如果你在上海市的企業(yè)已經(jīng)擁有施工總承包、專業(yè)承包三級資質(zhì)，并且想要申請施工總承包、專業(yè)承包二級資質(zhì)，那么你可以按照以下步驟進行操作：

首先，如果你的企業(yè)已經(jīng)具有建筑業(yè)企業(yè)資質(zhì)，并且想要申請增加其他類別的建筑業(yè)企業(yè)資質(zhì)，那么你可以直接增項申請施工總承包、專業(yè)承包二級資質(zhì)。

在考核過程中，參照常見問題解答中的“問題1”進行評估。例如，如果你的企業(yè)原本具有建筑工程施工總承包三級資質(zhì)，那么你可以直接增項申請市政公用工程施工總承包二級資質(zhì)。

其次，如果你的企業(yè)已經(jīng)具有同類別的三級建筑業(yè)企業(yè)資質(zhì)，想要申請同類別二級資質(zhì)，那么你有兩種方式可以選擇：既可以直接增項申請同類別二級資質(zhì)，也可以按照升級程序申請同類別資質(zhì)三級升二級。對于增項申請的考核要求，參照常見問題解答中的“問題1”；而對于升級申請的考核要求，則依照現(xiàn)行二級資質(zhì)標準升級要求進行考核。例如，如果你的企業(yè)具有建筑工程施工總承包三級資質(zhì)，那么你可以直接增項申請建筑工程施工總承包二級資質(zhì)，或者申請建筑工程施工總承包三級升二級，按照原標準對技術(shù)負責人和企業(yè)業(yè)績等進行考核。

最后需要強調(diào)的是，申請施工總承包、專業(yè)承包二級資質(zhì)時，你的企業(yè)無需先注銷原有的同類別三級資質(zhì)。一旦審批通過，系統(tǒng)將自動替換原有的三級資質(zhì)。

在整個申請過程中，你需要確保提交的所有資料都符合相關規(guī)定和標準，并且真實有效。同時，你還需要注意不同類別資質(zhì)的申請要求和標準可能會有所不同，因此在申請前需要仔細閱讀相關文件和政策規(guī)定，以免出現(xiàn)不必要的錯誤。