TVB版本：2.7.2-17803

參考視頻：YTB

在TVB安裝完成且登錄成功之后:

• 點擊 Project->List of all projects，會看到有一個Default_Project，

1. Simulator - Phase plane

參考YTB

• 點擊Data Structure欄的Project Data，應(yīng)該可以看到如下界面

• 點Simulator->左上角8個小方塊->Phase Plane，可以看到一個二維相圖。

• 關(guān)于左邊菜單的設(shè)置：

• Local dynamic model：設(shè)置為Generic 2D Oscillator

  這里用來選擇不同的模型，比如Hopfield模型

• Model parameters：是一些模型參數(shù)，未必有生物學(xué)意義，但這個模型可以模仿很多生物學(xué)行為?？梢栽谶@里人工調(diào)參

• Integration scheme：數(shù)值積分求解器，比如龍格庫塔。

• Integration-step size (ms)：設(shè)置步長，我們可以設(shè)置為0.5

• State variables shown on axes and their range: 設(shè)置橫縱坐標(biāo)的顯示范圍。

• Integration steps：表示積分的總長度

  點擊右圖的任何一點可以出來一個軌道，這個軌道就是通過數(shù)值積分得到的。將Integration steps再點擊，可以得到下面的圖像

• 將其中的參數(shù)a調(diào)整到2（一個經(jīng)驗），會發(fā)現(xiàn)出現(xiàn)極限環(huán)

2. 正式Simulator

參考YTB：回到我們最初的界面，按照下面說明進行仿真參數(shù)配置

這里的a可以設(shè)置更大一些以獲得更明顯的效果，比如 [0.05]

這里的V為觀測數(shù)據(jù)，需要打上勾才可以繼續(xù)，視頻里面卻沒有打勾

注：

• 運行完成后，右邊應(yīng)該出現(xiàn)結(jié)果：

• 點擊TimeSeriesRegion后

• 點擊Visualizers來可視化，再點擊Brain Activity Viewer in 3D and 2D

• 可以得到下面的刺激序列

• 點擊右上角Select Signals from input，可以選擇觀察多個腦區(qū):

• 選擇Time Series Visualizer (SVG/d3)，可以得到

• 這些軌跡被稱為damped oscillation，最后都回到了穩(wěn)態(tài)（這與a的設(shè)定有關(guān)。

3. 開始PSE(parameter Space Exploration)

參考YTB：

• 上面每次只能用一組參數(shù)進行實驗，這里我們可以設(shè)置一組參數(shù)，來對參數(shù)空間進行掃描。

• 視頻中的版本似乎與我所使用的版本（2.7.2-17803）有所不同

(1)這里最多只能對兩個參數(shù)進行探索，(2)這里設(shè)置了這些參數(shù)的變化范圍。

我們只得到了一個2*2的點，看起來需要設(shè)置范圍的時候，HI需要比希望停止的值設(shè)置為更高：比如[-2, 2.1, 2]

• 其中(1)和(2)所在的位置可以綁定不同的數(shù)據(jù)，并在圖中進行表示。

• (3) 點擊節(jié)點，可以看到這個點中所代表的實驗的詳細過程。