①

DNA分子大小

?：DNA分子量越大，在凝膠中的阻力就越大，泳動(dòng)也就越慢。 ②

DNA分子構(gòu)型?：

不同構(gòu)型的質(zhì)粒DNA分子即使具有相同分子質(zhì)量，電泳遷移速率也不同，超螺旋分子遷移最快、線狀分子次之，開(kāi)環(huán)分子最慢。

③

凝膠濃度

?：對(duì)于同種DNA分子，凝膠濃度越高，電泳速率越慢。常規(guī)實(shí)驗(yàn)中對(duì)于小片段DNA分子的分離采用高濃度的凝膠分離，而對(duì)于大片段則用低濃度的凝膠。

④

電場(chǎng)強(qiáng)度

?：電場(chǎng)強(qiáng)度高，電泳速度快，但分辨率低。要根提需要選擇合適電壓，大片段 DNA的分離可適當(dāng)選擇較低電壓，以避免拖尾現(xiàn)象的產(chǎn)生，對(duì)小分子 DNA片段可選用相對(duì)較高的電壓以縮短電泳時(shí)間。

⑤

溴化乙錠（EB）：

?EB對(duì)線狀分子與開(kāi)環(huán)分子影響較小，對(duì)超螺旋態(tài)的分子影響較大當(dāng)DNA分子中嵌入的 EB分子逐漸增多時(shí)，原來(lái)為負(fù)超螺旋狀態(tài)的分子開(kāi)始向共價(jià)閉合環(huán)狀轉(zhuǎn)變，電泳遷移速度由快變慢；當(dāng)嵌入的 EB分子進(jìn)一步增加時(shí)，DNA分子由共價(jià)閉合環(huán)狀向正超螺旋狀態(tài)轉(zhuǎn)變，這時(shí)電濃遷移速率又由慢變快。

⑥

電泳緩沖液?

電泳緩沖液是核酸、蛋白質(zhì)凝膠電泳系統(tǒng)的一個(gè)重要組成，?是電泳場(chǎng)中的導(dǎo)體，也是維持電泳系統(tǒng)恒定?pH值的必要條件。其成分及其離子強(qiáng)度影?響物質(zhì)的電泳遷移率，應(yīng)避免與被分離的樣?品發(fā)生化學(xué)反應(yīng)而改變樣品的理化性質(zhì)或使?其喪失生物活性。電泳緩沖液中的EDTA?可螯合Mg離子等二價(jià)陽(yáng)離子，防止電泳時(shí)激?活DNA酶及Mg離子與核酸生成沉淀。 電泳緩沖液的另一個(gè)作用是使溶液具有一定的導(dǎo)電性，以利于DNA分子的遷移，例如，一般電泳緩沖液中應(yīng)含有0.01-0.04mol/L的Na+離子，Na+離子的濃度太低時(shí)電泳速度變慢；太高時(shí)就會(huì)造成過(guò)大的電流使膠發(fā)熱甚至熔化。 (7)

堿基組成與溫度

：Tm值，溫度過(guò)高DNA容易講解，堿基組成中G-C含量少的，降解越快，從而影響DNA在凝膠中的遷移速率。