大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第26期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)7篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、肌肉浸潤(rùn)性T細(xì)胞在特發(fā)性炎癥性肌病中的單細(xì)胞分析

Single-cell profiling of muscle-infiltrating T cells in idiopathic inflammatory myopathies

EMBO Molecular Medicine; IF: 11.100; DOI: 10.15252/emmm.202217240

內(nèi)容概要：對(duì)6名新近診斷為自身免疫性炎癥性肌病患者的肌肉浸潤(rùn)T細(xì)胞和外周血記憶T細(xì)胞進(jìn)行深入地scRNA-seq分析，揭示了自身免疫性炎癥性肌病患者肌肉組織的駐留性記憶T細(xì)胞特征，并提供了一個(gè)轉(zhuǎn)錄組圖譜，以識(shí)別自身免疫性炎癥性肌病的新治療靶點(diǎn)。

2、scDeepInsight：基于深度學(xué)習(xí)的scRNA-seq數(shù)據(jù)的有監(jiān)督細(xì)胞類(lèi)型識(shí)別方法

scDeepInsight: a supervised cell-type identification method for scRNA-seq data with deep learning

Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad266

內(nèi)容概要：提出了一種基于深度學(xué)習(xí)的scRNA-seq數(shù)據(jù)的監(jiān)督式細(xì)胞類(lèi)型注釋方法——scDeepInsight。該方法通過(guò)將scRNA-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為圖像，再利用卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行特征提取和細(xì)胞類(lèi)型識(shí)別，能夠有效地解決目前無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)算法無(wú)法精確分類(lèi)細(xì)胞類(lèi)型的問(wèn)題。scDeepInsight還能夠進(jìn)行數(shù)據(jù)整合、異常值檢測(cè)和標(biāo)注細(xì)胞類(lèi)型等操作，并能夠幫助鑒定與細(xì)胞類(lèi)型相關(guān)的活躍基因或標(biāo)記基因。與其他主流細(xì)胞注釋方法相比，scDeepInsight的平均準(zhǔn)確率達(dá)到了87.5%，較現(xiàn)有最先進(jìn)的方法高出7%以上。

3、在小鼠在應(yīng)激造血過(guò)程中ETV6抑制炎癥反應(yīng)基因并調(diào)節(jié)HSPC功能

ETV6?represses inflammatory response genes and regulates HSPC function during stress hematopoiesis in mice

Blood Advances; IF: 7.637; DOI: 10.1182/bloodadvances.2022009313

內(nèi)容概要：通過(guò)建立Etv6R355X/+小鼠模型，發(fā)現(xiàn)ETV6（ETS Variant 6）突變會(huì)導(dǎo)致造血干細(xì)胞功能受損，表現(xiàn)為移植實(shí)驗(yàn)中再生能力下降。進(jìn)一步的機(jī)制研究表明，ETV6在炎癥基因位點(diǎn)上結(jié)合并抑制其表達(dá)，維持造血干細(xì)胞的功能。這些發(fā)現(xiàn)有助于深入理解ETV6突變與血液疾病的關(guān)系。

4、利用新的三維培養(yǎng)系統(tǒng)從小鼠減數(shù)分裂前生殖細(xì)胞體外生成卵母細(xì)胞

In vitro oogenesis from murine premeiotic germ cells using a new three-dimensional culture system

Cell Death Discovery; IF: 7.109; DOI: 10.1038/s41420-023-01577-w

內(nèi)容概要：介紹了一種新的三維器官培養(yǎng)系統(tǒng)（three-dimensional organoid culture，3-DOC），該系統(tǒng)成功地從E11.5的小鼠前減數(shù)期雌性生殖細(xì)胞（卵原細(xì)胞）誘導(dǎo)出完全發(fā)育的卵母細(xì)胞，建立了一個(gè)能夠在體外忠實(shí)地重現(xiàn)整個(gè)卵母細(xì)胞發(fā)育過(guò)程的平臺(tái)。與二維培養(yǎng)和其他三維培養(yǎng)方法相比，這種新的培養(yǎng)系統(tǒng)更具成本效益，并且能夠創(chuàng)建類(lèi)似于體內(nèi)卵母細(xì)胞的高質(zhì)量卵母細(xì)胞。該研究為未來(lái)再生醫(yī)學(xué)和生殖生物學(xué)的研究提供了實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ汀?/p>

5、巨噬細(xì)胞樣髓系細(xì)胞中表達(dá)的再生因子是非洲爪蟾蝌蚪尾再生所必需的

regeneration factors expressed on myeloid expression?in macrophage-like cells is required for tail regeneration in Xenopus laevis tadpoles

Development；IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.200467

內(nèi)容概要：該研究發(fā)現(xiàn)，非洲爪蟾蝌蚪尾部的白細(xì)胞亞群中巨噬細(xì)胞樣髓系細(xì)胞中表達(dá)再生因子rfem.L（regeneration factors expressed on myeloid.L）和rfem.S，這兩個(gè)基因的敲除會(huì)導(dǎo)致尾部再生缺陷。scRNA-seq揭示了rfem.L和rfem.S的表達(dá)模式，其中rfem.L在巨噬細(xì)胞樣細(xì)胞中的表達(dá)是蝌蚪尾部再生所必需的。

6、SWI/SNF復(fù)合物對(duì)視網(wǎng)膜色素上皮細(xì)胞分化、細(xì)胞增殖和神經(jīng)分化程序的抑制作用

The SWI/SNF complexes are required for retinal pigmented epithelium differentiation and the inhibition of cell proliferation and neural differentiation programs

Development; IF: 6.862; DOI: 10.1242/dev.201488

內(nèi)容概要：通過(guò)Geo-seq（geographical position sequencing）獲得了發(fā)育中的視網(wǎng)膜色素上皮（retinal pigmented epithelium，RPE）和相鄰眼部間充質(zhì)的高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組圖譜，揭示了RPE和眼部間充質(zhì)分化過(guò)程中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子及其基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。該研究發(fā)現(xiàn)，SWI/SNF復(fù)合物控制RPE轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)和活性，并抑制神經(jīng)前體和細(xì)胞增殖基因，從而控制RPE和神經(jīng)細(xì)胞命運(yùn)的交匯點(diǎn)和細(xì)胞周期退出和分化的耦合。這些發(fā)現(xiàn)揭示了SWI/SNF復(fù)合物在眼部發(fā)育中的重要作用。

7、COVID-19支氣管肺泡灌洗scRNA-seq的Meta分析揭示了肺泡上皮細(xì)胞轉(zhuǎn)化和獨(dú)特的肺泡上皮細(xì)胞命運(yùn)

Meta-analysis of COVID-19 bronchoalveolar lavage scRNA-seq reveals alveolar epithelial transitions and unique alveolar epithelial cell fates

American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology; IF: 6.400; DOI: 10.1165/rcmb.2023-0077OC

內(nèi)容概要：通過(guò)對(duì)來(lái)自六個(gè)獨(dú)立研究的健康對(duì)照組和COVID-19患者的支氣管肺泡灌洗scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行薈萃分析，發(fā)現(xiàn)了多種浸潤(rùn)性白細(xì)胞亞型的增加，其中一些具有I型干擾素特征和與跨細(xì)胞膜趨化因子信號(hào)相關(guān)的獨(dú)特基因表達(dá)特征。此外，該研究揭示了AT-II細(xì)胞代謝活性的變化、過(guò)渡細(xì)胞的增加以及先前未描述的AT-I狀態(tài)，該狀態(tài)明顯標(biāo)志著表皮分化復(fù)合物基因的誘導(dǎo)。COVID-19患者肺部的免疫組織化學(xué)證實(shí)了KRT13和SPRR3在遠(yuǎn)端氣道的上調(diào)和共定位。

《時(shí)空日?qǐng)?bào)》是華大時(shí)空基于時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時(shí)空組學(xué)領(lǐng)域?qū)W術(shù)前沿的欄目。該欄目以實(shí)時(shí)、精準(zhǔn)追蹤時(shí)空組學(xué)前沿為目標(biāo)，共享最新時(shí)空知識(shí)，助力生命科學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)發(fā)展。