? ? ? ?為了降低材料計算軟件的使用門檻、提升多組元材料篩選效率，我們開發(fā)了基于結(jié)構(gòu)識別的高通量第一原理計算程序 Structures of Alloys Generation And Recognition (SAGAR），從最初的命令行到網(wǎng)頁版，從輸入文件準(zhǔn)備到自動化計算和數(shù)據(jù)庫的生成，SAGAR已經(jīng)逐漸成為方便的材料計算平臺。在同行使用和反饋的基礎(chǔ)上，我們將逐步完善相關(guān)功能。?

? ? ? ?SAGAR平臺以VASP為例，通過模板化的輸入文件，使用戶可以選擇最少的參數(shù)得到合理結(jié)果，從而有效降低使用門檻。第一原理計算包括確定結(jié)構(gòu)、軟件使用、硬件算力、數(shù)據(jù)處理等四個環(huán)節(jié)，而SAGAR平臺將后三者整合，平臺對接是VASP計算程序，硬件算力由合作伙伴（景派科技、并行科技等）提供；只需要用戶確定輸入的結(jié)構(gòu)文件，可以實現(xiàn)自動化計算后，計算總能、能帶、聲子譜、PDOS、過渡態(tài)、合金結(jié)構(gòu)等，通過數(shù)據(jù)庫查看，簡單方便。

? ? ? ?用戶登錄后，可以在“結(jié)構(gòu)輸入”區(qū)域貼入需要計算的結(jié)構(gòu)（VASP的POSCAR格式）。對于晶體結(jié)構(gòu)，可以通過相關(guān)的數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站（如AFLOW等）下載文件；對于分子結(jié)構(gòu)，可以通過Avogadro免費(fèi)軟件得到xyz文件，并進(jìn)一步轉(zhuǎn)化格式；對于合金結(jié)構(gòu)，可以通過SAGAR網(wǎng)頁版生成不等價結(jié)構(gòu)。

? ? ? ?點擊“結(jié)構(gòu)優(yōu)化”的submit按鈕即可提交計算。計算結(jié)束后，可以在數(shù)據(jù)庫找到對應(yīng)鏈接，打開查看對應(yīng)的結(jié)構(gòu)、能量、計算參數(shù)等信息。

? ? ? 平臺默認(rèn)是體材料的優(yōu)化，晶格參數(shù)和原子位置同時優(yōu)化（對應(yīng)VASP的ISIF=3）。如果體系是孤立分子或者團(tuán)簇，k點網(wǎng)格用1x1x1即可，對應(yīng)的是kpts=1,1,1，而晶格常數(shù)不需要優(yōu)化，ISIF=2。具體需要在submit前面對話框輸入如下：

? ? ? ?一般計算中，影響精度和速度的主要參數(shù)是截斷能大小和k點劃分密度。建議截斷能測試從最小值200到最大值700，間隔區(qū)50或者100均可；建議k點劃分密度從最小值500到最大值5000，間隔在500左右即可。一般選擇體系能量開始趨于平穩(wěn)時對應(yīng)的較小的截斷能、k點劃分密度即可，保證精度并提供速度。

? ? ? 在電子結(jié)構(gòu)方面，通常需要計算能帶、DOS等，這里可以根據(jù)需要勾選需要的文件，計算完成后，在相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中查看或者下載。