)的細(xì)胞類型）
輸入數(shù)據(jù)-3：樣本表型文件group.csv
（兩列，第一列為樣本名稱，樣本必須包含于或等于基因表達(dá)矩陣?的樣本，第二列為對應(yīng)的表型）
n?Step 4：制作好數(shù)據(jù)后，在文件上傳界面上傳所有輸入數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊提交。再返回到工具主頁面點(diǎn)擊“運(yùn)行自有數(shù)據(jù)”即可跳轉(zhuǎn)到結(jié)果展示頁面。
n?Step 5：ssGSEA免疫細(xì)胞浸潤豐度分析共得到4個(gè)結(jié)果，包括3圖1表，每個(gè)結(jié)果都附帶簡單說明?？梢栽诮Y(jié)果展示頁面直接點(diǎn)擊某個(gè)圖進(jìn)入預(yù)覽頁面，也可以直接下載使用。
p?結(jié)果說明
n?相對浸潤豐度熱圖?（pheatmap.pdf）：該圖表示各個(gè)免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對浸潤豐度熱圖，最上邊不同顏色橫條表示不同表?型的樣本，圖中的顏色從藍(lán)到黃表示浸潤豐度從低到高。
n?相對浸潤豐度箱式圖?（boxplot_all_cell.pdf）：該圖表示各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對浸潤豐度箱式圖，不同顏色表示不同的樣本表型。
n?相對浸潤豐度箱式圖-帶p值?（boxplot_all_cell_withsig.pdf）：該圖表示各個(gè)免疫細(xì)胞在各組表型樣本中的相對浸潤豐度箱式圖，不同顏色表示不同的樣本表型，該圖添加了顯著性?p.value 值。
n?相對浸潤豐度統(tǒng)計(jì)表?（cellInfiltration_matrix_score.csv）：該表格表示各個(gè)免疫細(xì)胞在各個(gè)樣本中的相對浸潤豐度。
p?結(jié)語
該工具設(shè)置參數(shù)少，操作簡單，用戶只需要輸入3個(gè)數(shù)據(jù)，軟件將自行計(jì)算出各個(gè)樣本的不同免疫細(xì)胞的相對浸潤豐度，同時(shí)結(jié)合樣本分組繪制不同組別下免疫細(xì)胞浸潤豐度的表達(dá)分布箱式圖和熱圖。非常適用于生信新手朋友，感興趣的小伙伴趕快來嘗試一波吧！后面還有更多小工具推薦，敬請期待哦！
