周期性邊界條件的引入，雖然消除了邊界效應(yīng)，但同時(shí)也給模擬體系強(qiáng)加了一個(gè)實(shí)際并不存在的周期性，引起長(zhǎng)程有序。因此，欲使模擬結(jié)果與實(shí)際宏觀體系沒(méi)有顯著區(qū)別，模擬的中心元胞在各個(gè)方向上應(yīng)該有足夠的長(zhǎng)度。雖然，對(duì)Lennard-Jones粒子構(gòu)成的液體，只要中心元胞的最小邊長(zhǎng)大于6σ,周期性邊界條件的引入不會(huì)對(duì)模擬結(jié)果產(chǎn)生顯著影響。但是，如果模擬的粒子間存在以?r^-a向于0的長(zhǎng)程相互作用，且a小于模擬體系的空間維數(shù)，則粒子與其最近鄰像粒子之間的相互作用將給各向同性的模擬體系強(qiáng)加與中心元胞相同的對(duì)稱(chēng)性。

周期性邊界條件的引入，還抑制了長(zhǎng)波漲落。因此，不能在MD模擬中再現(xiàn)波長(zhǎng)大于中心元胞邊長(zhǎng)的密度漲落。特別是在氣-液平衡、臨界點(diǎn)等附近，由于存在宏觀尺度的漲落，MD方法不能模擬處于氣-液平衡、臨界點(diǎn)等附近的物質(zhì)。周期性邊界條件這種空間周期性的引入，也將引起模擬體系的虛假時(shí)間周期性，導(dǎo)致計(jì)算時(shí)間相關(guān)函數(shù)時(shí)出現(xiàn)不正常的尾巴，影響動(dòng)力學(xué)性質(zhì)的計(jì)算。

如果MD模擬體系中包含了合成高分子、生物大分子，必須保證中心元胞的尺度大于這些大分子的尺度；也要保證所模擬的大分子與其像分子之間有足夠的水分子或其他溶劑分子，否則將導(dǎo)致模擬的失敗。事實(shí)上，由于必須在中心元胞中充滿(mǎn)水分子，MD模擬生物大分子時(shí)大量的計(jì)算時(shí)間多被用于處理水分子，成為影響MD模擬生物大分子效率的一個(gè)重要原因。

總的來(lái)說(shuō)，周期性邊界條件的引入對(duì)MD模擬平衡體系，以及遠(yuǎn)離相變點(diǎn)的體系的熱力學(xué)性質(zhì)、結(jié)構(gòu)性質(zhì)的影響很小。但是，為了驗(yàn)證MD模擬結(jié)果的可靠性，必須在保持模擬體系密度不變的條件下改變模擬體系所包含的分子數(shù)目，進(jìn)行多次模擬。同時(shí)，根據(jù)計(jì)算機(jī)的運(yùn)算速度，盡可能地增大模擬體系的規(guī)模，也是一種保守卻有效的習(xí)慣。