我們都知道生信發(fā)SCI能畢業(yè)，能評職稱，更能申請基金，而且生信SCI不是meta分析和review綜述類，它更是原始數(shù)據(jù)的加工，你的原始數(shù)據(jù)可以自己拿去測序的芯片，也可以利用公開數(shù)據(jù)庫的芯片，簡單概括就是“拿別人的數(shù)據(jù)，發(fā)自己的SCI！”

所以生信數(shù)據(jù)挖掘套路成了繼meta之后又一火熱的SCI套路，但是生信龐大的數(shù)據(jù)庫中有意義的數(shù)據(jù)總是有限的，如何在龐大的數(shù)據(jù)庫資源里獲取有意義的數(shù)據(jù)成了生信挖掘的最初一步，也是最難一步！

而當(dāng)下的大部分?jǐn)?shù)據(jù)庫，操作不統(tǒng)一，代碼不能復(fù)用，甚至有的連網(wǎng)頁也打不開，更大的麻煩是我們連每個數(shù)據(jù)庫是做啥的都不知道。為此，小編特意為大家整理了4個腫瘤方向數(shù)據(jù)庫，手把手教你如何進(jìn)行生信數(shù)據(jù)挖掘。（文末查看資源領(lǐng)取方式）

01丨CancerSEA

CancerSEA（癌癥單細(xì)胞狀態(tài)圖譜）是第一個專門的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)庫，旨在全面探索單細(xì)胞水平上癌細(xì)胞的不同功能狀態(tài)。

網(wǎng)址：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

CancerSEA數(shù)據(jù)庫中的單細(xì)胞測序結(jié)果來源于SRA，GEO和 ArrayExpress網(wǎng)站中的72個數(shù)據(jù)集，總共收錄了25種癌癥的41900個腫瘤細(xì)胞；功能分析結(jié)果來源于HCMDB，Cyclebase和StemMapper等數(shù)據(jù)集，總共重新定義了14種功能狀態(tài)。

通過對這些單細(xì)胞進(jìn)行功能狀態(tài)注釋，作者構(gòu)建了CancerSEA數(shù)據(jù)庫。利用該數(shù)據(jù)庫，我們可以進(jìn)行“gene search”，“State Search”，“Browse state atlas”，“Browse dataset information”和“Download”。

在了解數(shù)據(jù)庫之后，我們就需要著手于數(shù)據(jù)庫操作了，而我們的研究思路大致如下圖，具體見視頻課程。

02丨COSMIC

COSMIC是癌癥相關(guān)體細(xì)胞突變位點的最大的數(shù)據(jù)庫之一。

網(wǎng)址如下：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/

COSMIC數(shù)據(jù)庫包含數(shù)千個涉及癌癥發(fā)展的體細(xì)胞突變。數(shù)據(jù)庫收集來自兩個主要來源的信息。首先，從文獻(xiàn)中收集已知癌癥基因的突變。經(jīng)過手工處理的基因列表通過它們在癌癥基因普查中被鑒定。其次，包含在數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)是從癌癥基因組計劃進(jìn)行的癌癥樣品的全基因組重測序研究中收集的。

在搜索框中輸入一個具體的基因名稱或者蛋白名稱，可以查看具體的記錄。

課程為大家介紹了癌癥單細(xì)胞狀態(tài)研究套路，從COSMIC數(shù)據(jù)庫出發(fā)，根據(jù)癌癥單細(xì)胞狀態(tài)圖譜，通過數(shù)據(jù)庫得到單基因的功能、根據(jù)功能狀態(tài)找基因，最后探究其直接機制。

03丨MEXPRESS

TCGA數(shù)據(jù)庫是一個包括33種腫瘤的各個組學(xué)的數(shù)據(jù)庫。我們通過TCGA數(shù)據(jù)庫可以觀察每個人的基因表達(dá)的變化；甲基化的變化；拷貝數(shù)的變化；以及他們的臨床信息。

MEXPRESS(https://mexpress.be/)是一個可視化TCGA數(shù)據(jù)庫當(dāng)中患者的臨床信息—甲基化—表達(dá)之間之間關(guān)系的數(shù)據(jù)庫。

網(wǎng)址：https://mexpress.be/

工具的使用只需輸入基因名+選擇要研究的腫瘤即可，就這么簡單粗暴！

雖然已經(jīng)有 cBioPortal, Xena, TSVdb這些工具，但是他們都沒有能讓你可以查詢DNA甲基化的數(shù)據(jù)的同時看到基因組位置以及臨床信息，而且它顯示了相關(guān)性和矯正的p值。

04丨miRWalk3.0

miRWalk是一個綜合性的miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫，收錄了人，小鼠等多個物種的miRNA靶基因信息，和mirDIP類似，也是一個整合型數(shù)據(jù)庫，整合了來自miRDB, TargetScan, miRTarBase等數(shù)據(jù)庫中的信息。網(wǎng)址如下：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

涵蓋了多個知名miRNA database的結(jié)果，包括預(yù)測的和實驗驗證過的。并且它使用了流行的TarPmiR預(yù)測miRNA的結(jié)合位點。支持miRNA、mRNA單個或者多個搜索，有圖有表有富集，結(jié)果下載簡單，數(shù)據(jù)可以全部下載。適合研究感興趣的miRNA的靶基因或者mRNA的結(jié)合的miRNA。

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