代謝組學(xué)及網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究技術(shù)與實(shí)踐
一、主講老師介紹:
由工作在科研一線的碩士生導(dǎo)師擔(dān)任主講,在國內(nèi)外學(xué)術(shù)期刊發(fā)表研究論文20余篇,其中SCI收錄超過10篇。近幾年主持/參與國家自然科學(xué)基金和省自然科學(xué)基金多項(xiàng)。從事代謝組學(xué)技術(shù)研究近十年,熟練相關(guān)操作流程和數(shù)理統(tǒng)計(jì)方法,研究方向?yàn)榛诖x組學(xué)技術(shù)的中藥質(zhì)量控制及藥理研究。
采用錄播回放的形式,發(fā)送課程全部案例資料,建立永不解散的課程學(xué)員群,長期互動(dòng)答疑。整體課程對知識進(jìn)行由淺入深,層層遞進(jìn),系統(tǒng)講解,配合案例解析邊講邊練,讓學(xué)員能運(yùn)用模擬軟件針對每個(gè)技術(shù)點(diǎn)進(jìn)行上機(jī)操作;學(xué)員微信群提供專業(yè)指導(dǎo),從而更好地滿足學(xué)員不同方面的論文及實(shí)際科研工作需求,鞏固學(xué)習(xí)內(nèi)容。
二、大綱內(nèi)容
代謝組學(xué)研究
技術(shù)與實(shí)踐
?
1、代謝組學(xué)簡介及樣本的采集與制備關(guān)鍵問題探討
代謝組學(xué)概述、操作流程、樣本采集、儲存及制備問題
2、代謝組學(xué)數(shù)據(jù)采集與預(yù)處理,決定數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)結(jié)果的準(zhǔn)確性
2.1 常用技術(shù)平臺介紹(NMR和LC-MS)
2.2 常用軟件和數(shù)據(jù)庫介紹(代謝物鑒定、數(shù)據(jù)預(yù)處理與分析)
2.3 數(shù)據(jù)預(yù)處理(歸一化、標(biāo)準(zhǔn)化、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化、缺失值評估)
3、基于SIMCA-P軟件的代謝組學(xué)數(shù)據(jù)多元統(tǒng)計(jì)分析與實(shí)操
3.1 樣本分類(無監(jiān)督和監(jiān)督模式)
3.2 差異變量篩選(S-plot、S+V-plot、VIP、biplot等)
3.3 常見圖形結(jié)果解讀
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究技術(shù)與實(shí)踐
4、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究思路和流程
5、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)分析與實(shí)操
5.1 化學(xué)成分的獲取與篩選
5.2 中藥化學(xué)成分靶點(diǎn)獲取
5.3 疾病靶點(diǎn)富集數(shù)據(jù)庫
5.4 化合物與疾病靶點(diǎn)映射(韋恩圖)
5.5 PPI網(wǎng)絡(luò)分析(PPI網(wǎng)站的構(gòu)建、PPI核心網(wǎng)絡(luò)的篩選)
5.6 富集分析(DAVID數(shù)據(jù)庫、Metascape 數(shù)據(jù)庫)
5.7 網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建—Cytoscape(數(shù)據(jù)導(dǎo)入、節(jié)點(diǎn)關(guān)系的建立、節(jié)點(diǎn)屬性計(jì)算、調(diào)整網(wǎng)絡(luò)樣式、篩選及過濾、網(wǎng)絡(luò)圖導(dǎo)出)
代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合研究技術(shù)與實(shí)踐
6、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合研究思路
7、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合分析技術(shù)
7.1 代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)數(shù)據(jù)的獲取
7.2 代謝組學(xué)功能分析(富集分析、通路分析等)
7.3 小分子網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)分析(Metscape軟件、KEGG數(shù)據(jù)庫等)
7.4 代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)功能層次關(guān)聯(lián)分析
核心技術(shù)實(shí)戰(zhàn)
8、實(shí)例操作
8.1 TCMSP數(shù)據(jù)庫獲取與篩選化學(xué)成分
8.2 Swiss Target Prediction數(shù)據(jù)庫預(yù)測成分靶點(diǎn)
8.3 DisGeNET數(shù)據(jù)庫獲取疾病靶點(diǎn)
8.4 化合物與疾病靶點(diǎn)映射
8.5 PPI網(wǎng)絡(luò)繪制
8.6 DAVID軟件進(jìn)行富集分析
8.7 Cytoscape工具繪制成分-靶點(diǎn)圖
8.8 Metscape繪制代謝-酶網(wǎng)絡(luò)關(guān)聯(lián)圖
文獻(xiàn)解析實(shí)例
?
9、代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)結(jié)合的文章分析流程和套路
9.1 中藥化學(xué)成分靶點(diǎn)與代謝小分子網(wǎng)絡(luò)分析實(shí)例(Food Res Int. 2020, 136:109503)
目標(biāo):采用Metscape軟件對代謝組學(xué)發(fā)現(xiàn)的差異代謝物和中藥成分的藥物靶點(diǎn)關(guān)聯(lián),聚焦關(guān)鍵蛋白。
9.2代謝組學(xué)與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)功能層次關(guān)聯(lián)分析實(shí)例(J Ethnopharmacol. 2021,264:113281. )
目標(biāo):采用功能富集工具分別對網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和代謝組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián),聚焦關(guān)鍵通路。
9.3代謝組學(xué)和網(wǎng)絡(luò)藥理關(guān)聯(lián)分析實(shí)例(Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013)
目標(biāo):整合代謝組學(xué)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)揭示羥基紅花黃色素A抗急性腦外傷的作用機(jī)制損傷。

原文鏈接:https://docs.qq.com/pdf/DTUhxelp0U2NvT1ho??
或到微信公眾平臺“科研軟件大合集”查閱
聯(lián)系微信:“gyflx999”
??