在進(jìn)行基因的差異分析之后，我們需要對(duì)基因的功能進(jìn)行注釋。基因功能注釋的目的是通過(guò)分析基因的序列和結(jié)構(gòu)以及已知的功能和特征信息，來(lái)預(yù)測(cè)和解釋基因的功能和生物學(xué)作用。功能注釋的結(jié)果可以提供關(guān)于基因的功能、參與的生物過(guò)程、細(xì)胞定位、調(diào)控機(jī)制等方面的信息，從而幫助研究者理解基因在生物體中的功能和相關(guān)的生理過(guò)程。

而對(duì)于基因功能的注釋?zhuān)≡葡胍獙で笠环N高效簡(jiǎn)便的方式，經(jīng)過(guò)搜查資料發(fā)現(xiàn)，有一種無(wú)需代碼的在線基因功能注釋網(wǎng)站，它就是eggnog-mapper。下面就和小云來(lái)學(xué)習(xí)一下怎么使用吧！

一、eggNOG-Mapper介紹

eggNOG-Mapper是一種常用的基因功能注釋工具，它基于eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)和OrthoDB數(shù)據(jù)庫(kù)，并利用這些數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)和比對(duì)算法來(lái)推斷基因的功能。

其中，eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)用于進(jìn)化分類(lèi)和基因功能注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)，它將已知的基因組按照進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行分類(lèi)，并給每個(gè)分類(lèi)分配一個(gè)evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups (eggNOG)編號(hào)，同時(shí)還提供了關(guān)于這些基因的功能注釋信息。

而OrthoDB數(shù)據(jù)庫(kù)則是另一個(gè)用于基因功能注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)，它主要用于識(shí)別和注釋正交基因組。

二、如何使用eggNOG-Mapper？

首先我們需要打開(kāi)eggNOG-mapper的主頁(yè)，即http://eggnog-mapper.embl.de/，如圖所示為該網(wǎng)頁(yè)的信息。

首先第一步，我們會(huì)選擇數(shù)據(jù)的類(lèi)型；在這里，小云選用的是在NCBI下載的穿心蓮的蛋白質(zhì)序列，然后放入步驟二所示的選擇文件框中；最后第三步，則是我們需要輸入接收郵件的email地址（一定要確保該郵箱能夠接受郵件哦?。?/p>

在經(jīng)過(guò)上面的步驟之后，就可以點(diǎn)擊submint按鈕進(jìn)行提交。之后我們可以打開(kāi)接受的郵件，打開(kāi)郵件之后，我們可以看到的信息如下。在這時(shí)候，我們需要點(diǎn)擊1中的Click to manage your job去進(jìn)行管理提交的任務(wù)。否則打開(kāi)2中的鏈接我們會(huì)發(fā)現(xiàn)，就會(huì)沒(méi)有基因功能注釋文件的存在。

之后，我們就可以點(diǎn)擊start job的按鈕，啟動(dòng)任務(wù)了，在這里需要等待的時(shí)間大概要十來(lái)分鐘。如何判斷是否完成工作了。這個(gè)時(shí)候，我們可以等待下一封郵件的到來(lái)。

如果已經(jīng)完成比對(duì)，并生成注釋文件，這時(shí)候會(huì)收到一封郵件，上面會(huì)注明"finished"、"with status finished"等字樣。打開(kāi)郵件。并且點(diǎn)擊上面2中的Access your job files here按鈕，可以得到out.emapper.annotations文件并下載就行了

接下來(lái)，打開(kāi)我們下載的out.emapper.annotations文件，就可以得到相應(yīng)的基因功能注釋信息了啦！

其中以下是out.emapper.annotations文件每個(gè)列的說(shuō)明：

1）query：輸入序列的名稱(chēng)。

2）seed_ortholog：匹配到的種子序列的注釋信息。

3）evalue：輸入序列與種子序列的匹配E-value閾值。

4）score：輸入序列與種子序列的匹配得分。

5）eggNOG_OGs：與輸入序列匹配的EggNOG orthologous groups（OGs）。

6）max_annot_lvl：在輸入序列的注釋中提供的最大注釋級(jí)別。

7）COG_category：Clusters of Orthologous Groups（COG）分類(lèi)。

8）Description：該序列的功能描述。

9）Preferred_name：該序列的首選或標(biāo)準(zhǔn)名稱(chēng)。

10）GOs：Gene Ontology（GO）注釋信息。

11）EC：對(duì)應(yīng)的酶學(xué)注釋號(hào)。

12）KEGG_ko：對(duì)應(yīng)的KEGG Orthology（KO）號(hào)。

13）KEGG_Pathway：KEGG通路信息。

14）KEGG_Module：KEGG模塊信息。

15）KEGG_Reaction：KEGG反應(yīng)信息。

16）KEGG_rclass：KEGG反應(yīng)分類(lèi)信息。

17）BRITE：BRITE功能層次結(jié)構(gòu)注釋。

18）KEGG_TC：KEGG傳輸物質(zhì)分類(lèi)信息。

19）CAZy：碳水化合物活性酶家族注釋信息。

20）BiGG_Reaction：輸入序列與BiGG數(shù)據(jù)庫(kù)中的反應(yīng)匹配的信息。

21）PFAMs：序列中與PFAM數(shù)據(jù)庫(kù)匹配的信息。

好啦！經(jīng)過(guò)一番學(xué)習(xí)，是不是感覺(jué)到eggNOG-Mapper的簡(jiǎn)便性了呢！真的就是零代碼就能得到基因功能注釋文件了呢！那么接下來(lái)大家也可以找到自己感興趣的蛋白等去進(jìn)行實(shí)操哦！