Hi,大家好,我是大軒??！在檢索和篩選GEO數(shù)據(jù)集時，我們常常需要閱讀大量相關(guān)文獻(xiàn)和相關(guān)描述，以找到符合我們研究需求的數(shù)據(jù)。但是，由于GEO檢索結(jié)果的數(shù)量巨大，GEO數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)質(zhì)量也參差不齊，這個過程往往費(fèi)時費(fèi)力??。

但是，別擔(dān)心！今天我要和大家分享一套基于Python和FlowUs的文獻(xiàn)管理工作流，幫助大家打造沉浸式的文獻(xiàn)閱讀體驗(yàn)，提高GEO數(shù)據(jù)篩選效率??。

嘿嘿，大軒還要特別感謝小丫畫圖提供的原始Python代碼，并向大家推薦小丫畫圖。小丫畫圖已經(jīng)開展了五年的眾籌模式，眾籌了310個FigureYa，每一個圖的顏值都超高哦??！如果你對數(shù)據(jù)可視化和科研圖表的設(shè)計感興趣，趕快去了解一下小丫畫圖眾籌模式吧！說不定你還會得到一些靈感和啟示呢??~

Python幫你檢索文獻(xiàn)

在小丫畫圖的原始代碼基礎(chǔ)上，大軒主要做了如下更新??：

1. 多線程處理：使用了ThreadPoolExecutor多線程處理每個文章ID，加快了程序的運(yùn)行速度，更高效地獲取結(jié)果。

2. 從本地文件匹配期刊影響因子，方便研究人員更好地把握文章水平。

3. 接入谷歌翻譯和百度翻譯對標(biāo)題進(jìn)行自動翻譯，方便研究人員更快速地閱讀文獻(xiàn)。

4. 一些代碼注釋和細(xì)節(jié)優(yōu)化，致力于打造沉浸式的文獻(xiàn)管理生態(tài)。

• 這樣一來，我們可以利用Python代碼快速檢索GEO數(shù)據(jù)庫相關(guān)文獻(xiàn)并進(jìn)行影響因子匹配和標(biāo)題翻譯等自動化處理，從此解放雙手，快捷高效，極大地提高了我們的研究效率??。

嘿嘿~你想知道怎么獲取代碼??，來看小丫畫圖的微店哦：FigureYa104GEOmining。當(dāng)你拍下鏈接后，小丫老師會通過郵件的方式將代碼發(fā)送給你??~

哦，你還想知道如何進(jìn)行檢索??？這里大軒要說：大軒已經(jīng)將Python代碼優(yōu)化好了，你需要做的只是制定好檢索式，并替換原代碼片段:

(gds?pubmed[Filter])?AND?"myocardial?ischemia?reperfusion?injury"?AND?"Homo?sapiens"[orgn:__txid9606]


即可一鍵進(jìn)行檢索。??是不是心動了呢？趕緊試試吧！

• 更多檢索式構(gòu)建方法以及代碼運(yùn)行方法，請閱讀小丫畫圖的這篇文章：做ATAC-seq實(shí)驗(yàn)的文章，發(fā)到了幾分？批量獲取，爽歪歪。

當(dāng)然，如果你需要更多的幫助，歡迎在公眾號大軒的成長花園里留言??喔！大軒將努力幫助你打造絲滑的文獻(xiàn)管理生態(tài)??~

大軒碎碎念

當(dāng)然啦，大軒會把更新后的一些注意事項(xiàng)告訴你，保證你一學(xué)就會??！

一些賬號和API申請

1. 注冊NCBI賬號

很簡單的，大軒是直接使用微軟賬號登錄的，你也可以??。

1. 申請NCBI API

嘿嘿，大軒的高中數(shù)學(xué)老師@王老師說“一圖勝千言”，這里大軒給大家看圖?? ：

1. 注冊并登錄NCBI賬號：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/myncbi/

2. 進(jìn)入Account settings頁面

1. 點(diǎn)擊Create an API Key即可獲得你的專屬NCBI API

1. 如果需要更換NCBI API，可點(diǎn)擊Replace

• 需要注意的是，NCBI可能需要對您的應(yīng)用程序進(jìn)行一些審核和驗(yàn)證，以確保其符合NCBI的使用政策和規(guī)定。因此，您需要了解NCBI相關(guān)的規(guī)則并遵守它們，以確保您的API申請順利通過??。

1. 申請百度翻譯API

這個就很平淡啦??！大軒推薦大家去看計算機(jī)物語的這篇文章：百度翻譯平臺注冊方式。

1. 谷歌翻譯和百度翻譯的區(qū)別

嘿嘿，這里大軒更傾向于谷歌翻譯！但是由于谷歌翻譯已經(jīng)于2022年退出中國大陸市場，大軒也增加了百度翻譯供大家使用。大軒認(rèn)為，兩者均可使用??：

1. 谷歌翻譯，權(quán)威可靠??

2. 百度翻譯，穩(wěn)定高效??

一些實(shí)踐

• 嘿嘿，小丫畫圖的這篇文章以及講得很清楚了，參見：做ATAC-seq實(shí)驗(yàn)的文章，發(fā)到了幾分？批量獲取，爽歪歪

大軒給大家介紹本地文件匹配影響因子的注意事項(xiàng)??：一定要有將impact_factor.csv文件放在與Python代碼同名的文件夾下,如Fig.小丫畫圖GEO數(shù)據(jù)檢索所示。

Fig.小丫畫圖GEO數(shù)據(jù)檢索

FlowUs幫你管理文獻(xiàn)

嘿嘿，上期為大家介紹了FlowUs AI??：生信代碼注釋神器，這次大軒和大家分享在前期Python批量檢索GEO相關(guān)文獻(xiàn)后，基于FlowUs Database來管理這些文獻(xiàn)。

來玩FlowUs Database

1. 將Python檢索結(jié)果導(dǎo)入FlowUs中,如圖：

1. 點(diǎn)擊左側(cè)把手，將導(dǎo)入的簡單表格轉(zhuǎn)換為多維表，如圖：

1. 關(guān)閉頁面寬度和頁面目錄的設(shè)置，使多維表易于閱讀與編輯，如圖：

沉浸式文獻(xiàn)管理

了解最新文獻(xiàn)

你可以在Year一欄使用降序，把最近發(fā)表的文獻(xiàn)排在前面，方便你了解相關(guān)研究歷程與趨勢，如圖：

星標(biāo)功能快速備注

在FlowUs Database中，你可以使用星標(biāo)功能對某篇文獻(xiàn)進(jìn)行重要等級的星標(biāo)備注，如圖：

• 當(dāng)然，你可以設(shè)置多種樣式，FlowUs給我們的文獻(xiàn)管理帶來了極大地自由度，剩下的交給你自行探索，如圖：

多維度管理

你可以用過單選為文獻(xiàn)條目添加相應(yīng)的閱讀標(biāo)簽，比如我的目前標(biāo)簽有已排除文獻(xiàn)??和讀不懂??（你問為什么只有兩個，當(dāng)然是因?yàn)槲易x的文獻(xiàn)太少啦???。?，如圖：

??如何管理呢？

1. 一種是創(chuàng)建看板視圖，一目了然，如圖：

1. 另一種是使用FlowUs Database的篩選功能，如圖：

文獻(xiàn)數(shù)據(jù)備注

你可以自定義的為文獻(xiàn)條目添加備注，比如病理環(huán)節(jié)、數(shù)據(jù)備注、方法備注等，如圖：

更多絲滑體驗(yàn)

點(diǎn)擊PMID和GEO accession即可跳轉(zhuǎn)到對應(yīng)的PubMed相關(guān)網(wǎng)頁和GEO數(shù)據(jù)集的相關(guān)信息，如圖：

• 更多沉浸式閱讀體驗(yàn)，請關(guān)注大軒后期即將分享的《Python+FlowUs：沉浸式的文獻(xiàn)閱讀體驗(yàn)（下）》??~

當(dāng)然，關(guān)于如何檢索文獻(xiàn)以及zotero文獻(xiàn)管理生態(tài)和FlowUs使用心得，大軒之前還分享了“Publish or Perish 8”！一站式多數(shù)據(jù)庫SCI檢索神器！，感興趣的朋友可以看看哦??！

大軒邀請你來玩FlowUs

• 大軒的邀請碼：JG02WW

• 大軒的邀請鏈接：大軒邀請你來玩FlowUs

參考資料??

1. 自從讀了這里分享的文獻(xiàn)，發(fā)了20多篇10分paper

2. 做ATAC-seq實(shí)驗(yàn)的文章，發(fā)到了幾分？批量獲取，爽歪歪

3. FigureYa104GEOmining

4. 百度翻譯官網(wǎng)

5. 百度翻譯平臺注冊方式

6. Google翻譯退出中國：附訪問方法

7. FlowUs官網(wǎng)

8. FlowUs AI 再升級，參與整活大賞，1萬次 AI 次數(shù)等你來拿！

9. NCBI官網(wǎng)

往期精彩??

來玩“Publish or Perish 8”！一站式多數(shù)據(jù)庫SCI檢索神器！

來玩！FlowUs AI??：生信代碼注釋神器~

嗨，我是大軒??，這里有我的一些學(xué)習(xí)與科研歷程中的點(diǎn)滴記錄與復(fù)盤，大軒誠摯邀請你與大軒一同努力，攜手并進(jìn)，共同見證我們彼此的成長之路。歡迎添加大軒的微信，讓我們分享彼此的知識，交流彼此的心得，共同成長。大軒的微信號：daxuan111000

• 嘿嘿~希望今天的分享對你有所幫助！歡迎點(diǎn)贊、收藏、轉(zhuǎn)發(fā)喔??！

• 什么??？你想知道我是如何上手Python并進(jìn)行個性化的代碼修改的？那請點(diǎn)贊、轉(zhuǎn)發(fā)、關(guān)注并在公眾號后留言，讓我來告訴你，我們一起探索！