干貨|單細胞核RNA測序內(nèi)測數(shù)據(jù)大放送
單細胞核RNA測序(snRNA-seq)的優(yōu)勢
1)冷凍組織可以用于直接抽提細胞核,為臨床回顧性研究中單細胞測序的開展提供了解決方案。2)有些組織通過酶解消化很難拿到高質(zhì)量的細胞懸液,通過抽提細胞核,避開酶解消化,是一個更好的選擇。3)適用于對解離酶敏感(如神經(jīng)元、肝實質(zhì)細胞)、直徑較大、形狀不規(guī)則(如心肌細胞)等特殊細胞類型。4)直接從組織抽提細胞核,不需要酶解消化及恒溫孵育,避免了組織解離過程中誘導應激基因的表達。
伯豪生物豐富的單細胞核抽提經(jīng)驗
利用自主研發(fā)的“伯優(yōu)細胞核分離試劑盒”已經(jīng)完成大腦皮層、下丘腦、海馬、延髓、松果體、肝臟、心臟、膠質(zhì)瘤、骨、乳腺和胰腺等20多種組織的抽核制備及上機測序。
伯豪生物snRNA-seq內(nèi)測數(shù)據(jù)展示
1)腦組織
?腦組織snRNA-seq各種細胞類型比例:神經(jīng)元(Neurons)73.0%;星形膠質(zhì)細胞(Astrocytes)9.4%;少突膠質(zhì)細胞(Oligodendrocytes)9.2%;內(nèi)皮細胞(Endothelial cells)6.7%;小膠質(zhì)細胞(Microglial cells)1.4%及嗅鞘膠質(zhì)細胞(Olfactory ensheathing glia)0.4%。
2)心臟組織

心臟組織snRNA-seq各種細胞類型比例:心肌細胞(Cardiomyocytes)38.8%;內(nèi)皮細胞(Endothelial cells)30.3%;成纖維細胞(Fibroblasts)16.6;神經(jīng)元細胞(Neuronal cells)6.3%;巨噬細胞(Macrophages)6.0%;Monoblasts 0.8%;間皮細胞(Mesothelial cells)0.6%;T和B細胞分別占0.4%;中性粒細胞(Neutrophil cells)0.4%;脂肪細胞(Adipocytes)0.2%及髓細胞(Myeloid cells)0.1%。3)肝臟組織

?肝臟組織snRNA-seq各種細胞類型比例:肝細胞(Hepatocytes)56.0%;內(nèi)皮細胞(Endothelial cells)10.9%;膽管細胞(Cholangiocytes)9.4%;成纖維細胞(Fibroblasts)9.2%;星狀細胞(Stellate cells)8.7%;T細胞4.7%及B細胞1.1%。