當(dāng)今，隨著人類基因組計劃的完成、蛋白組學(xué)的迅猛發(fā)展，以及大量與人類疾病相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)，藥物作用的靶標(biāo)分子急劇增加；計算機輔助藥物設(shè)計是通過計算機模擬、計算和預(yù)算藥物與受體生物大分子之間的關(guān)系，設(shè)計和優(yōu)化先導(dǎo)化合物的方法；在計算機技術(shù)推動下，現(xiàn)在每項有一定規(guī)模的新藥研究工作中，計算機輔助藥物設(shè)計的研究都是一個基本的工作，世界上每一個大的制藥公司都在使用計算機技術(shù)，致力發(fā)展該技術(shù)，應(yīng)用前景十分廣闊。

為全力做好教育系統(tǒng)新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作，確保廣大師生的身體健康和生命安全，根據(jù)中央有關(guān)精神以及教育部《關(guān)于2020年春季學(xué)期延期開學(xué)的通知》，各級教育主管部門也紛紛提出將通過開展網(wǎng)絡(luò)教學(xué)，確?！巴Ｕn不停教、不停學(xué)”。應(yīng)新老客戶的科研需求，北京軟研國際信息技術(shù)研究院特舉辦“計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用”線上+線下暑期實戰(zhàn)培訓(xùn)，本次培訓(xùn)由互動派（北京）教育科技有限公司具體承辦，具體相關(guān)事宜通知如下：

一、培訓(xùn)特色：

本次暑期課程共計5天，采用“3+2”教學(xué)體系，3天在線教學(xué)及2天線下實訓(xùn)；小班授課，對知識進行由淺入深，層層遞進，系統(tǒng)講解，配合案例解析邊講邊練，讓學(xué)員能運用模擬軟件針對每個技術(shù)點進行上機操作；在線學(xué)習(xí)后對學(xué)員提煉出的問題提供專業(yè)指導(dǎo)，從而更好地滿足學(xué)員不同方面的論文及實際科研需求；課堂上建立專屬班級交流平臺，學(xué)員學(xué)完后可以繼續(xù)在班級群與老師同學(xué)交流問題，鞏固學(xué)習(xí)內(nèi)容。

二、 時間地點：

?????????2020年8月1日-8月3日 ????????????在線直播（授課3天）

2020年8月14日-8月15日 ???????????杭州（授課2天）

三、報名費用：?

每人￥3900元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費）

優(yōu)惠一：7月20日前匯款可享受200元優(yōu)惠（僅限前八名）；

優(yōu)惠二：本人同時報多個課程，每個課程可享受300元學(xué)費優(yōu)惠；

費用提供用于報銷的正規(guī)機打發(fā)票及蓋有公章的紙質(zhì)通知文件；如需開具會議費的單位請聯(lián)系招生老師要會議邀請函；

四、聯(lián)系方式：

咨詢電話：18618288284???????????聯(lián) 系 人:唐?? QQ: 2720927402 微信：17800209174??????????

【注】1、開課前一周會務(wù)組統(tǒng)一通知；開課前一天會將直播鏈接及上機賬號發(fā)至您郵箱或微信。如未收到請及時電話咨詢！

??????2、暑期同時開設(shè)的相關(guān)課程：《GROMACS分子動力學(xué)模擬技術(shù)與應(yīng)用》、《理論計算化學(xué)基礎(chǔ)暨Gaussian入門+進階實戰(zhàn)》 相關(guān)介紹請咨詢聯(lián)系人！

“計算機輔助藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用”

生物分子互作基礎(chǔ)

1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子對接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用

蛋白數(shù)據(jù)庫

1. PDB 數(shù)據(jù)庫介紹

1.1 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫功能與可獲取資源

1.2 PDB蛋白數(shù)據(jù)庫對藥物研發(fā)的重要性

2.PDB 數(shù)據(jù)庫的使用

2.1 靶點蛋白結(jié)構(gòu)類型、數(shù)據(jù)解讀及結(jié)構(gòu)序列下載

2.2?靶點蛋白背景分析及相關(guān)數(shù)據(jù)資源獲取

2.3?批量下載蛋白晶體結(jié)構(gòu)

蛋白結(jié)構(gòu)分析

1. Pymol 軟件介紹

1.1 軟件安裝及初始設(shè)置

1.2 基本知識介紹（如氫鍵等）

2.Pymol 軟件使用

2.1蛋白小分子相互作用圖解

2.2 蛋白蛋白相互作用圖解

2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示

2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對

2.5繪制相互作用力

2.6 Pymol動畫制作

3.實例講解與練習(xí)

同源建模

1. 同源建模原理介紹

1.1 同源建模的功能及使用場景

1.2 同源建模的方法

2. Modeller,Swiss-Model 同源建模；

2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法）

2.2 蛋白序列比對

2.3蛋白模板選擇

2.4 蛋白模型搭建

2.5模型評價（蛋白拉曼圖）

2.6 蛋白模型優(yōu)化

3. 實例講解與練習(xí)

小分子構(gòu)建

1. ChemDraw軟件介紹

????1.1小分子結(jié)構(gòu)構(gòu)建

1.2 小分子理化性質(zhì)（如分子量、clogP等）計算

2. 實例講解與練習(xí)

?

小分子化合物庫

?

1. 小分子數(shù)據(jù)庫

1.1 ?DrugBank、ZINC、ChEMBL等數(shù)據(jù)庫介紹及使用

1.2 天然產(chǎn)物、中藥成分?jǐn)?shù)據(jù)庫介紹及使用

生物分子互作用Ⅰ

1. 分子對接軟件（Autodock或薛定諤) 使用

????2.1半柔性對接

??????2.1.1 ?小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備

??????2.1.2 ?蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備

??????2.1.3 ?蛋白受體格點計算

??????2.1.4 ?半柔性對接計算

????2.2對接結(jié)果評價

??????2.2.1 ?晶體結(jié)構(gòu)構(gòu)象對比

??????2.2.2 ?能量角度評價對接結(jié)果

??????2.2.3 ?聚類分析評價對接結(jié)果

??????2.2.4 ?最優(yōu)結(jié)合構(gòu)象的選擇

??????2.2.5 ?已知活性化合物對接結(jié)果比較

???2.3柔性對接

??????2.3.1 ?小分子配體優(yōu)化準(zhǔn)備

??????2.3.2 ?蛋白受體優(yōu)化及坐標(biāo)文件準(zhǔn)備

??????2.3.3 ?蛋白受體格點計算

??????2.3.4 ?柔性對接計算

??????2.3.5 ?柔性對接結(jié)果評價

??????2.3.6 ?半柔性對接與柔性對接比較與選擇

2. 實例講解與練習(xí)

虛擬篩選

1. 分子對接用于虛擬篩選（Vina或薛定諤）

????1.1 虛擬篩選定義、流程構(gòu)建及演示

????1.2 靶點蛋白選擇

1.3化合物庫獲取

1.4虛擬篩選（分子對接等）

1.5 結(jié)果分析（打分值、能量及相互作用分析）

2.實例講解與練習(xí)

生物分子互作用II

1.預(yù)測蛋白-蛋白相互作用（ZDOCK或DS中的ZDOCK模塊）

1.1 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準(zhǔn)備

1.2 載入受體和配體分子

1.3蛋白蛋白相互作用對接位點設(shè)定

1.4蛋白蛋白對接結(jié)果分析與解讀

2. 實例講解與練習(xí)

構(gòu)效關(guān)系分析

1. 3D-QSAR模型構(gòu)建（Sybyl軟件）

????1.1 小分子、小分子數(shù)據(jù)庫構(gòu)建

????1.3 小分子加電荷及能量優(yōu)化

????1.4 分子活性構(gòu)象確定及疊合

????1.5 創(chuàng)建3D-QSAR模型

????1.6 CoMFA和CoMSIA模型構(gòu)建

????1.7 測試集驗證模型

????1.8模型參數(shù)、等勢圖分析

1.10 3D-QSAR模型指導(dǎo)藥物設(shè)計

2. 實例講解與練習(xí)

分子動力學(xué)模擬

1. Gromacs 進行分子動力學(xué)模擬

????1.1 配體分子的處理

????1.2 蛋白結(jié)構(gòu)的處理

????1.3 修改蛋白坐標(biāo)文件

????1.4修改拓?fù)湮募?/p>

????1.5構(gòu)建盒子并放入溶劑

????1.6平衡系統(tǒng)電荷

????1.7能量最小化

????1.8 NVT平衡

????1.9 NPT平衡

????1.10 產(chǎn)出動力學(xué)模擬

2. 分子動力學(xué)結(jié)果分析

2.1軌跡文件觀察

2.2能量數(shù)據(jù)作圖

2.3計算斜方差

2.4 測量回旋半徑

2.5 計算結(jié)構(gòu)的RMSD 值

2.6計算原子位置的根均方波動

2.7計算模擬過程中分子間的氫鍵的數(shù)目、距離或角度

3. 結(jié)合自由能計算

????3.1 創(chuàng)建一系列反應(yīng)路徑分子構(gòu)型

????3.2 提取模擬間隔質(zhì)心軌跡

????3.3 模擬每個構(gòu)型的傘形采樣

????3.4 柱狀圖分析計算結(jié)構(gòu)自由能

4. 實例講解與練習(xí)

部分案例圖示：

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