零基礎(chǔ) |「TBtools」界面化「基因差異表達分析」
寫在前面
今天休息了一天，大體學了一下一直有想法學，但是沒時間學的東西。結(jié)果就是，太難了。時間有限，還是放下。但今天還剩下三個多小時，總得做點啥。看看，似乎今天沒寫啥推文。于是，翻了翻技能易物群，發(fā)現(xiàn)最近不少人，希望使用「TBtools」進行基因差異表達分析。
很多時候，遇到的其實就只是一個簡單的軟件安裝問題。于是，干脆花點時間，整理一個相對詳盡，且對完全新手友好的教程。
主要步驟
「TBtools」本身是無法進行差異表達分析的，不僅「TBtools」，目前幾乎所有做基因或者其他特征的差異表達分析，都是調(diào)用「R」語言。所以在這塊上，「TBtools」也一樣。于是安裝配置上，有以下幾個步驟：
安裝「TBtools」Rserver 插件，注意到，Windows 和 MacOS 同樣；
安裝「DESeq2」插件，如果你的網(wǎng)絡(luò)非常好，那么完成這一步之后，可以跳過第3. 和 4. 步；但絕大多數(shù)人，還是老老實實一步一步來吧；
安裝 「R Plugin Install Helper」；
注入「DESeq2.MetaPackageR」；
開展基因差異表達分析；
下述，會對每一個進行詳細展開。
1. 安裝「Rserver」插件
事實上，「TBtools」中有很多很多 R 插件，其中大部分是用戶老鐵們開發(fā)，而非我開發(fā)。這些插件的使用前提是，用戶安裝了「Rserver」插件。
如何安裝？打開「TBtools」，切換到「Plugin Store」。
打開「Plugin Store」后，找到「Rserver」插件，點擊安裝
點擊確定之后，會跳轉(zhuǎn)到下載網(wǎng)頁，直接下載即可
下載后，直接從「TBtools」的「Install Plugin」開始安裝插件
在彈出的文本對話框，選擇前述下載的「Rserver.plugin」
點擊「打開」，隨后等待安裝結(jié)束，會自動彈窗。
至此，「Rserver」插件安裝完成。邏輯上，在網(wǎng)絡(luò)良好的地方，你可以快樂的使用所有「TBtools」的「R」插件。
2. 安裝「DESeq2」插件
同樣，打開「Plugin Store」或者「Plugin Store at High Speed」，找到「DESeq2」插件。
PS：「Plugin Store at High Speed」本身也是一個插件，可以通過「Plugin Store」安裝，安裝完成后可以用于高速安裝其他插件，所以他是一個安裝插件的插件。
點擊開始安裝即可。
3. 安裝 「R Plugin Install Helper」
Emmm，邏輯上，如果你的網(wǎng)絡(luò)非常好，那么可以跳過這一步....但我覺得這個可能性很小。對于 DESeq2 等 R 語言程序，本身依賴大量 R 包。相關(guān)依賴，可以借助「R Plugin Install Helper」來注入。
安裝這個插件，同樣簡單。同樣在「Plugin Store」或「Plugin Store at High Speed」，找到對應(yīng)插件即可。
4. 注入「DESeq2.MetaPackageR」
注意到，此處寫的是注入，因為他本身其實是完成 R 環(huán)境的配置...而非對「TBtools」或者插件進行任何改變。注入方式簡單。
a) 首先，下載 DESeq2.MetaPackageR，這個需要在「TBtools 大型插件倉庫」高速通道下載，
下翻到你的操作系統(tǒng)對應(yīng)的版本
我用的 Windows，于是使用第一個。復制鏈接，跳轉(zhuǎn)下載
下載完成后，打開「R Plugin Install Helper」
設(shè)置「DESeq2.Win64.MetaPluginR」為輸入文件，如下
點擊 Start 之后，等待即可。目前沒有遇到過這一步操作還會出現(xiàn)問題的。等他完成了，彈窗提示就可以了。
5. 開展基因差異表達分析
首先，打開「DESeq2」插件
界面看起來有幾個輸入，其實很簡單
對于新手，最好直接點擊「Demo Data」
具體格式，建議使用文本編輯器或Excel打開示例文件查看，并做對應(yīng)準備。具體使用就是丟文件進去即可。
非常簡單，按照上述設(shè)置文件，點擊 Start 即可。完成后可以在工作目錄，看到輸出文件。
寫在最后
不伺候了，寫個教程，一個小時就沒了。簡單來說，「TBtools」中相對常用的插件，都可以通過類似的方式解決，至于 MetaPackage，直接到「TBtools用戶手冊」找到鏈接即可
