GULP作業(yè)

本節(jié)中的主題包括控制和運(yùn)行遠(yuǎn)程GULP作業(yè)、以獨(dú)立模式運(yùn)行作業(yè)、示例遠(yuǎn)程運(yùn)行的詳細(xì)信息以及GULP可能失敗的勢(shì)能原因。

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使用GULP作業(yè)控制

Materials Studio在服務(wù)器上作為后臺(tái)進(jìn)程運(yùn)行GULP作業(yè)。提供了以下工具來(lái)設(shè)置和控制作業(yè)：

l?使用GULP“計(jì)算”對(duì)話框上的“作業(yè)控制”選項(xiàng)卡為未來(lái)的作業(yè)選擇網(wǎng)關(guān)位置和作業(yè)參數(shù)。

l?使用服務(wù)器控制臺(tái)應(yīng)用程序可以添加新服務(wù)器并監(jiān)視多個(gè)作業(yè)。

l?使用作業(yè)資源管理器監(jiān)視多個(gè)作業(yè)。

有關(guān)使用作業(yè)控制的更多信息，請(qǐng)參閱主作業(yè)控制和實(shí)時(shí)更新幫助主題。可以在GULP作業(yè)控制選項(xiàng)對(duì)話框上請(qǐng)求實(shí)時(shí)更新。

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并行運(yùn)行GULP作業(yè)

GULP作業(yè)可以在多個(gè)計(jì)算機(jī)內(nèi)核上并行運(yùn)行。GULP接口使用Materials Studio的網(wǎng)關(guān)框架來(lái)提取每個(gè)網(wǎng)關(guān)服務(wù)器的相關(guān)信息。您可以選擇要使用的核心數(shù)量，最高可達(dá)可用的最大數(shù)量，如控件上并行運(yùn)行右側(cè)的文本所示。

當(dāng)GULP并行運(yùn)行時(shí)，并不是所有的功能都可用——特別是，目前對(duì)呼吸殼或可變電荷（EEM，QEq）模型的高階導(dǎo)數(shù)的評(píng)估沒(méi)有并行化，也沒(méi)有對(duì)部分場(chǎng)地占用進(jìn)行并行化。如果GULP檢測(cè)到設(shè)置和并行執(zhí)行請(qǐng)求之間不兼容，它將提前停止作業(yè)。然后將向輸出文件[seedname].gout寫入一條錯(cuò)誤消息，解釋沖突的性質(zhì)。

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遠(yuǎn)程GULP作業(yè)

GULP使用客戶端-服務(wù)器體系結(jié)構(gòu)，允許您使用PC控制在遠(yuǎn)程計(jì)算機(jī)上運(yùn)行的計(jì)算。

這種客戶端用戶界面與運(yùn)行實(shí)際計(jì)算的服務(wù)器系統(tǒng)的分離，使您可以使用高性能超級(jí)計(jì)算機(jī)在Windows臺(tái)式機(jī)上進(jìn)行計(jì)算。它還使您可以利用其他臺(tái)式機(jī)上的備用CPU周期。

GULP作業(yè)由Materials Studio在啟動(dòng)作業(yè)時(shí)生成的輸入文件控制。

GULP將計(jì)算結(jié)果寫入各種輸出文件，這些文件在作業(yè)完成后從服務(wù)器下載到相應(yīng)的Materials Studio項(xiàng)目。

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GULP運(yùn)行示例

無(wú)論是執(zhí)行單點(diǎn)能量計(jì)算、最小化系統(tǒng)還是執(zhí)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，運(yùn)行遠(yuǎn)程GULP作業(yè)所執(zhí)行的步驟序列始終相同。單擊“GULP計(jì)算”對(duì)話框上的“運(yùn)行”按鈕時(shí)，將執(zhí)行示例遠(yuǎn)程作業(yè)運(yùn)行中描述的步驟，但有以下差異：Materials Studio在從服務(wù)器接收更新信息時(shí)的確切行為取決于正在執(zhí)行的計(jì)算類型。

對(duì)于能量計(jì)算，如果

l?已選中更新結(jié)構(gòu)：沒(méi)有效果，因?yàn)闆](méi)有任何結(jié)構(gòu)更改與此任務(wù)關(guān)聯(lián)。

l?已檢查更新圖形：沒(méi)有效果。

l?選中更新文本結(jié)果：Materials Studio下載一個(gè)名為Status.txt的文本文件，其中包含所執(zhí)行的計(jì)算、總能量和總能量收斂的摘要（例如，上一次迭代的更改）。

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對(duì)于“幾何體優(yōu)化”計(jì)算和“表面計(jì)算”，如果選中了

l?“更新結(jié)構(gòu)”：Materials Studio將下載結(jié)構(gòu)的快照，并相應(yīng)地修改原始結(jié)構(gòu)的副本。

l?檢查了更新圖：Materials Studio創(chuàng)建了一個(gè)名為[seedname]Energies.xcd的圖表文檔，顯示了總能量與優(yōu)化步驟的關(guān)系，另一個(gè)稱為[seedname]Convergence.xcd的圖文檔，以對(duì)數(shù)尺度顯示了總能源變化和梯度與優(yōu)化步驟的關(guān)系。

l?選中更新文本結(jié)果：Materials Studio下載一個(gè)名為Status.txt的文本文件，其中包含所執(zhí)行的計(jì)算、總能量、總能量收斂（例如上一次迭代的變化）和梯度的摘要。

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對(duì)于動(dòng)力學(xué)計(jì)算，如果選中了

l?“更新結(jié)構(gòu)”：Materials Studio將下載結(jié)構(gòu)的快照，并相應(yīng)地修改原始結(jié)構(gòu)的副本。

l?檢查了更新圖：Materials Studio創(chuàng)建了一個(gè)名為[seedname]Constant.xcd的圖表文檔，顯示運(yùn)動(dòng)常數(shù)與模擬時(shí)間的關(guān)系，一個(gè)稱為[seedname]Energy.xcd的圖表文檔顯示勢(shì)能和動(dòng)能與模擬時(shí)間之間的關(guān)系，另一個(gè)名為主[seedname]Temperature.xcd的表格文檔顯示溫度與模擬時(shí)間。此外，如果為三維周期性結(jié)構(gòu)運(yùn)行計(jì)算，則會(huì)創(chuàng)建圖表文檔[seedname]Pressure.xcd。當(dāng)GULP完成平衡階段時(shí)，圖表將被清除，并僅顯示從那時(shí)起的生產(chǎn)階段結(jié)果。

l?檢查更新文本結(jié)果：Materials Studio下載一個(gè)名為Status.txt的文本文件，其中包含執(zhí)行的計(jì)算摘要、完成的動(dòng)力學(xué)步驟數(shù)、溫度以及最后完成的優(yōu)化步驟的運(yùn)動(dòng)常數(shù)。它還說(shuō)明了GULP目前是否處于計(jì)算的平衡或生產(chǎn)階段。

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作業(yè)完成后，Materials Studio將把輸出文件傳輸回您的電腦，您可以在那里查看和編輯它們，分析結(jié)果，或使用它們進(jìn)行進(jìn)一步的計(jì)算。根據(jù)您執(zhí)行的計(jì)算類型，可能會(huì)生成或修改其他輸出文件。

l?對(duì)于Energy運(yùn)行，Materials Studio會(huì)下載所有GULP輸出文件。

l?對(duì)于幾何體優(yōu)化運(yùn)行，Materials Studio下載所有GULP輸出文件，更新已復(fù)制到結(jié)果文件夾中的結(jié)構(gòu)以顯示最終幾何體，并創(chuàng)建軌跡文件[seedname].xtd，其中包含優(yōu)化過(guò)程的歷史記錄?？梢允褂谩皠?dòng)畫”工具欄上的工具為軌跡文件設(shè)置動(dòng)畫。

l?對(duì)于動(dòng)力學(xué)運(yùn)行，Materials Studio下載所有GULP輸出文件，更新已復(fù)制到結(jié)果文件夾中的結(jié)構(gòu)，以在動(dòng)力學(xué)運(yùn)行開始時(shí)顯示配置，并創(chuàng)建一個(gè)軌跡文件[seedname].xtd，用于描述分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的生產(chǎn)階段?？梢允褂谩皠?dòng)畫”工具欄上的工具為軌跡文件設(shè)置動(dòng)畫。

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如果遠(yuǎn)程GULP作業(yè)失敗

Materials Studio會(huì)在啟動(dòng)前檢查執(zhí)行GULP作業(yè)所需的大部分?jǐn)?shù)據(jù)和設(shè)置。如果無(wú)法啟動(dòng)作業(yè)，則會(huì)生成詳細(xì)說(shuō)明原因的錯(cuò)誤消息。

但是，有時(shí)作業(yè)可能會(huì)因?yàn)闊o(wú)法在啟動(dòng)前檢查的原因而失敗。在這種情況下，有關(guān)錯(cuò)誤的更詳細(xì)信息可能只能在作業(yè)生成的[seedname].gout文件或位于服務(wù)器端項(xiàng)目目錄[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm文件中獲得。存儲(chǔ)在服務(wù)器目錄中的其他文件，例如Gulp.log，也可能包含進(jìn)一步的線索。要查看服務(wù)器端文件，可以使用作業(yè)資源管理器的“遠(yuǎn)程查看”功能。

以下是GULP作業(yè)失敗的最常見原因列表。它可以幫助您識(shí)別并解決遠(yuǎn)程GULP作業(yè)中的任何問(wèn)題。有關(guān)遠(yuǎn)程作業(yè)失敗的一般原因，請(qǐng)參閱“如果遠(yuǎn)程作業(yè)失敗”幫助主題。

提示：從菜單欄中選擇“查看|項(xiàng)目日志”，查看是否報(bào)告了任何錯(cuò)誤或警告消息。

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GULP作業(yè)無(wú)法啟動(dòng)的常見原因

服務(wù)器端問(wèn)題GULP輸出包含一條消息“錯(cuò)誤：內(nèi)存分配失敗”。此消息通常意味著運(yùn)行GULP的計(jì)算機(jī)上沒(méi)有足夠的可用內(nèi)存。例如，當(dāng)要求具有1000多個(gè)原子的大型系統(tǒng)具有振動(dòng)性質(zhì)時(shí)，這很可能發(fā)生。通過(guò)從GULP設(shè)置對(duì)話框的性質(zhì)選項(xiàng)卡中刪除振動(dòng)性質(zhì)請(qǐng)求，通?？梢猿晒ν瓿蛇\(yùn)行。

提示：在采取任何行動(dòng)之前，確定GULP作業(yè)失敗的原因很重要。在大多數(shù)情況下，錯(cuò)誤消息會(huì)在GULP報(bào)告文件[seedname].gout或位于服務(wù)器端項(xiàng)目目錄[seedname]_Files中的MatStudioLog.htm文件中報(bào)告。