利用質(zhì)譜儀對蛋白質(zhì)進行分析鑒定可以得到不同的數(shù)據(jù)，如一級質(zhì)譜數(shù)據(jù)和二級質(zhì)譜數(shù)據(jù)，這些質(zhì)譜數(shù)據(jù)也就是質(zhì)譜結(jié)果，都需要結(jié)合數(shù)據(jù)庫、軟件等進行生物信息學(xué)分析才能實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定及序列分析等。

蛋白質(zhì)一級質(zhì)譜數(shù)據(jù)主要是分析蛋白質(zhì)酶切產(chǎn)生的肽段質(zhì)量圖譜，即肽質(zhì)量指紋圖譜（Peptide Mass Fingerprint，PMF），再將PMF中的肽質(zhì)量數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫中理論肽質(zhì)量進行比較和評價，從而實現(xiàn)肽段的鑒定。常用的PMF檢索工具主要有PeptIdenet、MS-Fit、ProFound、PeptideSearch等。

在第一階段進行肽質(zhì)指紋鑒定之后，可以選擇有意義且豐度較高的肽片段進行串聯(lián)質(zhì)譜分析，以獲得更精細的二級質(zhì)譜數(shù)據(jù)。串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)獲得肽序列圖譜比PMF更復(fù)雜，需要借助計算機軟件輔助識別不同的肽段母離子?？梢酝ㄟ^讀出的部分氨基酸序列結(jié)合此序列前后的母離子和肽段離子質(zhì)量，在數(shù)據(jù)庫進行檢索、比較進而實現(xiàn)蛋白的鑒定；也可以直接用串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行數(shù)據(jù)庫檢索，常用的串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)檢索工具主要有MS-Taq、MS-Seq、PepFrag、Mascot等。

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