Bedtools是由猶他大學昆蘭實驗室開發(fā)的一個大量生物信息學數(shù)據(jù)處理腳本的集合，它簡直是基因組數(shù)據(jù)分析的瑞士軍刀，可以對bam、bed、GFF/GTF、VCF等數(shù)據(jù)進行處理，快速完成取交集、并集、補集、計數(shù)以及格式轉(zhuǎn)換等操作。那么接下來，小果將分章節(jié)為大家介紹Bedtools的用法。

那么今天跟小果來學習bedtools的格式轉(zhuǎn)換功能吧。

bedtools可以將bam文件轉(zhuǎn)成bed或者fastq文件，它們需要使用不同的命令，咱們先來學習bamtobed命令。

Bedtools?bamtobed命令用于將序列比對文件bam格式轉(zhuǎn)化為BED、BED12、BEDPE格式。

示例：

Bedtools bamtobed [OPTIONS] -I <BAM>

$ bedtools bamtobed -I reads.bam | head -3

chr7 118970079 118970129 TUPAC_0001:3:1:0:1452#0/1 37 -

chr7 118965072 118965122 TUPAC_0001:3:1:0:1452#0/2 37 +

chr11 46769934 46769984 TUPAC_0001:3:1:0:1472#0/1 37 -

使用參數(shù)：

那么接下來我們來學習bamtofastq吧。

bedtools?bamtofastq命令用于從bam文件中提取fastq文件

?

示例：

bedtools?bamtofastq?[OPTIONS] -I <BAM>?-fq?<FASTQ>

好啦，今天的教程就到這里，歡迎大家關(guān)注小云，小云將繼續(xù)為大家?guī)韇edtools各命令的使用教程