大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第29期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)5篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、兒童腦腫瘤起源于發(fā)育中的小腦

Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum

Neuro-Oncology; IF: 15.900; DOI: 10.1093/neuonc/noad124

內(nèi)容概要：通過(guò)使用基因集變異分析、相關(guān)性和單細(xì)胞匹配技術(shù)，將4,416個(gè)腫瘤數(shù)據(jù)集與176,645個(gè)正常發(fā)育的人類小腦細(xì)胞進(jìn)行深入比較，發(fā)現(xiàn)星形膠質(zhì)細(xì)胞小腦譜系可能是后顱窩室管膜瘤的起源，而少突刺刷狀細(xì)胞和顆粒細(xì)胞譜系是SHH和Group 3/4髓母細(xì)胞瘤的起源；放射性誘導(dǎo)的膠質(zhì)瘤來(lái)自小腦膠質(zhì)譜系，與原發(fā)性髓母細(xì)胞瘤有不同的起源。該研究還確定了在起源小腦譜系中表達(dá)的腫瘤基因和腫瘤特異性基因，這兩個(gè)基因集都是未來(lái)研究的有前途的治療靶點(diǎn)。因此，該研究認(rèn)為腫瘤中的個(gè)體細(xì)胞可能類似于沿著受限制的發(fā)育譜系的不同細(xì)胞類型。

2、糖尿病腎病患者腎小球新生血管的分子特征

Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease

Clinical Journal of the American Society of Nephrology; IF: 9.800; DOI: 10.2215/CJN.0000000000000276

內(nèi)容概要：介紹了腎臟精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)項(xiàng)目（Kidney Precision Medicine Project，KPMP）的研究目標(biāo)和方法，即通過(guò)對(duì)患有急性腎損傷（acute kidney injury，AKI）或慢性腎?。╟hronic kidney disease，CKD）的參與者的腎活檢進(jìn)行分子研究，創(chuàng)建腎臟組織圖譜，定義疾病亞組，并確定新療法的關(guān)鍵細(xì)胞、通路和靶點(diǎn)。通過(guò)對(duì)一位患有糖尿病腎病的66歲女性進(jìn)行KPMP腎活檢，發(fā)現(xiàn)她的腎組織存在廣泛的毛細(xì)血管周圍新生血管，這一結(jié)果通過(guò)三維免疫熒光成像技術(shù)得到了證實(shí)。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析表明，這些新生血管區(qū)域的基因表達(dá)呈現(xiàn)出增加的血管生成信號(hào)、內(nèi)皮細(xì)胞增殖和存活、新血管成熟和穩(wěn)定等特征。這一分子相關(guān)性為糖尿病患者腎臟疾病的發(fā)展提供了新見(jiàn)解。

3、miR-425-5p通過(guò)染色質(zhì)修飾調(diào)節(jié)Crebzf抑制卵母細(xì)胞衰老

MiR-425-5p?suppression of?Crebzf?regulates oocyte aging via chromatin modification

GeroScience; IF: 5.600; DOI: 10.1007/s11357-023-00875-6

內(nèi)容概要：通過(guò)高通量測(cè)序，發(fā)現(xiàn)miR-425-5p是自然衰老和氧化應(yīng)激下唯一升高的miRNA，而Crebzf是miR-425-5p在老齡卵母細(xì)胞中的介導(dǎo)因子。這些發(fā)現(xiàn)為miR-425-5p抑制劑作為治療女性不孕癥的潛在藥物提供了新的見(jiàn)解，并突出了miR-425-5p抑制Crebzf通過(guò)調(diào)節(jié)一組組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶mRNA來(lái)抑制GV卵母細(xì)胞發(fā)育轉(zhuǎn)換的優(yōu)雅機(jī)制。

4、scRNA-seq和bulk RNA-seq的整合構(gòu)建預(yù)測(cè)肝細(xì)胞癌預(yù)后和免疫治療反應(yīng)的干細(xì)胞相關(guān)特征

Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: 3.600; DOI: 10.1007/s00432-023-05202-2

內(nèi)容概要：研究旨在建立一種與干細(xì)胞相關(guān)的預(yù)后模型，以預(yù)測(cè)肝細(xì)胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）患者的預(yù)后和免疫治療反應(yīng)。該模型基于scRNA-seq和bulk RNA-seq的結(jié)果，篩選出10個(gè)基因標(biāo)志物。高風(fēng)險(xiǎn)組的患者預(yù)后較差，該模型可作為獨(dú)立的預(yù)后指標(biāo)。此外，化療藥物敏感性和免疫治療反應(yīng)分析表明，高風(fēng)險(xiǎn)組患者更有可能從這些治療中受益。

5、具有高肺和腦轉(zhuǎn)移潛力的低轉(zhuǎn)移性黑色素瘤細(xì)胞系及其亞克隆的scRNA-seq揭示腫瘤轉(zhuǎn)移的基因表達(dá)特征及預(yù)后意義

Single-cell RNA sequencing of a poorly metastatic melanoma cell line and its subclones with high lung and brain metastasis potential reveals gene expression signature of metastasis with prognostic implication

Experimental Dermatology；IF: 3.600; DOI: 10.1111/exd.14900

內(nèi)容概要：通過(guò)對(duì)一個(gè)轉(zhuǎn)移能力較差的黑色素瘤細(xì)胞系（WM239A）及其高肺和腦轉(zhuǎn)移潛力的亞克?。?13/6-4L、131/4-5B1和131/4-5B2）進(jìn)行scRNA-seq分析，鑒定出3個(gè)不同的細(xì)胞群：“原代”（Primary）、“肺”（Lung）和“腦”（Brain）亞群，識(shí)別出具有預(yù)后意義的黑色素瘤轉(zhuǎn)移標(biāo)志物，并在原代細(xì)胞系中發(fā)現(xiàn)了潛在的促轉(zhuǎn)移亞克隆。

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