2021，已成過(guò)去時(shí)

2022，現(xiàn)在進(jìn)行時(shí)

在2021年這365日的汗水中

青蓮匯集了滿(mǎn)滿(mǎn)的干貨及分享

新一年的文章盤(pán)點(diǎn)也如約而至

文中八篇?jiǎng)t是它們中的代表者?

行來(lái)北涼歲月深，感君貴義輕黃金。

祝我們2022共進(jìn)步

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文章一

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參考文獻(xiàn)：

Wittig reagents for chemoselective sulfenic acid ligation enables global site stoichiometry analysis and redox-controlled mitochondrial targeting

原文鏈接：10.1038/s41557-021-00767-2.

期刊名稱(chēng)：Cell?Chemistry

IF：21.687

樣本選擇：A549、HeLa、RKO、NIH3T3

技術(shù)策略：LC-MS/MS

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蛋白質(zhì)次磺酸修飾是一種發(fā)生于半胱氨酸殘基上的重要翻譯后修飾，其既可作為反應(yīng)中間體，進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為其它氧化修飾（如二硫鍵，亞磺酸等）；也可直接作為分子開(kāi)關(guān)，可逆地調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能。次磺酸修飾的生物半衰期極短，無(wú)法被免疫法或者質(zhì)譜法直接檢測(cè)，故其分析主要依賴(lài)于能夠選擇性與之反應(yīng)的化學(xué)探針。繼BTD之后，團(tuán)隊(duì)又研發(fā)了WYneN。

圖1?半胱氨酸介導(dǎo)的蛋白質(zhì)氧化還原形式的轉(zhuǎn)換

該文在經(jīng)典Wittig反應(yīng)基礎(chǔ)上發(fā)展了一系列生物相容的化學(xué)工具，用于選擇性標(biāo)記蛋白質(zhì)的次磺酸修飾，并實(shí)現(xiàn)線(xiàn)粒體靶向檢測(cè)與載荷遞送。

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文章二

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不同半胱氨酸氧化還原形式的整體分析揭示線(xiàn)蟲(chóng)中廣泛的氧化還原調(diào)節(jié)

期刊名稱(chēng)：Nature Communication

IF：12.121

樣本選擇：秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)

技術(shù)策略：qRT-PCR，定量蛋白質(zhì)組學(xué)

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該論文借助模式生物秀麗隱桿線(xiàn)蟲(chóng)為載體，探究半胱氨酸的多種氧化還原形式，揭示了半胱氨酸氧化還原可調(diào)節(jié)線(xiàn)蟲(chóng)體內(nèi)多種生物過(guò)程和途徑，發(fā)現(xiàn)p38 MAPK通路上下游蛋白質(zhì)都可介導(dǎo)Cys依賴(lài)的抗氧化相應(yīng)和天然免疫調(diào)節(jié)。

細(xì)胞氧化還原狀態(tài)和半胱氨酸修飾在生物體衰老過(guò)程中是很常見(jiàn)的，在生理和病理?xiàng)l件下，半胱氨酸氧化還原譜和氧化還原狀態(tài)的驅(qū)動(dòng)蛋白也可能成為潛在的biomaker。作者對(duì)半胱氨酸內(nèi)在反應(yīng)性的定量、以位點(diǎn)為中心的圖譜和過(guò)氧化物敏感半胱氨酸氧化還原形式的數(shù)據(jù)集極大地?cái)U(kuò)展了線(xiàn)蟲(chóng)半胱氨酸氧化的范圍和生物學(xué)作用，并為破譯模式生物中復(fù)雜的氧化還原信號(hào)網(wǎng)絡(luò)提供了分子基礎(chǔ)。

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文章三

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線(xiàn)粒體復(fù)合體I的膜臂足以促進(jìn)呼吸體的形成

A membrane arm of mitochondrial complex I sufficient to promote respirasome formation

期刊名稱(chēng)：Cell Reports

IF：8.109

樣本選擇：細(xì)胞樣本

技術(shù)策略：Label Free蛋白質(zhì)組學(xué)；互作蛋白鑒定

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該研究團(tuán)隊(duì)提出了基于PD-a模塊的線(xiàn)粒體超級(jí)復(fù)合體的組裝新模型。CIII和CIV與PD-a模塊上先開(kāi)始超級(jí)復(fù)合體I+III2+IV的組裝。TIMMDC1作為另一個(gè)超級(jí)復(fù)合體組裝因子，繼續(xù)CI的組裝，并最終完成復(fù)合體I+III2+IV即呼吸體的組裝。

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文章四

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小檗堿直接靶向NEK7蛋白阻斷NEK7與NLRP3的相互作用并發(fā)揮抗炎作用

期刊名稱(chēng)：Journal of?Medicinal Chemistry

IF：6.205

樣本選擇：無(wú)特定病原體的C57BL/6J的小鼠骨髓來(lái)源的巨噬細(xì)胞(BMDM)、HEK-293T和L929細(xì)胞、THP-1細(xì)胞

取樣策略：探針標(biāo)記、Pierce Streptavidin磁珠純化

技術(shù)策略：WB、ELISA、PCR、Co-IP、LC/MS

?該項(xiàng)研究首次證明NEK7是BBR治療炎癥相關(guān)疾病(如2型糖尿病、動(dòng)脈粥樣硬化、非酒精性脂肪肝和神經(jīng)退行性疾病)的主要直接靶點(diǎn)之一。在這次發(fā)現(xiàn)過(guò)程中，小青展示出了相當(dāng)“硬核”的朊實(shí)力呦，擔(dān)任了文章中LC-MS/MS檢測(cè)工作。

本文基于ABPP的化學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)策略，首先確定了NEK7是BBR抗炎的一個(gè)重要的直接蛋白質(zhì)組學(xué)靶點(diǎn)，并闡明了BBR通過(guò)與NEK7上關(guān)鍵的R121殘基的氫鍵特異性地阻斷NEK7?NLRP3的相互作用來(lái)發(fā)揮其抗炎作用，正是這種非共價(jià)鍵使得BBR只表現(xiàn)出適度的抗IL-1β激活的效力，從而緩和了抗炎活性。這一結(jié)果有助于以NEK7為靶標(biāo)實(shí)現(xiàn)新型NEK7–NLRP3相互作用抑制劑的開(kāi)發(fā)。

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文章五

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用于評(píng)估牛瘤胃微生物脲酶多樣性的宏蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法

期刊名稱(chēng)：Frontiers in Microbiology

影響因子：4.235

樣本選擇：牛瘤胃液樣本

技術(shù)策略：LC-MS/MS

搜庫(kù)軟件：Peaks（可實(shí)現(xiàn)非數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源的肽段檢索）

?該研究開(kāi)發(fā)了一種有針對(duì)性的宏蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法來(lái)分析瘤胃脲酶蛋白的多樣性。包括前處理中對(duì)蛋白質(zhì)提?。ㄒ旱鋬鲅心r(shí)間）、蛋白質(zhì)消化狀態(tài)（溶液中或凝膠中）以及所用消化酶（胰蛋白酶或Glu-C/Lys-C）進(jìn)行了優(yōu)化，并通過(guò)LC-MS/MS對(duì)酶解后的多肽進(jìn)行分析（青蓮百奧提供技術(shù)支持）。該方法為在其他生態(tài)系統(tǒng)中進(jìn)行有針對(duì)性的宏蛋白質(zhì)組學(xué)分析提供了指南。

為了分析瘤胃微生物脲酶的多樣性，該研究開(kāi)發(fā)了一種結(jié)合高脲酶活性的蛋白提取和胰蛋白酶消化凝膠內(nèi)蛋白的有針對(duì)性的宏蛋白組學(xué)分析方法。脲酶蛋白具有較高的多樣性，這些蛋白主要來(lái)自原綠球菌（Prochlorococcus）、螺桿菌（Helicobacter）和一些不可培養(yǎng)的細(xì)菌。該方法不僅擴(kuò)展了對(duì)牛瘤胃中高活性脲酶的理解，也為在其他復(fù)雜生態(tài)系統(tǒng)中進(jìn)行有針對(duì)性的宏蛋白質(zhì)組分析提供了指導(dǎo)。

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文章六

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華支睪吸蟲(chóng)不同感染時(shí)期的血清和排泄-分泌產(chǎn)物的免疫蛋白質(zhì)組學(xué)分析

期刊名稱(chēng)：Front Cell Infect Microbiol

影響因子：4.123

樣本選擇：

感染華支睪吸蟲(chóng)后7天、14天、35天和77天的兔血清和對(duì)照兔血清樣本；

F.?livera和S. japonicum感染的陽(yáng)性兔血清（用于對(duì)照的病原菌）；

從感染兔的膽管中分離華支睪吸蟲(chóng)成蟲(chóng)提取ESP蛋白。

技術(shù)策略：免疫蛋白質(zhì)組學(xué)（CoIP-MS）

?華支睪吸蟲(chóng)病是由華支睪吸蟲(chóng)（Clonorchis sinensis）引起的一種重要的食源性疾病。該研究采用液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜法?（LC-MS/MS）進(jìn)行了免疫共沉淀（Co-IP）分析（青蓮百奧提供技術(shù)支持），以探究C. sinensis的排泄分泌產(chǎn)物（ESP）作為病原體在宿主-寄生蟲(chóng)相互作用中發(fā)揮的重要作用。

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文章七

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植物凝集素受體樣激酶磷酸化細(xì)菌效應(yīng)子AvrPtoB以抑制其在擬南芥中的毒性

期刊名稱(chēng)：Molecular Plant

IF：12.084

樣本選擇：擬南芥Lecrk-IX.2和△avrPtoB突變菌株

技術(shù)策略：磷酸化位點(diǎn)鑒定（LC-MS/MS）

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該研究揭示了一種新的機(jī)制，通過(guò)該機(jī)制，植物L(fēng)ecRK蛋白LecRK-IX.2在S335位點(diǎn)處磷酸化了細(xì)菌效應(yīng)因子AvrPtoB，從而潛在地降低了其毒性。該策略可能被植物RLKs廣泛采用，在PTI響應(yīng)過(guò)程中病原體效應(yīng)因子會(huì)靶向該植物。這項(xiàng)工作實(shí)質(zhì)上提高了我們對(duì)PTI激活的認(rèn)識(shí)。此外該研究還注意到，存在去除植物中AvrPtoB S335位點(diǎn)磷酸化的機(jī)制。這可能是為什么植物中只有一定量的AvrPtoB被磷酸化的原因。結(jié)果表明，在病原體感染期間，AvrPtoB毒性?xún)H部分降低。

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文章八

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PtRD26的剪切變體通過(guò)調(diào)節(jié)楊樹(shù)中的多個(gè)NAC轉(zhuǎn)錄因子來(lái)延遲葉片衰老

期刊名稱(chēng)：The Plant Cell

IF：9.618

樣本選擇：楊樹(shù)葉片

技術(shù)策略：RNA-seq、LC-MS等

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在該研究中，作者通過(guò)RNA測(cè)序技術(shù)獲得了毛果楊秋季葉片衰老的高分辨率時(shí)間轉(zhuǎn)錄圖譜數(shù)據(jù)。通過(guò)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，作者發(fā)現(xiàn)衰老相關(guān)的NAC家族轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控秋季葉片衰老，并提出一個(gè)年齡依賴(lài)性的衰老相關(guān)NAC轉(zhuǎn)錄因子內(nèi)含子滯留的增加是精細(xì)調(diào)節(jié)樹(shù)木葉片衰老分子機(jī)制的調(diào)控程序。

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01樣本策略

總共在16個(gè)時(shí)間點(diǎn)（從2018年9月22日至11月17日起），從三棵田間生長(zhǎng)的毛白楊樹(shù)木（樹(shù)A、樹(shù)B和樹(shù)C）收集的48個(gè)葉片樣品；

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02主要技術(shù)策略

RNA-seq；

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03功能驗(yàn)證策略

LC-MS質(zhì)譜檢測(cè)（青蓮提供技術(shù)支持）、qPCR、ChIP、生化分析等。