文獻帶讀 | 全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS):復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳因素的研究方法




Title
Benefits and limitations of genome-wide assosiation studies.

Abstract

01GWAS簡介
全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-Wide Association Studies,GWAS)是指在全基因組層面上,開展多中心、大樣本、反復(fù)驗證的基因與疾病的關(guān)聯(lián)研究,是通過對大規(guī)模的群體DNA樣本進行全基因組高密度遺傳標記(如SNP或CNV等)分型,從而尋找與復(fù)雜疾病相關(guān)的遺傳因素的研究方法,全面揭示疾病發(fā)生、發(fā)展與治療相關(guān)的遺傳基因。
02研究現(xiàn)狀
全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)對許多個體基因組中的數(shù)十萬到數(shù)百萬個基因變異進行了測試,以確定基因型-表型關(guān)聯(lián),在過去十年中,它徹底改變了復(fù)雜疾病遺傳學(xué)領(lǐng)域。自2005年發(fā)表第一份關(guān)于年齡相關(guān)性黃斑變性(AMD)的GWAS以來,已經(jīng)報道了基因變異與常見疾病和遺傳缺陷之間超過50000個全基因組意義的關(guān)聯(lián)。
這些關(guān)聯(lián)導(dǎo)致了對疾病易感性結(jié)構(gòu)的洞察(通過識別新的致病基因和機制),以及臨床護理(例如,識別新的藥物靶點和疾病生物標記物)和個體化醫(yī)學(xué)(例如,風(fēng)險預(yù)測和優(yōu)化藥物)的進展基于基因型的治療。
03主要述評內(nèi)容
在這篇綜述中,評估了在人群中實施GWAS的優(yōu)勢和局限性。作者主要借鑒了從心臟代謝疾病領(lǐng)域獲得的經(jīng)驗教訓(xùn),以突出GWAS的主要進展和局限性,盡管GWAS是一種全基因組的基因型分析,可以使用多種技術(shù)進行測量,例如全基因組測序(WGS)或全基因組單核苷酸多態(tài)性(SNP)陣列加插補,但大多數(shù)GWAS仍然使用SNP陣列的數(shù)據(jù)進行。因此,作者討論了作為一般遺傳關(guān)聯(lián)研究設(shè)計的GWAS相關(guān)的優(yōu)點和注意事項,以及基于SNP陣列的GWAS特有的益處和注意事項。
04主要內(nèi)容梳理


05總結(jié)(綜合優(yōu)缺點談該項研究的應(yīng)用前景)
GWAS目前的許多限制并非無法克服,至少在某種程度上是可以克服的。例如,更大的樣本量,技術(shù)、方法和計算的進步等等。對于一項已有十多年歷史的研究設(shè)計來說,發(fā)表的GWAS數(shù)量仍在不斷增加,這證明了這種方法在闡明復(fù)雜人類特征的遺傳基礎(chǔ)方面取得了持續(xù)的成功。
06技巧點撥
???閱讀綜述是讓你快速了解某個研究領(lǐng)域的最新進展以及優(yōu)勢局限的最好方法。綜述不涉及過多的復(fù)雜研究過程,是整合提煉出某領(lǐng)域近年的大量文獻,并加上作者自身的觀點,進行針對某一問題的綜合述評。
?? 綜述篇幅略長,但文章結(jié)構(gòu)清晰,主要內(nèi)容體現(xiàn)在摘要和小標題上。同時,要關(guān)注圖表的展示,讀懂圖表也是高效閱讀的方法之一。
?? 關(guān)注引言部分的參考文獻,綜述引言部分所引用的參考文獻往往是該領(lǐng)域影響力強的文獻。
注:本文涉及大量微觀機制層面的名詞及一些數(shù)據(jù)統(tǒng)計處理的專用技術(shù)手段,同學(xué)們稍作了解即可??紤]到GWAS等組學(xué)研究為當(dāng)前研究熱點,所以覺得有必要為大家拓寬眼界,擴展知識面。