大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第33期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)11篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、動(dòng)脈瘤和夾層中平滑肌細(xì)胞表型改變的表觀遺傳誘導(dǎo)機(jī)制

Epigenetic induction of smooth muscle cell phenotypic alterations in aortic aneurysms and dissections

Circulation; IF: 37.800; DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.123.063332

內(nèi)容概要：通過(guò)scRNA-seq和轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)的單細(xì)胞測(cè)序分析，揭示了血管平滑肌細(xì)胞（smooth muscle cell，SMC）表型轉(zhuǎn)化的動(dòng)態(tài)表觀遺傳誘導(dǎo)機(jī)制。研究發(fā)現(xiàn)，血管應(yīng)激誘導(dǎo)SMC從原始收縮表型轉(zhuǎn)化為增殖、細(xì)胞外基質(zhì)產(chǎn)生和炎癥表型。干擾素調(diào)節(jié)因子3（interferon regulatory factor 3，IRF3）是SMC從收縮表型向炎癥表型轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)因子。此外，DNA損傷和胞質(zhì)滲漏也驅(qū)動(dòng)SMC從收縮表型向炎癥表型轉(zhuǎn)化。

2、單細(xì)胞分析揭示完全損傷的恒河猴脊髓存在區(qū)域異質(zhì)性反應(yīng)

Single-cell analysis reveals region-heterogeneous responses in rhesus monkey spinal cord with complete injury

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40513-5

內(nèi)容概要：使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)研究完全胸部脊髓損傷的雌性恒河猴在急性到慢性階段下不同區(qū)域的細(xì)胞動(dòng)態(tài)響應(yīng)和異質(zhì)性，發(fā)現(xiàn)遠(yuǎn)端腰部組織細(xì)胞受到嚴(yán)重影響，導(dǎo)致疾病相關(guān)小膠質(zhì)細(xì)胞和寡突膠質(zhì)細(xì)胞激活，同時(shí)增加了抑制性間神經(jīng)元的比例。通過(guò)在損傷部位植入支架，可以經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞和成纖維細(xì)胞調(diào)節(jié)改善損傷微環(huán)境，同時(shí)可以通過(guò)減少抑制性神經(jīng)元比例和改善吞噬作用和髓鞘化來(lái)重塑腰部組織。

3、LAST-seq：一種無(wú)需逆轉(zhuǎn)錄和二次鏈合的單鏈RNA直接擴(kuò)增的scRNA-seq方法

LAST-seq: single-cell RNA sequencing by direct amplification of single-stranded RNA without prior reverse transcription and second-strand synthesis

Genome Biology; IF: 12.300; DOI: 10.1186/s13059-023-03025-5

內(nèi)容概要：介紹了一種新的scRNA-seq方法—線(xiàn)性擴(kuò)增單鏈RNA衍生的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（linearly amplified single-stranded-RNA-derived transcriptome sequencing，LAST-seq)，該方法不需要進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄和第二鏈合成，直接擴(kuò)增原始的單鏈RNA分子。LAST-seq具有較高的單分子捕獲效率和較低的技術(shù)噪音，可用于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析。

4、DNA甲基化相關(guān)等位基因失活調(diào)節(jié)胰腺發(fā)育和癌變過(guò)程中的角蛋白19基因表達(dá)

DNA methylation-associated allelic inactivation regulates Keratin 19 gene expression during pancreatic development and carcinogenesis

Journal of Pathology; IF: 9.883; DOI: 10.1002/path.6156

內(nèi)容概要：通過(guò)人類(lèi)多能干細(xì)胞（pluripotent stem cell，PSC）-基于KRT19-mCherry的報(bào)告系統(tǒng)，監(jiān)測(cè)角蛋白19（Keratin 19，KRT19）內(nèi)源性基因位點(diǎn)的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)在胰腺內(nèi)胚層（pancreatic endoderm，PE）和胰腺祖細(xì)胞（pancreatic progenitor，PP）階段，KRT19/mCherry表達(dá)呈現(xiàn)出均一性，但在導(dǎo)管成熟后，mCherry陽(yáng)性率降至50％，表明從雙等位基因表達(dá)轉(zhuǎn)變?yōu)閱蔚任换虮磉_(dá)。DNA甲基化分析表明，在導(dǎo)管成熟過(guò)程中，KRT19位點(diǎn)發(fā)生了特定的DNA甲基化模式。在胰腺導(dǎo)管癌（pancreatic ductal adenocarcinoma，PDAC）人群中，高KRT19水平與低位點(diǎn)甲基化和生存率下降相關(guān)。

5、CD8+組織駐留性記憶T細(xì)胞通過(guò)細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)誘導(dǎo)口腔扁平苔蘚潰瘍

CD8+?tissue-resident memory T cells induce oral lichen planus erosion via cytokine network

eLife; IF: 8.713; DOI: 10.7554/eLife.83981

內(nèi)容概要：通過(guò)scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法，揭示了CD8+組織駐留性記憶T細(xì)胞（CD8+?tissue-resident memory T?，CD8+?Trm）在口腔扁平苔蘚（oral lichen planus，OLP）病理過(guò)程中的作用。研究發(fā)現(xiàn)，CD8+?Trm細(xì)胞主要位于基底膜附近的基質(zhì)層，且在糜爛性口腔扁平苔蘚（erosive oral lichen planus，EOLP）患者中顯著增加。這些細(xì)胞在EOLP患者中表現(xiàn)出增強(qiáng)的細(xì)胞因子產(chǎn)生，包括IFN-γ、TNF-α和IL17。

6、跨物種轉(zhuǎn)錄組學(xué)揭示動(dòng)脈-造血轉(zhuǎn)化的分叉點(diǎn)

Cross-species transcriptomics reveals bifurcation point during the arterial-to-hemogenic transition

Communications Biology; IF: 5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05190-6

內(nèi)容概要：介紹了一種跨物種轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法HomologySeeker，利用小鼠信息探索人類(lèi)內(nèi)皮-造血轉(zhuǎn)化（endothelial-to-hematopoietic transition，EHT）。通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，發(fā)現(xiàn)人類(lèi)和小鼠之間存在平行的發(fā)育關(guān)系，但在造血內(nèi)皮（hemogenic endothelium，HE）前階段存在一個(gè)分叉點(diǎn)，決定細(xì)胞向HE或晚期動(dòng)脈內(nèi)皮細(xì)胞（arterial endothelial cells，AECs）發(fā)展。

7、小鼠囊胚細(xì)胞的空間定位在8-16細(xì)胞轉(zhuǎn)換期受mTORC1和m7G-cap依賴(lài)性翻譯的調(diào)節(jié)

Spatial positioning of preimplantation mouse embryo cells is regulated by mTORC1 and m7G-cap-dependent translation at the 8- to 16-cell transition

Open Biology; IF: 5.800; DOI: 10.1098/rsob.230081

內(nèi)容概要：通過(guò)分析小鼠早期胚胎細(xì)胞的空間定位，發(fā)現(xiàn)在8-16細(xì)胞轉(zhuǎn)換期，mTORC1和m7G-cap依賴(lài)性翻譯調(diào)節(jié)了胚胎細(xì)胞的空間定位。研究表明，早期胚胎細(xì)胞的空間分離是通過(guò)調(diào)節(jié)哺乳動(dòng)物雷帕霉素靶蛋白（mammalian target of Rapamycin，mTOR）的活化來(lái)實(shí)現(xiàn)的，而mTOR的活化與5' UTR末端寡嘧啶（terminal oligopyrimidine，TOP-）序列的mRNA翻譯有關(guān)。此外，通過(guò)抑制mTOR可以在早期胚胎中減少內(nèi)細(xì)胞團(tuán)（inner-cell-mass，ICM）細(xì)胞數(shù)量，并在晚期胚胎階段通過(guò)補(bǔ)償機(jī)制來(lái)彌補(bǔ)這種缺陷。

8、高脂飲食喂養(yǎng)的小鼠的疾病相關(guān)星形膠質(zhì)細(xì)胞和微膠質(zhì)細(xì)胞標(biāo)記物上調(diào)

Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-39890-0

內(nèi)容概要：通過(guò)scRNA-seq和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析，發(fā)現(xiàn)C4b是星形膠質(zhì)細(xì)胞的特異性表達(dá)，且與GABA能神經(jīng)元存在相關(guān)性。這些發(fā)現(xiàn)為肥胖、糖尿病和阿爾茨海默癥（Alzheimer’s disease，AD）的發(fā)病機(jī)制提供了新的聯(lián)系，并將C4b作為肥胖或糖尿病個(gè)體中AD的潛在早期標(biāo)志物。

9、多種方法的綜合分析揭示髓母細(xì)胞瘤的免疫微環(huán)境特征

Integrated analysis of multiple methods reveals characteristics of the immune microenvironment in medulloblastoma

Brain Tumor Pathology; IF: 3.300; DOI: 10.1007/s10014-023-00467-4

內(nèi)容概要：通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)（flow cytometry，F(xiàn)CM）和免疫組織化學(xué)（immunohistochemical，IHC）分析發(fā)現(xiàn)，髓母細(xì)胞瘤（medulloblastoma，MB）和其他腦腫瘤之間的淋巴細(xì)胞（lymphocytes，LC）和T細(xì)胞比例顯著不同。bulk RNA表達(dá)數(shù)據(jù)的反卷積顯示，只有MCPCOUNTER中的細(xì)胞類(lèi)型比例發(fā)生了很大變化。scRNA-seq發(fā)現(xiàn)，MB的不同亞型的免疫微環(huán)境中各種免疫細(xì)胞的比例不同。

10、人類(lèi)生精功能障礙中的新型焦亡相關(guān)基因特征發(fā)現(xiàn)

Identification of a novel pyroptosis-related gene signature in human spermatogenic dysfunction

Journal of Assisted Reproduction and Genetics; IF: 3.100; DOI: 10.1007/s10815-023-02892-y

內(nèi)容概要：通過(guò)對(duì)一個(gè)發(fā)現(xiàn)集和三個(gè)驗(yàn)證集的研究，發(fā)現(xiàn)CASP4和GPX4是兩個(gè)關(guān)鍵的細(xì)胞焦亡相關(guān)基因（pyroptosis-related genes，PRGs），它們?cè)诰由烧系K樣本中顯著失調(diào)，但趨勢(shì)相反。這兩個(gè)基因可能是精子獲取手術(shù)的預(yù)測(cè)指標(biāo)，并且在睪丸免疫微環(huán)境中是潛在的免疫調(diào)節(jié)劑。在scRNA-seq分析中，GPX4在生殖細(xì)胞中高表達(dá)，而CASP4基本上來(lái)源于體細(xì)胞，患病睪丸中CASP4陽(yáng)性的Leydig細(xì)胞比例顯著增加。

11、基于鐵蛋白噬菌體相關(guān)基因的肝細(xì)胞癌相關(guān)亞型的鑒定和預(yù)后模型的開(kāi)發(fā)

Identification of hepatocellular carcinoma-related subtypes and development of a prognostic model: a study based on ferritinophagy-related genes

Discover Oncology; IF: 2.200; DOI: 10.1007/s12672-023-00756-6

內(nèi)容概要：利用scRNA-seq技術(shù)和癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)，發(fā)現(xiàn)鐵蛋白自噬相關(guān)基因（ferritinophagy-related genes，F(xiàn)RGs）與肝細(xì)胞癌（liver hepatocellular carcinoma， LIHC）免疫細(xì)胞、腫瘤微環(huán)境、免疫檢查點(diǎn)、藥物敏感性和腫瘤突變負(fù)荷等因素密切相關(guān)。通過(guò)構(gòu)建基于FRGs的風(fēng)險(xiǎn)模型，可以更好地預(yù)測(cè)LIHC患者的預(yù)后，并為L(zhǎng)IHC的個(gè)體化治療提供新思路。