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項目文章 Cell子刊(IF 14.3)| 分子細胞卓越中心高棟及合作團隊利用代謝分型發(fā)現(xiàn)化療

2023-11-15 10:33 作者:中科新生命  | 我要投稿


胰腺導管腺癌(PDAC)是最致命的惡性腫瘤之一,5年生存率為11%。近期研究發(fā)現(xiàn)代謝重編程被認為是一種新的化療耐藥機制,但胰腺導管腺癌(PADCs)的代謝特征仍不清楚。

2023年8月,中國科學院分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心高棟、陳洛南、楊巍維、海軍軍醫(yī)大學金鋼及中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所尹慧勇教授共同署名在Cell Reports Medicine上發(fā)表題為“Metabolic classification suggests the GLUT1/ALDOB/G6PD axis as a therapeutic target in chemotherapy-resistant pancreatic cancer”的研究文章,該研究基于代謝組數(shù)據(jù)對PDAC類器官進行了新的分型,分為glucomet-PDAC(高糖代謝水平)和lipomet-PDAC(高脂代謝水平),發(fā)現(xiàn)glucomet-PDACs比lipomet-PDACs對化療的抵抗力更強,且患者的預后更差,確定了GLUT1/醛縮酶B(ALDOB)/葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)軸通過重塑葡萄糖代謝誘導化療耐藥性。中科新生命參與了該研究中能量代謝檢測的技術支持工作。



?研究材料

人 PDAC類器官



?技術路線

步驟1:胰腺導管腺癌類器官的深部代謝景觀

步驟2:鑒別具有預后意義和治療意義的代謝亞型

步驟3:化療耐藥glucomet-PDAC依賴于GLUT1/ALDOB/G6PD軸

步驟4:GLUT1/ALDOB/G6PD軸是化療耐藥glucomet-PDAC的潛在靶點



?主要結(jié)果

1. PDAC的代謝譜分析以及基于代謝組的分子分型

基于代謝組學表征28例患者來源的PDAC類器官的代謝譜,發(fā)現(xiàn),這些差異代謝物被聚類為兩種最佳代謝亞型。ssGSEA分析發(fā)現(xiàn)Class2類器官的特征是碳水化合物代謝、能量代謝和核苷酸代謝顯著富集,表明葡萄糖代謝增加;然后使用[U-13C6]葡萄糖標記發(fā)現(xiàn)Class2糖酵解和三羧酸(TCA)循環(huán)的代謝通量顯著增加;此外,氧化戊糖磷酸途徑(PPP)代謝物G6P、6PG和R5P在Class2類器官中高度富集,而非氧化PPP代謝物S7P和E4P則不富集,表明在Class2類器官中存在葡萄糖代謝重編程。由此,將Class2類器官命名glucomet-PDAC(高糖代謝)

Class1的特點是脂質(zhì)代謝相對豐富,然后通過三種方式驗證了Class1的脂質(zhì)代謝依賴性,首先,基于脂質(zhì)組學發(fā)現(xiàn)所有顯著差異的脂質(zhì)都在第Class1中富集;其次,Class1的耗氧率高于glucomet-PDAC;且Class1對脂肪酸合酶抑制劑和氧化磷酸化抑制劑更為敏感。因此,Class1類器官被稱為lipomet-PDAC(高脂代謝)

除此之外,作者還系統(tǒng)的分析了PDAC的基因組和轉(zhuǎn)錄組譜,來確定PDAC代謝重編程的分子機制。結(jié)果發(fā)現(xiàn),glucomet-PDAC和lipomet-PDAC具有相似的基因突變譜。并根據(jù)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)lipomet-PDAC中相應的脂質(zhì)代謝和聚糖生物合成相關基因的表達增加,glucomet-PDAC中與糖代謝相關的基因(缺氧誘導因子-1 [HIF-1]信號通路和癌癥中樞碳代謝)的表達增加,結(jié)果與代謝物水平的差異一致。

綜上,代謝組和轉(zhuǎn)錄組將PDAC分為glucomet-PDAC和lipomet-PDAC兩個亞型!

圖1 代謝物分析將PDAC分為兩個亞型



2. 判斷兩種亞型的預后和化療耐藥的異質(zhì)性

作者進一步分析代謝亞型的預后意義和治療意義。將代謝亞型與臨床結(jié)果關聯(lián),根據(jù)代謝特征基因的表達將Bailey PDAC隊列(n = 55例)和TCGA PDAC隊列(n = 156例)分為兩個亞型。在這兩個隊列中,glucomet-PDAC患者的總生存率明顯低于lipomet-PDAC。然后使用吉西他濱(GEM)、5-氟尿嘧啶(5-FU)、伊立替康(IRI)和奧沙利鉑(OXA)(四種通過抑制DNA合成起作用的化療藥物)進一步評估兩種亞型的化療敏感性,結(jié)果顯示,glucomet-PDAC通常比lipomet-PDAC類器官的耐藥性更強。

表明,glucomet-PDAC具有化療耐藥性,且與較差的預后相關!

圖2 glucomet-PDAC與不良預后和化療耐藥相關



3. 預后標志物確認

代謝組和轉(zhuǎn)錄組結(jié)果提示了PDAC的葡萄糖重編程,結(jié)果發(fā)現(xiàn)糖酵解代謝基因、葡萄糖轉(zhuǎn)運體GLUT1(也稱為SLC2A1)的表達在glucomet-PDAC中上調(diào)。GLUT1敲低顯著降低[U-13C6]葡萄糖在糖酵解和TCA循環(huán)中的摻入,GLUT1敲低的類器官顯示出細胞外酸化率(ECAR)的降低。

有趣的是lipomet-PDAC中糖酵解代謝酶ALDOB的表達升高,能量代謝檢測揭示,糖酵解途徑中的四種代謝物在glucomet-PDAC中明顯高于lipomet-PDAC。ALDOB過表達顯著降低了[U-13C6]葡萄糖在糖酵解和TCA循環(huán)中的摻入,也導致glucomet-PDAC類器官的基礎糖酵解和代償性糖酵解顯著降低。

圖3 GLUT1和ALDOB驅(qū)動glucomet-PDAC中葡萄糖代謝重編程


glucomet-PDAC中氧化PPP代謝物水平和G6PD酶活性升高;ALDOB過表達顯著抑制G6PD酶活性,降低PPP氧化代謝物水平;此外,在ALDOB過表達條件下,GLUT1敲低進一步抑制磷酸戊糖氧化途徑途徑;采用免疫沉淀分析法,進一步確定了ALDOB是通過直接與G6PD作用從而抑制其活性。

進一步對156名來自TCGA的更大隊列患者進行結(jié)果驗證,GSEA分析發(fā)現(xiàn)低GLUT1高ALDOB (GLUT1low/ALDOB high)組脂肪酸代謝途徑基因顯著富集,PPP代謝和糖酵解途徑基因則相反。對具有完整臨床數(shù)據(jù)的患者樣本(n = 283)進行了組織微陣列(TMA)分析,以評估GLUT1/ALDOB蛋白表達與臨床結(jié)果之間的關系,Kaplan-Meier分析發(fā)現(xiàn)GLUT1high/ALDOBlow患者總生存期最差,而GLUT1low/ALDOBlow蛋白表達的患者總生存期最佳。這些結(jié)果表明glucomet-PDAC (GLUT1high/ALDOBlow)患者預后較差。

綜上,GLUT1/ALDOB/ G6PD軸在調(diào)節(jié)代謝重編程中發(fā)揮重要作用,從而促進葡萄糖進入glucomet-PDAC中的糖酵解、TCA循環(huán)和磷酸戊糖氧化途徑等通路。

圖4 GLUT1/ALDOB/G6PD軸驅(qū)動glucomet-PDAC中的葡萄糖代謝重編程



4. 藥靶發(fā)現(xiàn)與干預

糖酵解和磷酸戊糖途徑通量的增加導致核苷生物合成的增加,包括嘧啶和嘌呤核苷的合成,它們是重要的耐藥誘導劑。glucomet-PDAC檢測到核苷和核苷衍生物水平升高,并與GLUT1高表達和ALDOB低表達相關;外源性添加嘧啶核苷,會誘導lipomet-PDAC類器官對GEM和5-FU的治療性耐藥性,但對glucomet-PDAC沒有影響;外源性嘧啶核苷和R5P的加入有效地挽救了glucomet-PDAC細胞中GLUT1敲低、ALDOB過表達或G6PD敲低誘導的藥物敏感性增加。然而,在GLUT1敲低的條件下,外源性嘌呤核苷的加入glucomet-PDAC的化療敏感性沒有影響。表明,GLUT1/ALDOB/G6PD軸通過調(diào)節(jié)葡萄糖代謝和嘧啶核苷水平介導胰腺癌細胞的化療耐藥。

添加GLUT1抑制劑BAY-876和G6PD抑制劑6AN均可能增強PDAC的化療反應。研究者進一步對5個化合物文庫(7098個化合物)進行了虛擬篩選,以尋找G6PD的候選抑制劑,確定了MLN8054 和alisertib兩種臨床級G6PD抑制劑,它們顯著提高了PDAC的化療反應。

以上表明,靶向GLUT1/ALDOB/G6PD軸聯(lián)合化療有可能提高PDAC患者的治療反應和生存率。


小結(jié)

該研究基于代謝組學數(shù)據(jù)提供了一種新的PDAC分型策略,并報道了GLUT1/ALDOB/ G6PD軸通過重塑glucomet-PDAC中的葡萄糖代謝誘導化療耐藥。這些結(jié)果為未來的藥物開發(fā)和臨床試驗提供了強有力的理論依據(jù),旨在針對GLUT1/ALDOB/G6PD軸來克服代謝重編程驅(qū)動的化療耐藥。


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