蛋白質(zhì)組學(xué)研究策略可分為發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)和靶向蛋白質(zhì)組學(xué)。發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)更關(guān)注蛋白質(zhì)篩選和動(dòng)力學(xué)，而靶向蛋白質(zhì)組學(xué)更側(cè)重于檢測(cè)目標(biāo)蛋白質(zhì)/多肽以實(shí)現(xiàn)絕對(duì)定量。

靶向蛋白質(zhì)組學(xué)分析策略

SRM/MRM通過兩階段離子選擇消除了多數(shù)干擾離子。質(zhì)譜的化學(xué)干擾降低，顯著提高了目標(biāo)檢測(cè)器的信噪比，從而實(shí)現(xiàn)了高檢測(cè)靈敏度。
PRM可以在一小時(shí)內(nèi)同時(shí)定量50種蛋白質(zhì)，而無(wú)需使用抗體。也無(wú)需選擇離子對(duì)和優(yōu)化碎片能量，即可輕松完成產(chǎn)物離子的全面掃描。PRM可以從目標(biāo)離子對(duì)碎片檢測(cè)轉(zhuǎn)換中檢所有目標(biāo)離子，從而減少工作量，并使得分辨率更高。

靶向蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用

1. 靶向蛋白質(zhì)組學(xué)用于深入分析和定量測(cè)定生物樣品中所選蛋白質(zhì)。
2. 用作單克隆抗體（mAb）劑量藥代動(dòng)力學(xué)（PK）領(lǐng)域中配體結(jié)合測(cè)定（ligand binding assay，LBA）的輔助工具。
3. 系統(tǒng)生物學(xué)和臨床蛋白質(zhì)組學(xué)研究。
4. 預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白介導(dǎo)的藥物清除，并促進(jìn)新藥研發(fā)。

發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)分析策略

SWATH-DIA適用于高通量大規(guī)模蛋白質(zhì)定量分析。MS1前體離子和MS2碎片離子的峰信息非常完整，需要進(jìn)行回顧性分析。無(wú)需分組即可輕松操作。SWATH-DIA定量肽的數(shù)量已大大增加，增加了相應(yīng)可定量蛋白質(zhì)的數(shù)量和檢測(cè)到的蛋白質(zhì)的序列覆蓋率。

在MSX-DIA中，質(zhì)量范圍分為更窄的前驅(qū)物隔離窗口，每個(gè)窗口通常約寬4 m/z，可以收集所有離子和碎片光譜，而不會(huì)丟失任何信息。數(shù)據(jù)更易于跟蹤，即使無(wú)法以當(dāng)前水平找到某些蛋白質(zhì)或化合物，也可以在后面追溯它們。

發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)的目的是收集有關(guān)生物樣品中所有蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的信息。利用樣本上獲取的信息，發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)可以在一個(gè)實(shí)驗(yàn)中鑒定出數(shù)千種蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。