天空裂開時，小智和真司同時看向天空，在場的其他人也紛紛看向裂開的天空，“那是什么？”“難道又有究極異獸大規(guī)模入侵？”就在大家猜測原因天空裂縫產(chǎn)生的原因時候，裂縫變得越來越多，最終破碎，產(chǎn)生巨大的空洞，一大群像蝙蝠一樣的不明生物飛了出來，這種生物頭部方正，眼冒綠光，翅膀破爛叫聲瘆人，完完全全不是這個世界該有的生物。

小智：“那個到底……”

真司：“你也感受到了吧，和這個世界的神奇寶貝，以及紙御劍，四顎針龍它們身上，完全不同的氣息。”

小智：“一種既不是光，也不是暗的能量。”

這時米瑞斯和伊蘭迪的聲音在小智和真司的腦海中想起，“它們不是你們所認(rèn)知的究極異獸，它們來自混沌緯度的生物——混沌蝙蝠，我們必須馬上去消滅掉，不然這個世界就會被變成混沌，最終消逝?！?/p>

“啊——”這時小光莎莉娜莉莉艾的尖叫聲傳入小智耳朵里，他看見三只混沌蝙蝠正要傷害她們，于是立馬沖了過去，另一邊芽衣也遭遇攻擊，真司也毫不猶豫沖過去保護芽衣。

小智凝聚光能量變出一把光劍，將威脅三女的三只混沌蝙蝠全部砍成兩半，最后這些被砍成兩半的混沌蝙蝠落在地上瞬間消失的無影無蹤，“小智！”三女見小智來救自己，高興的撲進小智懷里，小智本想安慰一下自己的三個女朋友，但他又看見自己的媽媽也有危險，立馬去救媽媽了。

另一邊，真司拿著獎杯，抱住芽衣，脫離混沌蝙蝠的攻擊，隨后打出一發(fā)黑暗射線打爆這只混沌蝙蝠，“芽衣，你沒事吧？”芽衣?lián)u了搖頭表示沒事，真司將自己的獎杯交給芽衣，“幫我保管好?！闭f完，真司便打開進入黑暗空間的傳送門，“好好待在里面?！薄罢嫠荆　薄澳愕陌踩?，才是我最在意?！彪S后真司控制傳送門移動，將芽衣送進黑暗空間，將其關(guān)閉。

另一邊，小智也將小光莎莉娜莉莉艾，自己的媽媽，還有其他伙伴們送進光輝領(lǐng)域，只有艾莉絲和小茂在小智關(guān)閉人口前，跳了出來，他們兩個強烈要求留下來幫忙。

隨后，小智和真司匯合，兩人一起打開了一個傳送門，讓其他躲了進去。

現(xiàn)在其他人都躲進安全的光輝領(lǐng)域或黑暗空間，外面只留下小智，真司，小茂，艾莉絲，竹蘭，卡露乃，庫庫伊博士，格拉吉歐，四位島嶼之王(女王)(這些人都是主動留下來幫忙的，本來還有一些人的，但他們沒有在入口關(guān)閉前出來)。他們派出來各自的最強神奇寶貝，其中小茂，竹蘭，卡露乃都使出超進化，而這時，阿羅拉的四位島嶼守護者也來了。

米瑞斯告訴小智，已經(jīng)有一部分要逃出這座島了，于是小智做出安排，而且是以阿羅拉冠軍的身份：“我和真司去外圍，防止這群蝙蝠逃出這里，并縮小范圍，麻煩你們清理一下內(nèi)部?！彪m說剩下的人有三位地區(qū)的冠軍，但這里是阿羅拉，是小智的主場，就聽從小智的安排。小智，真司分別飛向兩邊，開始消滅那些飛遠(yuǎn)的蝙蝠，四位島嶼守護者盡自己的力量展開護盾，阻止這群蝙蝠跑的更遠(yuǎn)，而剩下的幾位則是奮力消滅這群蝙蝠，當(dāng)然這些蝙蝠不會任其宰割，用自己光線反擊，甚至爬到這些神奇寶貝身上啃咬。

可這些蝙蝠實在是太多了，雖然消滅大部分的蝙蝠，但還是有許多蝙蝠從空洞中飛了出來，這些蝙蝠射出的光線，可以說把大會會場弄得千瘡百孔，這種情況眾人漸漸疲憊，四位守護者展開的護盾也變得若隱若現(xiàn)。接下來，更加危險的事情發(fā)生——兩只更大的混沌生物出現(xiàn)了，它們?nèi)砥岷?，骷髏般的軀干上頂著方形，左右手也長著較小的方腦袋體型，比那些蝙蝠大數(shù)十倍。

小茂：“那是什么？”

那兩只怪物朝眾人打出各一發(fā)黑色炮彈，小智/真司：“米瑞斯/伊蘭迪使用光芒護盾/幽暗之盾。”米瑞斯和伊蘭迪展開護盾抵擋這發(fā)攻擊，但是很遺憾，即使是雙重護盾的抵擋也沒能攔住，黑色炮彈沖破護盾，打中地面，擴散開來，將在這里抵抗的所有人都吞噬掉了，最終，所有人都在這個黑洞中消失的無影無蹤。

就這樣，全劇……(才怪)

這時那位藍(lán)發(fā)少年沖了過來，并改變自己的形態(tài)

“時光倒流?！痹谒{(lán)發(fā)少年招式下，一切都回到怪物打出炮彈的那一刻，而被炮彈展開的黑洞吞噬的眾人也得救了。最后少年直接一招連踢踢到怪物，使其的炮彈打向天空。最后少年落回地面，攤坐在地上氣喘吁吁。

眾人上前，小智：“你是什么人?！?/p>

少年看了看小智，又看了看真司以及米瑞斯和格萊奧，說到：“就是你們嗎？我叫諾亞，詳細(xì)事情等下再說?！敝Z亞從手中變出一金一紫的兩顆珠子，“拿著這個，去對付混沌水母?！敝Z亞將兩顆珠子交給米瑞斯和伊蘭迪，米瑞斯和伊蘭迪進化成超級米瑞斯和超級伊蘭迪，手中還多了一把劍/刀。

“接下來，我去堵住那個口子。你們對付那兩只水母，其他人，繼續(xù)消滅那群蝙蝠?！卑才磐旰?，諾亞便飛向空洞，小智和真司去對付兩只混沌水母，竹蘭卡露乃等人則繼續(xù)消滅蝙蝠。

完成超進化并得到武器的米瑞斯和格萊奧，對付起這兩只水母來簡直得心應(yīng)手，他們靈活的躲避所有攻擊，劍砍的劍劍到肉。

諾亞修復(fù)了空洞，并幫助其他人也消滅剩下蝙蝠，最后諾亞用心靈感應(yīng)告訴他們兩使用Z招式。小智真司在聽到心靈感應(yīng)的聲音后，擺出了使用Z招式的姿勢，“神光必殺/魔影絕殺?！泵兹鹚购鸵撂m迪將劍放平并灌入強大的能量，最后一擊刺中混沌水母，接下來是經(jīng)費燃燒——星光劍和幽冥刀分別刺中一只混沌水母，只見一只金色的鳳凰和一只紫色的飛龍，從刺中的傷口處飛出，先是圍繞兩只混沌水母螺旋升高，伴隨一聲鳥鳴和龍吟，鳳凰和飛龍口含對應(yīng)顏色光球攻擊，兩只混沌水母被徹底消滅，危機就此解除。

在消滅入侵的混沌生物后，所有人都松了口氣，小智和真司回到竹蘭他們面前，諾亞則飛到眾人后面，眾人都上前著急詢問他們的情況，小智真司表示自己沒事。米瑞斯和格萊奧變回了原來的模樣，而他們手里的武器飛向天空，另外還憑空出現(xiàn)了一張弓和一架弩。

眾人看著眼前的這一幕發(fā)呆，這時小智和進化鑰石所有Z純晶，連同極巨腕帶一起飛上了天空，小智的圍著金劍和弓轉(zhuǎn)圈；真司的圍紫劍和弩轉(zhuǎn)圈。最終合成兩個分別鑲嵌特殊金色和紫色寶石的手套，一左一右，鑲嵌金色寶石的手套自動帶在了小智的左手，鑲嵌紫色寶石的手套自動帶在真司的右手上。

小茂：“剛剛是，發(fā)生什么事了？”

竹蘭拿起小智真司的手，看了看手套，說到：“這個問題，我想得問問那位藍(lán)發(fā)少年?！北娙送瑫r看向后面，但是諾亞不見了，當(dāng)他們看向周圍時，整個運動場恢復(fù)到混沌生物闖入之前的樣子，像是那群不明生物從沒來過一樣……

危機解除了，小智真司收回光輝領(lǐng)域和幽暗空間，躲在里面的人都出來了。

“小智。”*3小光莎莉娜莉莉艾三人一出來就看見小智，立馬上前到處檢查小智的身體，一直問“你有沒有哪里受傷”小智笑著說：“放心吧，我沒事?！绷硪贿呇恳乱矒?dān)心著真司，真司則表示：“用不著怎么操心，我又不是小孩子。”芽衣什么也沒說，只是用力的抱住真司，流著淚說：“沒事就好。”其他人什么都不知道，只知道，肯定是留在外面的人消滅那群怪物，紛紛表示感謝。