浸潤(rùn)腫瘤的免疫細(xì)胞可以通過發(fā)揮促腫瘤作用和抗腫瘤作用，從而影響腫瘤的進(jìn)展以及抗癌治療的成功。腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞的量化有助于揭示免疫系統(tǒng)在人類癌癥中的多方面作用，并參與腫瘤逃逸機(jī)制和對(duì)治療的反應(yīng)。借助CIBERSORT軟件，我們可以從腫瘤RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中量化腫瘤浸潤(rùn)的免疫細(xì)胞。

一、 CIBERSORT軟件介紹

CIBERSORT 軟件發(fā)表于2015年的Nature Methods。CIBERSORT是基于線性支持向量回歸（linear support vector regression）原理對(duì)人類免疫細(xì)胞亞型的表達(dá)矩陣進(jìn)行去卷積的工具。用于芯片表達(dá)矩陣和測(cè)序表達(dá)矩陣，對(duì)未知混合物和含有相近的細(xì)胞類型的表達(dá)矩陣的去卷積分析優(yōu)于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA) 。該方法基于已知參考數(shù)據(jù)集，默認(rèn)提供22種免疫細(xì)胞亞型的基因表達(dá)特征集：LM22。

二、分析方法

CIBERSORT支持網(wǎng)頁版和本地兩種方法。CIBERSORT網(wǎng)頁版鏈接為https://cibersortx.stanford.edu/。需要說明的是，使用網(wǎng)頁版需要先進(jìn)行賬號(hào)注冊(cè)。

CIBERSORT需要兩個(gè)準(zhǔn)備文件，芯片或者測(cè)序表達(dá)矩陣以及參考數(shù)據(jù)集。表達(dá)矩陣格式見表一，參考數(shù)據(jù)集可以使用CIBERSORT 官方的LM22，也可以使用其他已知數(shù)據(jù)集或者自定義數(shù)據(jù)集。參考數(shù)據(jù)集格式見鏈接https://cibersortx.stanford.edu/inc/inc.download.page.handler.php?file=LM22.txt。網(wǎng)頁版提供參考數(shù)據(jù)集的選項(xiàng)，所以只需要提供表達(dá)矩陣即可。

表1 ?表達(dá)矩陣文件表格示例

具體操作如下圖：

點(diǎn)擊運(yùn)行，等待結(jié)果即可。

歐易具有本地化的CIBERSORT一鍵分析腳本，除出具CIBERSORT默認(rèn)結(jié)果之外，還可以提供相關(guān)熱圖，箱線圖等可視化結(jié)果。

三、結(jié)果展示

CIBERSORT輸出基于參考數(shù)據(jù)集的免疫細(xì)胞浸潤(rùn)比例，在默認(rèn)參數(shù)（即相對(duì)模式下），所有細(xì)胞類型的比例之和為1。結(jié)果表格示例如下表2。

表2 CIBERSORT結(jié)果文件表格示例

表頭說明：

Sample：樣本

T Cell..：細(xì)胞浸潤(rùn)比例

P-value :?置換檢驗(yàn)（蒙特卡羅方法），越小越可信

Correlation ：原表達(dá)矩陣乘以細(xì)胞占比后的數(shù)據(jù)矩陣與原表達(dá)矩陣的相關(guān)性

RMSE：均方根誤差(Root Mean Squared Error)，越小效果越好

基于結(jié)果表格，可以進(jìn)行多種可視化展示，比如箱線圖、柱狀圖和熱圖等。

歐易CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)一鍵化分析腳本默認(rèn)提供以上可視化結(jié)果。對(duì)此分析感興趣的老師，歡迎聯(lián)系我們哦！

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麻辣雙椒? ?撰文

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