文獻(xiàn)晶體數(shù)據(jù)改進(jìn)示例3(指令優(yōu)化)
案例來(lái)源：Chem. Eur. J. 2022, 28, e202104470
DOI：10.1002/chem.202104470
CCDC：2128426
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圖形用戶界面：Olex2[1]（版本：Olex2-1.5）
精修程序：SHELXL[2]（版本：SHELXL-2019/2）
CIF文件下載：CCDC[3]官網(wǎng)
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根據(jù)CCDC號(hào)從CCDC官網(wǎng)下到2128426.cif文件，用Olex2打開查看，如圖1所示，結(jié)構(gòu)中絕大部分和金屬配位的四氫呋喃（THF）以及叔丁基存在無(wú)序，綠色為無(wú)序的第二組分原子，對(duì)于這些無(wú)序基團(tuán)，ins中添加了大量SADI指令來(lái)限制其鍵長(zhǎng)鍵角以防止其骨架變形，另外添加了全局RIGU指令和SIMU指令來(lái)限制所有非氫原子的各向異性位移參數(shù)（溫度因子）。
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這是一個(gè)非常不錯(cuò)的用于練習(xí)THF和叔丁基無(wú)序的數(shù)據(jù)，感興趣的小伙伴可以下載下來(lái)進(jìn)行練習(xí)。
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ins中大量的SADI指令顯得非常臃腫，任誰(shuí)（尤其是審稿人）看了都頭大，編者嘗試將這些冗長(zhǎng)的SADI指令用更加簡(jiǎn)潔的SAME指令來(lái)替代，并將全局RIGU指令和SIMU指令更改為僅針對(duì)碳原子的局部限制，最終結(jié)果如圖2所示，此時(shí)ins中僅有一條限制指令，這樣的ins文件看起來(lái)清爽多了，并且R1從原來(lái)的4.54%降為4.36%，wR2從原來(lái)的11.93%降為11.15%。
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某個(gè)THF和叔丁基對(duì)應(yīng)的SAME指令如圖3–4所示。
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視頻操作演示請(qǐng)參閱：https://www.bilibili.com/video/BV1Eu4y1x7D9
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結(jié)語(yǔ)
在精修的初期，為了使無(wú)序精修穩(wěn)定，相關(guān)骨架不至于散架，可能會(huì)添加大量限制指令，從而使得ins文件的命令區(qū)顯得雜亂臃腫，使得讀者甚至自己都不知道這些雜亂無(wú)章的指令究竟具體作用是什么，所以要么在引入限制指令時(shí)就注意布局和優(yōu)化，當(dāng)然對(duì)于無(wú)序極其嚴(yán)重的情況，初期的布局和優(yōu)化可能并不容易，這時(shí)可在精修已經(jīng)收斂的后期可嘗試逐步對(duì)指令進(jìn)行優(yōu)化，指令的替代優(yōu)化后，很可能可以改善各項(xiàng)參數(shù)指標(biāo)。
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參考文獻(xiàn)
[1] Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.
[2] (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement, University of G?ttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M. Crystal structure refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
[3] (a) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179.
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