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教你使用R代碼玩轉(zhuǎn)LASSO分析

2023-04-23 09:33 作者:小云愛生信  | 我要投稿

爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

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各位小伙伴大家好,小果和大家又見面了,最近呢小果get到一項(xiàng)新技能,可謂是干貨滿滿,今天小果來(lái)教小伙伴們使用R代碼進(jìn)行LASSO分析。分享內(nèi)容從LASSO簡(jiǎn)介,LASSO結(jié)果展示和LASSO分析代碼三塊展開。


#01??LASSO簡(jiǎn)介

LASSO全稱為L(zhǎng)east Absolute Shrinkage and Selection Operator,中文翻譯過(guò)來(lái)是最小絕對(duì)收縮和選擇算子,該算法一種采用了L1正則化(L1-regularization)的線性回歸方法,?這種方法使得部分學(xué)習(xí)到的特征值為0,從而達(dá)到稀疏化和特征選擇的目的。如果小伙伴們實(shí)在理解不了,可以將它理解為一種進(jìn)行變量篩選的算法,然后對(duì)篩選出的變量進(jìn)行cox回歸分析,這個(gè)就是LASSO COX分析。

#02???LASSO結(jié)果展示

說(shuō)了半天的LASSO-COX分析,它的結(jié)果到底是怎么樣,其實(shí)LASSO-COX分析產(chǎn)生兩個(gè)圖,一是LASSO系數(shù)譜(如圖1),二是LASSO交叉驗(yàn)證曲線圖(如圖2)

圖1:



圖2:

#03? ?LASSO-COX分析代碼

LASSO分析需要的文件有兩個(gè),分別是表達(dá)數(shù)據(jù)和生存數(shù)據(jù),小伙伴們可根據(jù)自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行整理,其中表達(dá)數(shù)據(jù)是這樣的:


生存數(shù)據(jù)是這樣的:


有了以上的數(shù)據(jù)之后就可以用R代碼進(jìn)行分析了,代碼如下:???


好了,以上就是小云的分享,是不是干貨滿滿呢,小伙伴快去試試吧。


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