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2023年9門科研統(tǒng)計(jì)課程預(yù)售：多次直播，課題報(bào)銷可先開發(fā)票

繪制動(dòng)態(tài)列線圖常見的包有DynNom包，這個(gè)包用的很多，今天來學(xué)習(xí)另外一個(gè)繪制動(dòng)態(tài)列線圖的R包——shinyPredict包。

上面這個(gè)圖就是使用shinyPredict包繪制的動(dòng)態(tài)列線圖。

就個(gè)人而言，我感覺這個(gè)包比DynNom包好用，功能也更強(qiáng)大一些，學(xué)習(xí)也不復(fù)雜。

下面來學(xué)習(xí)下這個(gè)R包。

1. 安裝和加載R包

安裝可以直接從CRAN上安裝。

install.packages("shinyPredict")??#?安裝包
library(shinyPredict)?#?加載包


2. 加載數(shù)據(jù)集

使用survival包的lung數(shù)據(jù)集進(jìn)行演示。

library(survival)?#?加載包
data(lung)?#?加載數(shù)據(jù)集
View(lung)?#?預(yù)覽數(shù)據(jù)集


這個(gè)數(shù)據(jù)集里面的變量比較簡(jiǎn)單。

在創(chuàng)建列線圖前將lung數(shù)據(jù)集中需要用到的分類變量轉(zhuǎn)化為因子。

lung$sex?<-?factor(lung$sex)?#?將性別轉(zhuǎn)換為因子
lung$ph.ecog?<-?factor(lung$ph.ecog)?#?將ph.ecog變量轉(zhuǎn)換為因子


3. 擬合模型

這里擬合三個(gè)生存模型用來繪制列線圖。

tmp.m3?<-?coxph(Surv(time?,?status?)?~?sex?+?age,
????????????????data=lung,?
????????????????model?=?FALSE,?y=FALSE)

tmp.m4?<-?coxph(Surv(time?,?status?)?~?sex?+?age?+?ph.ecog,
????????????????data?=?lung,
????????????????model?=?FALSE,?y=FALSE)

tmp.m5?<-?coxph(Surv(time?,?status?)?~?sex?+?age?+?ph.ecog?+?ph.karno,
????????????????data=lung,?
????????????????model?=?FALSE,?y=FALSE)


如上圖所示，我們擬合了三個(gè)Cox回歸模型，每個(gè)模型中納入的變量不同。

4. 創(chuàng)建動(dòng)態(tài)列線圖

下面來創(chuàng)建動(dòng)態(tài)列線圖。

shinyPredict(models=list("Model?1"=?tmp.m3),?
?????????????data=lung[,?c("time","status","sex","age")],?#?創(chuàng)建動(dòng)態(tài)列線圖的數(shù)據(jù)
?????????????path?=?"C:\\Rdata\\shiny",?#?動(dòng)態(tài)列線圖shiny?app文件存放位置
?????????????title="Predicting?lung?cancer?mortality")?#?列線圖的名稱


運(yùn)行上述代碼后，會(huì)在C:\Rdata\shiny文件路徑生成三個(gè)文件。

我們使用RStudio打開app.R文件。

如上圖所示，點(diǎn)擊Run App會(huì)生成一個(gè)shiny app。

詳情請(qǐng)點(diǎn)擊下方：

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwOTYyMDY3OQ==&mid=2650404408&idx=3&sn=c35b473c9d723bed4ec3837a8ed177f7&chksm=83518b90b42602868362dc2ff07d90660960252f0bf7fbf8147cb55b33cb0ecde2c906ead14f&token=9721572&lang=zh_CN#rd

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2023年鄭老師多門科研統(tǒng)計(jì)課程：多次直播，含孟德爾隨機(jī)化方法

2023年統(tǒng)計(jì)服務(wù)?

2023年，我們將開展從科研設(shè)計(jì)、數(shù)據(jù)分析、統(tǒng)計(jì)學(xué)報(bào)告等醫(yī)學(xué)科研研究方法咨詢與服務(wù)多項(xiàng)服務(wù)，若您有課題經(jīng)費(fèi)可以支持，歡迎您提前和我們聯(lián)系，2022底前采用預(yù)付方式與我們開展合作。?

2023年統(tǒng)計(jì)服務(wù)開啟！歡迎提前洽談數(shù)據(jù)分析、科研合作服務(wù)??