今天介紹的小工具是Context_processing的ptree_rename功能，主要用于批量修改進化樹節(jié)點的名稱。

提到進化樹，必然需要提到如何構(gòu)建進化樹，因此本文將從進化樹構(gòu)建開始介紹。

一、構(gòu)建進化樹

創(chuàng)建包含氨基酸序列的fa文件，然后選擇MEGA的Open A File/Session選項，打開選擇文件對話框（圖1）。

選擇自己的文件，會彈出MX: Alignment Exploer窗口，顯示如下（圖2）

接下來，選擇Align by Clustalw選項（圖3），會彈出圖4的對話框，根據(jù)自己的需求進行設置，設置好后選擇‘OK’進行多重比對，接下會生成比對結(jié)果Data-Save Session，按圖5步驟保存為meg格式的文件

選擇PHYLOGENY選項的Constuct/Test Maximun Likelihood Tree選項（圖6），其中Test ofPhylogeny選擇Bootstrap method選項（圖7），其中No.of Bootstrape Replications選項選擇默認的2000即可，其他為默認選項，點擊OK，即在TreeExplorer顯示生成的樹結(jié)果（圖8）。

點擊該窗口的File-Export Current Tree(Newick)即可將生成的樹文件保存（圖9），生成后綴名為nwk的文件。

在本圖中可以發(fā)現(xiàn)以LITCH開頭的節(jié)點名稱，是文章中需要修改的。當然，如果只有一個那么直接在nwk文件中選擇即可修改，但是有幾十個的時候該如何高效正確的修改呢？當然，首推的就是本軟件的ptree_rename功能（批量修改樹文件）啦。具體操作步驟如下：

如本圖10所示，T4_1_3.nwk即為生成的樹文件。本文共需要48個節(jié)點的名稱，即將LITCHI開頭的文件全部轉(zhuǎn)換為LcWRKY開頭。那么，首先選擇“Daily work-Genome_relate”選項彈出對話框，選擇其中ptree_rename選項。將你需要修改的樹節(jié)點以單列的形式列出，其后第二列為修改的名稱（圖10的“5”），注意，每行需要一一對應。接下來，將T4_1_3.nwk（圖10的“1”）拖入匹配文件文本框，將包含修改名稱的文件（圖10的“2”）拖入檢索文件文本框，接下，將結(jié)果文件（圖10的3）拖入輸出文件文本框，is save復選框（圖10的“4”）勾選上即可。點擊process。接下來，就會輸出修改后的nwk文件，再將該文件導入到MEGA中即可進行進化樹繪制。

注意：本軟件的結(jié)果預覽部分還會顯示該節(jié)點是夠被修改，如圖11所示，如果為T則是修改，如果是F則表明原始nwk文件中不包含該節(jié)點。

將修改后的nwk文件導入的R腳本中即可生成精美的進化樹圖片如

三 慣例小結(jié)

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