整體背景：方舟計(jì)劃

本游戲故事發(fā)生在人類滅亡很久之后，一個(gè)裝載著15個(gè)人類基因的探測(cè)機(jī)已經(jīng)抵達(dá)了一顆適合人類居住的星球，并成功的改建了這個(gè)行星，讓其變得適合人類居住?；?5名人類基因而創(chuàng)造的新人類被置于名叫生育莢艙的培養(yǎng)皿中，為了學(xué)習(xí)人類社會(huì)的文化而被放進(jìn)5個(gè)不同時(shí)代的虛擬世界，開(kāi)始做著各種夢(mèng)。為了多樣性和豐富不同的文化，5個(gè)不同的虛擬世界設(shè)定在了5個(gè)不同的時(shí)代，這些虛擬世界被稱為扇區(qū)。15人分別根據(jù)自己的選擇住在了5個(gè)不同的扇區(qū)。扇區(qū)選擇如下：

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扇區(qū)1（2089-2105）：和泉十郎（鞍部十郎），森村千尋（冬阪五百里），沖野司

扇區(qū)2（2049-2065）：關(guān)之原瑛，鄉(xiāng)登蓮也，東云涼子

扇區(qū)3（2009-2025）：井田鐵也（網(wǎng)口愁），如月兔美，藥師寺惠

扇區(qū)4（1969-1985）：南奈精乃，緒方惗二，鷹宮由貴

扇區(qū)5（1929-1945）：比治山隆俊，三浦慶太郎，鞍部玉緒

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這個(gè)做夢(mèng)的階段將持續(xù)16年，從這些人出生到16歲為止，他們都會(huì)在這個(gè)生育莢艙里渡過(guò)，對(duì)自己所處的真實(shí)環(huán)境一無(wú)所知。而這個(gè)人類重生計(jì)劃，被叫做方舟計(jì)劃。整個(gè)過(guò)程是由探測(cè)機(jī)內(nèi)名為萬(wàn)物中樞的電腦控制完成的。這個(gè)計(jì)劃的建立是在2188年宇宙殖民站中，而15人，也全都是方舟計(jì)劃的相關(guān)人物。其中領(lǐng)導(dǎo)者為森村千尋（2188）。

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扇區(qū)有一個(gè)重置的設(shè)置，在扇區(qū)虛擬世界被嚴(yán)重的破壞時(shí)候，萬(wàn)物中樞會(huì)進(jìn)行重置，把扇區(qū)時(shí)間恢復(fù)到各自的開(kāi)始時(shí)間。這個(gè)計(jì)劃本來(lái)并沒(méi)有戴莫斯怪獸（D怪獸）部分，但是為了方便開(kāi)拓重建，抱著玩心，當(dāng)時(shí)負(fù)責(zé)搭建扇區(qū)環(huán)境的沖野司（2188）把這個(gè)程序加到了扇區(qū)之中。但是目睹了同伴內(nèi)訌，和井田背叛，東云涼子（2188）對(duì)人類感到了絕望，移用了怪獸開(kāi)拓程序，把怪獸用于攻擊所有扇區(qū)。每一次在方舟計(jì)劃進(jìn)行到尾聲的時(shí)候，扇區(qū)內(nèi)部虛擬世界都會(huì)因?yàn)楸还肢F攻擊而毀滅，萬(wàn)物中樞開(kāi)始了無(wú)限的重置，每一次重置被稱為一個(gè)周期（與游戲內(nèi)術(shù)語(yǔ)相對(duì)應(yīng)）。這就是故事的背景。而2188年所有人物幾乎都是故事背景，和游戲主線無(wú)關(guān)，當(dāng)然有例外。

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穿越周期的人們

目前來(lái)看，每一輪周期內(nèi)，15位幸存者一開(kāi)始出現(xiàn)的扇區(qū)都是固定的，而被侵略的順序也是固定的。即為扇區(qū)1->扇區(qū)2->扇區(qū)3->扇區(qū)5->扇區(qū)4。在游戲開(kāi)始之前，已經(jīng)經(jīng)歷過(guò)無(wú)數(shù)周期，但是和游戲相關(guān)的只有3個(gè)周期，分別是二周期前，一周期前和當(dāng)前的游戲周期。因?yàn)橛螒蛑?，要把自己的?shù)據(jù)傳送到萬(wàn)物中樞所在的扇區(qū)0中，就可以直接在下一次重置中保留自己的肉體和記憶，進(jìn)入新的一輪周期的扇區(qū)中。一共有3人完整的穿越了不同的周期，還有4人在穿越周期的時(shí)候肉體受損，無(wú)法完整的穿越周期，只在扇區(qū)0中保留了記憶數(shù)據(jù)。最早的穿越者來(lái)自二周期前。

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三名完整穿越周期的人如下，這些穿越者不再被認(rèn)為是15人之一，失去了啟動(dòng)機(jī)兵和召來(lái)D怪獸的能力：

和泉十郎（二周期前），即426、柴久太和小尾巴。他在二周期前和一周期前都成功的將自己的數(shù)據(jù)上傳到了扇區(qū)0，是唯一一個(gè)擁有2個(gè)周期記憶，并進(jìn)入到游戲周期的人。和泉十郎理解了整個(gè)系統(tǒng)的真相，為了能夠恢復(fù)這個(gè)崩掉的系統(tǒng)，安排了這個(gè)機(jī)兵對(duì)抗怪獸的游戲。

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森村千尋（二周期前），森村千尋在二周期前和和泉十郎一起將數(shù)據(jù)傳送到了扇區(qū)0（這個(gè)操作是沖野司（二周期前）犧牲自己完成的），保有了二周期前的記憶。但在一周期前的最終防線上，為了送走井田鐵也，最終自己沒(méi)能將數(shù)據(jù)上傳扇區(qū)0，失去了一周期記憶。但是，因?yàn)樗诙芷谇耙呀?jīng)完成了扇區(qū)0的數(shù)據(jù)上傳，在游戲周期一開(kāi)始，她依然出現(xiàn)在了傳送目的地堇橋，但她失去了一周期前的所有記憶，以為自己沒(méi)有經(jīng)歷過(guò)一周期前。當(dāng)然，這個(gè)誤會(huì)很快由隨后出現(xiàn)井田鐵也（一周期前）給解開(kāi)。所以在進(jìn)入游戲周期之后，森村千尋是有著二周期前記憶，但是沒(méi)有一周期前記憶的人。森村千尋理解了整個(gè)系統(tǒng)的大部分真相，為了想要阻止怪獸破壞城市，想要切斷和萬(wàn)物終端的聯(lián)系，這樣可以讓15個(gè)幸存者活下去，但是所有人造AI，即除了他們之外的所有人類消失。

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井田鐵也（一周期前）：在一周期前最終防線和森村千尋一起為如月兔美（一周期前），三浦慶太郎（一周期前），鞍部玉緒（一周期前），以及比治山隆?。ㄒ恢芷谇埃嗪?，在防線崩壞之后，被森村千尋用98式戰(zhàn)車完成了數(shù)據(jù)上傳，從而完整的進(jìn)入了游戲周期。在游戲周期，井田鐵也擁有一周期前的記憶，但是由于自己的目的只是復(fù)活兔美，在這一周期已經(jīng)不可能達(dá)成，所以實(shí)際上想要破壞對(duì)怪獸的防御行為，重置此游戲周期。

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不完整傳送的四人，這些人依然可以啟動(dòng)機(jī)兵：

一周期最后，如月兔美（一周期前），三浦慶太郎（一周期前），鞍部玉緒（一周期前），比治山隆俊（一周期前）在森村和井田斷后的情況下，前往了傳送門(mén)，試圖上傳數(shù)據(jù)到扇區(qū)0，得以進(jìn)入下一個(gè)周期，但其間遭遇了爆炸，四人都只有記憶上傳了扇區(qū)0，而肉體都消失了。

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這四個(gè)人在游戲周期的扇區(qū)1被井田鐵也恢復(fù)，并制作成了AI放進(jìn)了16號(hào)（如月），17號(hào)（三浦），18號(hào)（玉緒），19號(hào)（比治山）機(jī)兵中。其中南線的BJ即為17號(hào)，而虛擬偶像因幡深雪即為16號(hào)，18號(hào)玉緒也多次出現(xiàn)在劇情中，和森村井田一起行動(dòng)。19號(hào)比治山在扇區(qū)2強(qiáng)制傳送事件中徹底消滅。

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二周期前的事件

處在不同扇區(qū)的15人無(wú)法理解世界的本來(lái)構(gòu)造和真相，只能在各自的扇區(qū)獨(dú)自面對(duì)怪獸的來(lái)襲，并毀滅。在科技最發(fā)達(dá)的扇區(qū)1（2104年），盡管這是怪獸最早襲擊的扇區(qū)，但是由于科技先進(jìn)，卻撐到了扇區(qū)強(qiáng)制重置的最后一刻。在扇區(qū)1的3名15人，和泉十郎（二周期前）、森村千尋（二周期前）和沖野司（二周期前）成功的找到了地下UFO即為傳送門(mén)和萬(wàn)物終端所在地。在最后扇區(qū)強(qiáng)行重置，即地殼變化的時(shí)候，沖野司犧牲了自己傳送了和泉十郎和森村千尋的數(shù)據(jù)到扇區(qū)0，但是當(dāng)時(shí)他們?nèi)硕颊J(rèn)為只是時(shí)間機(jī)器，以為是傳送到了16年前。就這樣，和泉十郎（二周期前）和森村千尋（二周期前）帶著對(duì)世界毀滅的危機(jī)感，進(jìn)入了新的一周期前，開(kāi)始了這個(gè)幸存者自救過(guò)程。

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一周期前的事件

1.???? 和泉十郎（二周期前）和森村千尋（二周期前）以為是宇宙計(jì)劃招來(lái)了D怪獸，開(kāi)始在扇區(qū)1進(jìn)行破壞宇宙計(jì)劃的活動(dòng)，和泉十郎（二周期前）被捕，并被打上了囚犯426的標(biāo)記。

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2.???? 426和森村千尋（二周期前）在怪物襲擊開(kāi)始之后，開(kāi)始聚集起幸存者。實(shí)際上可以幸存的全都在15人中，最終他們成功的從5個(gè)扇區(qū)里，把15人中的大部分聚集到了一起。

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3.???? 426發(fā)現(xiàn)是15人體內(nèi)的納米機(jī)械招來(lái)了怪獸，開(kāi)始屠殺這些幸存者。這一過(guò)程中，他殺死了一周期前的和泉十郎（一周期前），森村千尋（一周期前），藥師寺惠（一周期前），關(guān)之原瑛（一周期前），東云涼子（一周期前），沖野司（一周期前），同時(shí)打傷了井田鐵也。這一事件之后，井田鐵也對(duì)426一直抱著極深的憎恨。

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4.???? 在最終防線上，如月兔美（一周期前），三浦慶太郎（一周期前），鞍部玉緒（一周期前），比治山隆俊（一周期前）試圖前往傳送門(mén)，上傳數(shù)據(jù)到扇區(qū)0，然后遭遇了爆炸，只有部分?jǐn)?shù)據(jù)得以上傳。

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5.???? 在最終防線上，森村千尋（二周期前）和井田鐵也為了前往傳送門(mén)的四人斷后，最終，森村千尋（二周期前）把井田鐵也送到本游戲周期。

6.????? 426也成功的完成了扇區(qū)0的數(shù)據(jù)上傳，進(jìn)入了游戲周期。

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游戲周期中的事件

來(lái)到新一周期的森村和井田開(kāi)始合作，為即將到來(lái)的怪獸戰(zhàn)爭(zhēng)作者準(zhǔn)備。他們分別將這一周期嬰兒時(shí)期的自己移到了最終戰(zhàn)的所在的扇區(qū)4，給了他們新的身份，分別是冬阪五百里和網(wǎng)口愁。森村在此之上還制造了一個(gè)自己的克隆人——小千尋——藏在了扇區(qū)5，必要的時(shí)候，將自己的記憶上傳克隆人。而井田在扇區(qū)4給自己準(zhǔn)備了一個(gè)特務(wù)長(zhǎng)官的身份。然后在科技最發(fā)達(dá)的扇區(qū)1，他們召集了還是這一周期內(nèi)的和泉十郎和沖野司，以及來(lái)自扇區(qū)2的鄉(xiāng)登蓮也，在98式戰(zhàn)車的基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)對(duì)抗怪獸用的機(jī)兵，并由沖野司最終完成了機(jī)兵。

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其中森村在注意力全部集中在了機(jī)兵上，同時(shí)在發(fā)現(xiàn)426活動(dòng)之后，將其擊殺。而井田致力于使用機(jī)械身體恢復(fù)他的戀人如月兔美（一周期前），并想把如月兔美（一周期前）的記憶植入游戲周期的如月兔美，遭到了如月兔美（一周期前）本人的嚴(yán)重反對(duì)。作為副產(chǎn)品，他成功將部分穿越的四人制作成了可以裝載在機(jī)兵上的AI。井田本人也在這個(gè)過(guò)程中，下了決定：在新的一周期，在如月兔美（一周期前）一無(wú)所知的情況下，重新把她塞到自己的肉體內(nèi)。于是他決定放棄這一周期，并開(kāi)始對(duì)機(jī)兵計(jì)劃進(jìn)行破壞。人物立繪也變成黑發(fā)眼鏡男。

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426在肉體被殺之后，變成了可以附著在各種機(jī)械人和皮下納米機(jī)械只有意識(shí)的存在，他在扇區(qū)1里，成功的奪去了屬于如月兔美（一周期前）機(jī)械人，逃離了森村和井田控制的區(qū)域。但已經(jīng)不是15人之一的他無(wú)法離開(kāi)扇區(qū)1。

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扇區(qū)1很快被放棄，森村和井田將防線轉(zhuǎn)移到了扇區(qū)2，并在扇區(qū)2最終準(zhǔn)備好了8臺(tái)機(jī)兵對(duì)抗怪物入侵。分別是4個(gè)人類駕駛員：沖野司12號(hào)機(jī)，和泉十郎13號(hào)機(jī)，東云涼子14號(hào)機(jī)，關(guān)之原瑛15號(hào)機(jī)，和4臺(tái)AI駕駛員：如月兔美（一周期前）16號(hào)機(jī)，三浦慶太郎（一周期前）17號(hào)機(jī)，鞍部玉緒（一周期前）18號(hào)機(jī)，比治山隆?。ㄒ恢芷谇埃?9號(hào)機(jī)。三個(gè)指揮分別是井田鐵也，森村千尋和鄉(xiāng)登蓮也。

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戰(zhàn)局一開(kāi)始進(jìn)行的很順利，直到后來(lái)井田在機(jī)兵中釋放了DD426病毒。因?yàn)榫锷詈?26，所以將這個(gè)病毒命名為DD426，甩鍋426，本身和426一點(diǎn)關(guān)系都沒(méi)有。由于這個(gè)病毒的緣故，機(jī)兵被污染，駕駛員開(kāi)始逐步記憶喪失，扇區(qū)2戰(zhàn)線崩壞，森村千尋為了保護(hù)駕駛員和機(jī)兵，讓機(jī)兵在戰(zhàn)場(chǎng)上進(jìn)行了強(qiáng)制傳送。他們被傳送到了不同的年代。而被DD426病毒污染的4名駕駛員，沖野司，和泉十郎，東云涼子和關(guān)之原瑛最終都失去了自己的記憶。

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12號(hào)和19號(hào)被傳送到了扇區(qū)5，比治山AI毀滅，沖野司對(duì)抗記憶喪失，給自己制造了虛擬人格，同時(shí)開(kāi)始不信任任何人，脫離了森村、井田和鄉(xiāng)登的隊(duì)伍開(kāi)始自己?jiǎn)胃伞?/p>

13號(hào)被傳送到了扇區(qū)3，在扇區(qū)3遭到入侵之后，和泉十郎依然在記憶受損的情況下堅(jiān)持使用13號(hào)機(jī)兵作戰(zhàn)，并最終徹底精神崩壞，成了廢人。

14號(hào)機(jī)兵被傳送到了扇區(qū)4，東云涼子記憶嚴(yán)重受損，但被在這里建立了特務(wù)機(jī)構(gòu)的井田救下。

15號(hào)被傳送到了扇區(qū)1，關(guān)之原瑛遭遇了出逃的426，并帶著426來(lái)到了扇區(qū)4。

16號(hào)，17號(hào)被傳送到了人造衛(wèi)星，兩臺(tái)AI均開(kāi)始自救，16號(hào)通過(guò)電視求助于網(wǎng)口愁，而17號(hào)作為BJ開(kāi)始跟著南奈津乃尋找自己的機(jī)兵。

18號(hào)不明疑似損壞，但鞍部玉緒（一周期前）的AI和森村等人成功在扇區(qū)4匯合，并依然在繼續(xù)活動(dòng)。

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游戲周期中諸人的目的

扇區(qū)2強(qiáng)制傳送事件是游戲開(kāi)始之前影響最為重大的事件，所有經(jīng)歷過(guò)事件的人物從一個(gè)整體團(tuán)結(jié)的組織開(kāi)始變得各自為戰(zhàn)。在和泉十郎在扇區(qū)3戰(zhàn)敗并精神崩壞之后，扇區(qū)1,2,3均宣告失守，所有重要人物包括已經(jīng)成為廢人的和泉十郎都轉(zhuǎn)移到了最終戰(zhàn)的扇區(qū)4，即游戲舞臺(tái)1985年。此時(shí)他們的目的與行動(dòng)如下。

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井田鐵也，由于他本人就是事故的制造者，所以他并沒(méi)有改變自己的目的，依然以破壞機(jī)兵計(jì)劃，進(jìn)入下一個(gè)周期為目的。他開(kāi)始控制特務(wù)機(jī)關(guān)，把所有機(jī)兵相關(guān)的情報(bào)和人員控制在自己手下。

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森村千尋，一開(kāi)始她還在試圖恢復(fù)機(jī)兵計(jì)劃，為此她開(kāi)始記憶移植，其中包括森村千尋（二周目前）到冬阪五百里，森村千尋（二周目前）到小千尋，井田鐵也（一周目前）到網(wǎng)口愁，

，和泉十郎（二周目前）到和泉十郎，鞍部玉緒（一周目前）到鞍部玉緒。在這個(gè)過(guò)程中，她給已經(jīng)徹底精神崩壞的和泉十郎制造了一個(gè)新的人格，鞍部十郎。唯一成功的只有她將記憶移植到小千尋的身上（但其實(shí)被森村千尋（2188年）盜用），其他的都最終放棄。在這之后，她開(kāi)始準(zhǔn)備消極的神盾計(jì)劃，這樣可以阻止機(jī)兵破壞城市，但會(huì)消滅城里除了15人之外的所有人口。鄉(xiāng)登蓮也和18號(hào)鞍部玉緒（一周期前），都是森村千尋的支持者。

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關(guān)之原瑛開(kāi)始尋找進(jìn)入扇區(qū)0的方法，認(rèn)為這一周期已經(jīng)無(wú)法獲勝，并和井田開(kāi)始合作。

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沖野司開(kāi)始尋找15人給D怪獸發(fā)信的那個(gè)人，并試圖抹消發(fā)信器或者殺死那個(gè)人。

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16號(hào)和17號(hào)均是為了重新加入戰(zhàn)局，開(kāi)始聯(lián)絡(luò)15人進(jìn)行機(jī)兵搜索登錄行動(dòng)。

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426，在被關(guān)之原代理扇區(qū)1之后，開(kāi)始重新活動(dòng)。他計(jì)劃給15人中的每一個(gè)人打上召喚D怪獸的指令，這樣雖然加強(qiáng)了D怪獸，但也可以讓機(jī)兵得以加強(qiáng)，擁有一戰(zhàn)之力，他準(zhǔn)備把所有人拖進(jìn)機(jī)兵vs怪獸的戰(zhàn)斗中，以求得最終的勝利。并由于他和藥師寺惠的約定，開(kāi)始試圖修復(fù)鞍部十郎的記憶。

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基本上故事的線索和暗線就是如此，故事如何進(jìn)行的，就請(qǐng)自己玩游戲來(lái)確認(rèn)了。